1. 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제111조와 제130조는 납세의무자가 신고한 가액을 취득세와 등록세의 원칙적인 과세표준으로 하고, 신고를 하지 아니하였거나 신고한 가액이 시가표준액에 미달하는 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 하되, 다만 제111조 제5항의 요건이 충족된 경우에는 납세의무자의 신고 유무 및 금액 등과 관계없이 증명된 사실상의 취득가격으로 과세표준을 정하도록 하고 있다(대법원 2006. 7. 6. 선고 2005두11128 판결 참조). 그리고 구 지방세법 제111조 제5항 제3호는 '법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 증명되는 취득'의 경우 사실상의 취득가격에 의하여 취득세 과세표준을 산정하도록 규정하고 있는데, 법인의 장부가액이라는 이유만으로 사실상 취득가격에 부합하는 지와 관계없이 무조건 이를 과세표준으로 할 것은 아니지만(대법원 1993. 4. 27. 선고 92누15895 판결 참조), 법인의 장부가액이 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있는 경우에는 신고가액에 우선하여 이를 과세표준으로 할 것이다.

2. 원심판결 이유 및 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(1) 원고는 2010. 1. 8. 현대시멘트 주식회사(이하 '현대시멘트'라 한다)로부터 ① 충북 단양군 매포읍 고양리 38-1 등 119필지 토지(이하 '이 사건 토지'라 한다), ② 건물 (클럽하우스, 그늘집), ③ 생활용수배관설비 등 53개의 구축물(이하 '이 사건 구축물'이라 한다), ④ 코스(이하 '이 사건 코스'라 한다), ⑤ 기계장치, ⑥ 차량운반구, ⑦ 공기구 비품, ⑧ 수목, ④ 영업권(이하 위 1 내지 ①의 매매목적물을 통틀어 '이 사건 각 매매목적물'이라 한다) 등에 관한 권리의무를 매매대금 60,000,000,000원에 포괄적으로 양수하기로 하는 이 사건 계약을 체결하였다.

(2) 이 사건 계약 체결 당시 원고와 현대시멘트는, '매매대금 60,000,000,000원의 이 사건 각 매매목적물에 대한 안분계산은 계약 후 제4조에서 정한 자산실사 과정에서 합의하여 결정한다. 다만 본 계약에서 정하는 바를 제외하고는 위 매매대금은 매매완결일까지 실사 결과 등에 의하여 영향을 받지 않으며 기타 어떠한 사유에 의하더라도 변경하지 않기로 한다'고 약정하는 한편, '매수인은 실사 결과에 따라 매매목적물인 골프장을 운영할 수 없을 정도의 중대한 하자가 발견되는 경우 그로 인한 순자산액의 감소액만큼 매매대금의 감액을 요청할 수 있다'고 약정하였다.

(3) 원고와 현대시멘트는 자산실사를 거쳐 2010. 2. 26. 위 매매대금 60,000,000,000원은 ① 이 사건 토지의 매매대금 30,493,472,32230,493,472,322원원, ②건물의 매매대금 2,426,306,920원, ③ 이 사건 구축물의 매매대금 15,092,334,697원, ④ 이 사건 코스의 매매대금 7,031,167,638원, ⑤ 기계장치의 매매대금 644,412,310원, ⑥ 차량운반구의 매매대금 371,811,846원, ⑦ 공기구비품의 매매대금 769,022,202원, ⑧ 입목의 매매대 금 2,837,914,500원, ⑨ 영업권의 매매대금 333,557,565원으로 이루어지는 것으로 합의하는 이 사건 합의서를 작성하였다.

(4) 원고는 현대시멘트로부터 이 사건 각 매매목적물을 양수한 다음 이 사건 합의서에 기재된 목적물별 매매대금을 원고의 법인장부에 그 취득가격으로 기재하였다.

(5) 원고는 2010. 2. 26. ① 이 사건 토지의 취득가격을 30,562,883,896원, ② 건물의 취득가격을 2,431,829,866원, ③ 이 사건 구축물 중 23개의 구축물의 취득가격을 4,681,894,239원, ④ 이 사건 코스의 취득가격을 0원, ⑤ 기계장치의 취득가격을 563,573,194원, ⑥ 차량운반구 취득가격을 365,073,635원, ⑦ 입목의 취득가격을 2,837,914,500원으로 보아 과세표준 합계액을 41,443,169,330원으로 하여 취득세 및 등록세 등을 신고·납부하였다.

