가. 원고는 1996. 5. 2. 설립되어 사출 금형 제조 및 판매업 등을 영위하는 법인으로, 주로 LG전자 주식회사(이하 ‘LG전자’라 한다)에 플라스틱 사출 제품인 휴대전화 케이스 부품을 제조조립(Sub Ass'y)하여 납품하여 오다가 2006. 5.경부터는 휴대전화 폴더를 조립(Folder Ass'y)하여 함께 납품하고 있다.

나. 원고는 위 휴대전화 폴더 조립 사업을 수행하면서 원고가 2006. 5. 9. 설립한 하도급업체인 주식회사 B(이하 ‘B’라 한다)로부터 휴대전화 폴더 조립 용역을 제공받았고, 원고의 대표이사(C)가 대표자로 있는 개인사업체인 D로부터 휴대전화 부품을 사출하는 데 필요한 금형의 제작 및 수리용역을 제공받았다.

다. 중부지방국세청장은 2012. 3. 8.부터 2012. 5. 16.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 후 피고에게 ‘원고가 B에 휴대전화 폴더 조립단가를 LG전자가 지정한 조립단가(이하 ’LG전자 지정단가‘라 한다)보다 20% 증액하여 지급하고, D에 금형 수리비를 임의로 책정하여 과다지급하였다’는 내용의 과세자료를 통보하였다. 라.

이에 피고는 법인세법상 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 원고가 B에 지급한 용역대금 중 LG전자 지정단가를 초과하여 지급한 대금 및 원고가 D에 지급한 금형 수리비 전부 등을 손금불산입하여, 2012. 6. 4. 원고에게 2007 사업연도 법인세 352,536,600원, 2008 사업연도 법인세 340,428,480원, 2009 사업연도 법인세 396,558,570원을 경정고지하고, 2010 사업연도 결손금 1,344,748,000원, 2011 사업연도 결손금 780,630,000원을 감액하는 결정을 하였다.

마. 이에 불복하여 원고가 2012. 7. 3. 청구한 조세심판에서, 조세심판원은 2012. 12. 17.'D에게 지급한 금형 수리비 전부를 손금불산입한 것은 불합리하므로, 원고가 D로부터...

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