가. ‘B’이라는 상호로 제조업을 영위하던 원고는, 2011. 6. 21. ‘C’이라는 상호로 제조업 등을 영위하던 D으로부터 별지 1 물건 목록 순번 1, 2 기재 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다), 같은 목록 순번 3 내지 6 기재 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다) 및 같은 목록 순번 7, 8, 9 기재 기계기구(이하 ‘이 사건 기계기구’라 하고, 이 사건 건물과 이 사건 기계기구를 통틀어 ‘이 사건 건물 등’이라 한다)를 매매대금 21억 원(뒤에서 보는 바와 같이 2011. 6. 21. 작성된 매매계약서에는 매매대금이 20억 원으로 기재되어 있다)에 매수하고(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다), 이 사건 토지 및 이 사건 건물에 관하여 2011. 7. 15. 그 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고는 D으로부터 이 사건 건물의 공급가액을 953,084,589원(부가가치세: 95,308,458원)으로 하는 2011. 7. 15.자 세금계산서 및 이 사건 기계기구의 공급가액을 334,434,150원(부가가치세: 33,443,415원)으로 하는 2011. 7. 15.자 세금계산서(이하 이를 통틀어 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 각 교부받았다.

다. 그 후 원고는 이 사건 건물의 가액을 953,084,589원, 이 사건 기계기구의 가액을 334,434,150원으로 하여 2011년 제2기분 부가가치세 확정신고를 하면서 이 사건 건물 등에 대한 부가가치세 128,751,873원(= 95,308,458원 33,443,415원)을 매입세액으로 공제받았는데, 피고는 이 사건 토지의 가액과 이 사건 건물 등의 가액 구분이 불분명하다고 보아 전체 매매대금 20억 원을 감정평가가액 비율로 안분하여 이 사건 건물 대금을 744,077,505원, 이 사건 기계기구 대금을 87,056,479원으로 각 산정한 후, 그 초과분에 대한 매입세액을 불공제하여 2014. 2. 4. 원고에게 2011년 제2기분 부가가치세 58,599...