가.청구법인은 2007.3.9. 개업하여 OOO로 329에서 반도체부품 등을 제조하고 있는 법인으로, 2013.1.23. OOO동 267-118 대지 1,653㎡ 및 공장 1,420.9㎡(이하 “쟁점부동산”이라 하고, 건물을 이하 “쟁점건물”이라 한다)을OOO만원에OOO정밀 OOO(이하 “OOO정밀”이라 한다)와 매도계약을 체결하면서 그 특약사항에쟁점건물의 매매대금을 OOO만원(공급가액)으로 표기하였고, 2013.2.19. 공급가액 OOO만원, 세액 OOO만원의 세금계산서를 발행한 후 이에 대한 부가가치세를 신고·납부하였다.

나. 처분청은 OOO정밀이 쟁점부동산을 매수하면서 OOO은행(OOO지점)으로부터 이를 담보로 하여 대출을 받기 위해2013.2.4. 작성한 쟁점부동산에 대한 감정평가표에 의해안분 계산된 쟁점건물의 가액 OOO만원(공급가액)을 건물의 시가로 보고 세금계산서가 OOO만원 상당액이 과소발행된 것으로 보아 2013.11.11. 청구법인에게 2013년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.1.23. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

「 부가가치세법 시행령」제48조의2 제4항에서 사업자가 토지와 그 토지에정착된건물 및 기타 구축물 등을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의하고, 구분이 불분명한 경우에 안분계산한다고 규정되어 있는바, 당사자 사이에 자유로운 의사로 거래한 매매계약서상의 거래금액이 우선되어야 할 것이다. 매매계약에 있어 허위나 누락이 없었으므로 감정가액이나 기준시가와는 토지와 건물의 구분가액비율이 다르지만 토지와 건물구분 가액이 불분명하다고 할 수 없다.「 부가가치세법 시행령」제48조의2 제4항 단서규정은 부가가치세 과세대상인 건물의 공급가액과 토지의 공급가액이 구분되어 있지 아니하여 양자의 가액이 불분명한 경우에 과세대상인 건물의 공급가액을 산출하기 위한 특례규정으로서 세법에 의한 장부나 그 밖의 증빙서류에 의한 건물의 공급가액이 토지가액과 구분기장되어 있고 그 기재에 허위나 누락이 없었다면 그 거래가액이 실지거래가액으로 인정되어야 한다.

따라서 청구법인과 OOO정밀이 상호 합의하에 실지로 거래된 OOO만원을부가가치세 과세대상인 쟁점건물의 공급가액으로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 OOO정밀 사이의 사인계약에 따른 거래금액OOO이 쟁점건물의 실지거래가격이라는 주장이나, 실지거래가격이라 함은 건물상태(가치), 사용목적 등 제반사항을 종합하여 합의한 합리적인 거래금액을 의미하므로 사인계약상의 거래금액이라고 한정하여 판단할 수 없고, 청구법인이 계약서상의 거래금액이 법령에서 규정하는 실지거래가격에 부합한다는 것을 객관적인 자료를 통하여 입증하여야 하나청구법인은그러하지 아니하고,양 당사자 사이의자의적인 가격으로 모두 인정하고 방치할 경우 세법에서 규정한 거래질서는준수될 수 없고,「 부가가치세법 시행령」제48조의2 제4항 본문에서 건물 등의 공급가액은당사자 간의 계약가격으로 한다고 규정되어 있지 아니한바, 계약가격과 실지거래가격이 같은 개념이 아니라 할 것이다. 또한, 아래 <표1>과 같이 건물의 기준시가와 감정평가서의 금액 비중은 서로 일치하고 있으나 청구법인은 장부가액을 그대로 건물가격으로 신고한 것으로 기준시가에 비해 현격한 차이를 보이고 있다.

OOO

아울러 청구법인이 산정한 건물가액에 따를 경우 청구법인이 매입할 당시의 토지가격 OOO만원에 비해 14개월 만에 토지의 가격이 OOO억원으로 급등하게 되어 급등한 사유가 있어야 하나 토지의 기준시가는 OOO원/㎡(2011.10.31. 취득시)에서 OOO원/㎡(2012.5.31. 양도시)로 거의 비슷한 수준이다.

