가. 원고는 1986. 11. 27. 금융자동화기기 및 그 관련 소프트웨어의 개발, 제조 및 판매 등을 목적으로 설립된 법인이다.

나. 원고는 은행, 신용카드사, 증권사 등 합계 약 37개 금융기관들과의 사이에 자동화기기 서비스 이용계약을 체결하여 편의점, 전철역 등 공공장소에 원고 소유의 현금자동입출금기(CD/ATM기, 이하 ‘현금자동입출금기’라고 한다)를 설치하고 위 각 금융기관의 고객들이 이를 이용해 현금인출, 계좌이체 또는 잔액조회 등의 금융서비스를 받을 수 있도록 용역을 제공하였으며(이하 ‘이 사건 용역’이라 한다), 이러한 용역 제공의 대가로 금융기관이 고객들의 계좌에서 거두어들인 이용수수료 중 원고의 금융기관 전산망 사용료를 제외한 나머지 금액(이하 ‘이 사건 수수료’라 한다)을 지급받았다.

다. 원고는 2001. 11. 17. 농업협동조합(2012. 3. 분할 전 농업협동조합중앙회와 분할 후 NH농협은행 주식회사 및 지역농업협동조합을 포함한다, 이하 ‘농협’이라고만 한다), 2001. 11. 30. 주식회사 제일은행(이후 주식회사 한국스탠다드차타드은행으로 상호변경, 이하 ‘SC은행’이라 한다), 2002. 3. 28. 주식회사 신한은행(이하 ‘신한은행’이라 한다)과 각각 자동화기기 서비스 이용계약을 체결하였다. 라.

원고는 농협, SC은행, 신한은행(이하 통틀어 ‘이 사건 은행들’이라 한다)을 제외한 금융기관들에 대하여는 이 사건 용역의 대가인 이 사건 수수료에 대하여 세금계산서를 발급하였으나, 농협에 대하여는 위 계약체결일인 2001. 11. 17.부터, SC은행에 대하여는 2005. 7. 이후, 신한은행에 대하여는 2003. 2. 이후 이 사건 수수료에 대한 세금계산서를 발급하지 아니한 채 기타매출로 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다....