2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고(방사선 및 방사성동위원소 이용 진흥법에 따라 설립된 법인이다)는 2011. 12. 7. X-RAY GENERATOR(이하 ‘이 사건 수입물품’이라 한다)를 수입함에 있어 인천공항세관장에게 관세법 제90조 제1항 제2호가 정한 학술연구 용품의 관세 감면율 80%를 적용하여 수입신고하였고(신고번호 40438-11-901538U호), 인천공항세관장은 2011. 12. 8. 위 기준에 따라 감면승인 후 수입신고수리를 하였다.

나. 그런데 인천공항세관장은 2013. 7. 15. 이 사건 수입물품에 대한 감면율 적용에 잘못이 있는 것으로 보아, 관세청장에게 적용되어야 할 감면율에 대하여 질의하였고, 관세청장은 2013. 7. 23. 인천공항세관장에게 “한국원자력의학원은 관세법 제90조 제1항 제2호의 ‘공공 의료기관’에 해당하므로, 이 사건 수입물품에 대해서는 같은 법 시행규칙 제37조 제5항 단서에 따라 감면율을 50%로 적용하여야 한다”라고 회신하였다.

다. 피고는 2013. 11. 28. 위와 같은 관세청장의 회신에 따라 이 사건 수입물품에 대하여 감면율을 50%로 적용하여 관세법 제38조의3 제4항에 따라 세액을 13,546,410원(관세 5,764,433원 부가가치세 7,781,985원)으로 경정고지하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 라.

원고는 이 사건 처분에 불복하여 2014. 2. 15. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2014. 6. 19. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1, 4호증(이상 가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 갑 제2호증과 을 제9호증의 4, 갑 제3호증과 을 제5호증은 각 중복)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령 ▣ 관세법 제38조의3(수정 및 경정) ④ 세관장은 납세의무자가 신고납부한 세액, 납세신고한 세액 또는 제2항 및...

참조조문