가. 원고는 도시 및 주거환경정비법(이하 ‘도시정비법’이라 한다)에 따른 정비사업인 C 도시환경정비사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)의 사업시행자이다.

피고는 2011. 10. 12. 이 사건 사업에 관한 관리처분계획을 인가하고, 2014. 9. 24. 준공인가 하였다.

나. 원고는 이 사건 사업의 시행으로 서울 중구 D 도로 216㎡, E 도로 355.3㎡를 정비기반시설로 새로이 설치하였고(이하 위 D, E 도로를 ‘이 사건 신설 정비기반시설’이라 한다), 이 사건 신설 정비기반시설은 도시정비법 제65조 제2항 전단에 따라 2015. 2. 12. 서울특별시 및 서울특별시 중구 명의로 소유권보존등기가 마쳐졌다.

다. 이 사건 사업의 시행으로 인하여 국가 또는 서울특별시 중구 소유의 서울 중구 F 도로 163.6㎡ 등 7필지는 용도 폐지되었고, 그 중 151.8㎡(이하 ‘이 사건 용도폐지 정비기반시설’이라 한다)는 도시정비법 제65조 제2항 후단에 따라 원고에 무상으로 양도되었다.

원고는 2015. 2. 12. 이 사건 용도폐지 정비기반시설이 포함된 서울 중구 G 대 1,990㎡에 관하여 소유권보존등기를 마쳤다. 라.

1) 피고는 원고가 이 사건 용도폐지 정비기반시설을 ‘취득(교환)’하였다고 보고 서울특별시 및 서울특별시 중구로 무상 귀속된 이 사건 신설 정비기반시설의 감정평가금액 11,755,240,500원을 이 사건 용도폐지 정비기반시설의 취득가액(과세표준)으로 보아 2016. 5. 31. 원고에게 취득세 643,246,750원, 지방교육세 54,920,480원, 농어촌특별세 27,460,240원을 부과하였다. 2) 또한 피고는 이 사건 용도폐지 정비기반시설은 원고가 신축한 건물 부지의 일부가 되었고 원고가 그 건물의 0.573%(원고 사용 연면적 162.28㎡ / 전체 연면적 28,318,85㎡)를 본점으로 사용하고 있으므로, 이...

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