따라서 감정가액비율로 안분계산한 OOO만원이 쟁점건물의 객관적인 교환가치이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

매매계약서상 기재가액을 부인하고 감정가액비율로 안분한 금액을 쟁점건물의 과세표준으로 하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제13조(과세표준) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액(價額)을 합한 금액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. (단서 생략)

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가

2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가(時價)

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우 : 자기가 공급한 재화의 시가

(3) 부가가치세법 시행령 제48조의2(과세표준의 안분계산)④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만,실지거래가액 중 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물 등에 대한 「소득세법」제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다.다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산 한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료를 보면, 청구법인이 제출한 쟁점부동산에 대한 청구법인(매도인)과 OOO정밀(매수인) 사이에 체결한 부동산매매계약서(2013.1.23.)의 주요내용은 아래와 같고, 청구법인은 부동산매매계약서 특약사항에 기재된 쟁점건물의 가액인 OOO만원을 부가가치세 과세표준으로 신고하였다.

OOO

(2) 처분청은 쟁점부동산의 공급시기(2013.2.19.) 13일 전인 2013.2.6.을 작성일자한 주식회사 OOO감정평가법인의 쟁점건물의 감정가액이 합리적인 평가액이라며, 감정평가표를 제출한바 이를 보면, 감정의뢰인은 OOO은행(OOO지점장), 채무자는 OOO정밀, 감정목적은 담보, 감정평가시점은 2013.2.4., 평가내역은 토지가액 OOO원, 건물가액 OOO원, 기계기구가액 OOO로 각 기재되어 있다.

(3) 처분청은 아래 <표2>에서 쟁점부동산을 감정가액 및 기준시가로 평가할 경우 건물비율의 차이는 5%(64%～59%)에 불과하나, 매매계약서 특약사항에 따른 건물비율의 차이는 23%(59%～36%)나 되는 등 현저한 차이를 보이고 있고, 감정가액 및 기준시가의 경우 건물가액 비율이 토지가액 비율보다 높고, 매매계약서의 경우는 건물가액의 비율이 토지가액보다 오히려 낮게 나타나며, 토지가액의 증가율도 아래 <표3>과 같이 기준시가는 7% 증가한 반면, 쟁점부동산에 특별한 상승요인이 보이지 않음에도 신고 토지가액 증가율은 비정상적으로 25%나 높게 나타난다는 의견을 제시하였다.

OOO

(4) 청구법인은 쟁점부동산을 2011.10.31. 주식회사 OOO로부터 토지 OOO만원, 건물 OOO만원 합계 OOO억원에 취득·보유하였으나, 과도한 시설유지비 등이 부담되어 쟁점부동산의 임차인인 OOO정밀에 토지 OOO억원, 건물 OOO만원에 양도하였다며, 쟁점부동산매매계약서, 세금계산서, 토지와 쟁점건물의 계정별원장 등을 제출한 바, 매각당시 토지와 건물의 장부가액은 OOO원, OOO원이며, 감가상각누계액은 OOO원, 유형자산처분손실 OOO원으로 각각 기재되어 있다.

(5) 한편, 청구법인은 OOO시청에 쟁점부동산의 가액을 토지와 건물구분 없이 OOO만원으로 신고(부동산거래계약신고필증)하였고, 부동산 등기부에도 토지와 건물가액의 구분 없이 OOO만원에 기재되어 있다.

(6) 살피건대, 청구법인은 매매계약서상 특약사항에 건물가액이 OOO만원이라고 구분 기재되어 있고, 이를 기준으로 세금계산서를 발행·신고한 것으로 실지거래가액이 분명하다는 주장이나, 「 부가가치세법 시행령」제48조의2 제4항 본문에서 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 등을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의하도록 정하고, 그 단서에서 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법」에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산하거나(제1호 단서), 기준시가에 따라 안분 계산하는 등의 방법을 규정하고 있는 바, 청구법인이 OOO시청 및 부동산등기 시 쟁점부동산의 토지가액과 건물가액을 구분 없이 OOO만원으로 신고하였고, 매매계약서 특약사항에 기재된 건물가액 OOO만원은 다른 사항과 달리 별도로 수기로 기재되어 있는 점 등에서 정상적인 상거래에 비추어 합당하다고 인정되는 가액으로 볼 수 없는 점에서 매매계약서상 쟁점건물의 실지거래가액은 불분명해 보이는 반면, 처분청이 쟁점건물에 적용한 감정가액은 기준시가와 비교해 볼 때 합리적인 가격이라 할 것이어서 청구주장을 받아들이기 어려워 보인다.

따라서 처분청이쟁점건물의 부가가치세 과세가액을감정평가표에 의해안분 계산한 OOO만원(공급가액)을 그 시가로 보아 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.