(6) 원고는 위 신고·납부 당시 이 사건 구축물 중 생활용수배관설비 등 23개만이 취득세 등의 과세대상에 해당한다고 보아 그 취득가격 4,681,894,239원만 과세표준에 포함하였고, 나머지 30개의 구축물은 취득세 등의 과세대상이 아니라고 보아 그 취득가격을 과세표준에서 제외하였다.

(7) 피고는 2012. 10. 11. 원고가 이 사건 각 매매목적물의 취득을 위한 간접비용을 과세표준에서 누락하는 한편, 원고가 과세표준 신고에서 제외한 위 30개의 구축물 중 9개{주차장, 카트도로, 레이크, 카트도로(남코스), 레이크(남코스), 교량(남코스), 습지(남 코스), 폭포(남코스), 예지물창고진입로와 8개(그린, 티, 벙커, 잔디, 그린(남코스), 티(남코스), 벙커(남코스), 잔디) 및 이 사건 코스(이하 통틀어 '이 사건 구축물·코스 등'이라 한다)는 모두 이 사건 토지에 부합된 물건이므로 그 취득을 위하여 원고가 현대시멘트에 지급한 돈 합계 14,628,230,858원(3,324,571,526원 + 4,272,491,694원 + 7,031,167,638원, 이하 '이 사건 구축물·코스 등의 취득가격'이라 한다)도 이 사건 토지의 취득가격에 포함되어야 한다'는 이유로, 원고에게 취득세 438,162,530원, 등록세 436,106,980원 등을 부과고지하는 처분을 하였다.

3. 이러한 사실관계와 기록에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들 즉, ① 원고는 현대시멘트와 이 사건 구축물과 이 사건 코스를 이 사건 토지와는 구별되는 별개의 매매목적물로 보아 이 사건 계약을 체결하였고 자산실사를 통하여 각 매매목적물에 대한 매매대금을 안분하기로 약정한 점, ② 이러한 약정에 따라 원고와 현대시멘트가 2010. 2. 26. 이 사건 토지의 매매대금을 30,493,472,322원, 이 사건 구축물의 매매대금을 15,092,334,697 원, 이 사건 코스의 매매대금을 7,031,167,638원으로 하는 이 사건 합의서를 작성함으로써, 이 사건 토지와 이 사건 구축물, 이 사건 코스의 취득의 대가로 합계 52,616,974,657원이 지급됨을 명확히 한 점, ③ 이 사건 각 매매목적물에 대한 매매대금 합계 60,000,000,000원이 수익가치 등을 기초하여 총액으로 정하여진 금액이라고 하더라도, 원고와 현대시멘트가 위 60,000,000,000원을 이 사건 각 매매목적물에 안분하기로 약정하고 그에 따라 이 사건 구축물과 이 사건 코스를 제외한 이 사건 토지만의 매매금액을 30,493,472,322원으로 정하기로 합의한 이상, 원고가 이 사건 토지와 이 사건 구축물 · 코스 등을 합하여 그 취득대가로 위 30,493,472,322원을 지급하였다고 볼 수는 없는 점, ④ 원고 또한 이 사건 구축물 중 생활용수배관설비 등 23개의 취득가격은 이 사건 토지의 취득가격에 포함되어 있지 아니함을 전제로 이 사건 토지의 취득가격을 30,562,883,896원으로 신고한 점, ⑤ 이와 달리 이 사건 구축물·코스 등의 취득가격이 이 사건 토지의 취득가격에 이미 반영되어 있다고 보면 원고가 현대시멘트에 영업권 명목으로 지급하는 돈이 지나치게 많아질 뿐만 아니라, 이 사건 합의서에서, 영업권의 취득대가를 333,557,565원으로 정한 것과도 어긋나는 점 등을 종합하여 보면, 원고의 법인장부에 이 사건 토지와 이 사건 구축물 및 이 사건 코스를 취득하기 위하여 합계 52,616,974,657원(30,493,472,322원 + 15,092,334,697원 + 7,031,167,638 원)을 지급하였다고 기재된 것은 그 실제의 취득가격에 부합한다고 볼 만한 신빙성이 있다고 봄이 타당하다.

그런데도 원심은 이와 달리 원고의 법인장부에 기재된 이 사건 토지 등의 취득가격이 실제 취득가격에 부합하지 아니한다고 보아, 피고가 이 사건 구축물 · 코스 등의 취득가격을 과세표준에 포함하여 취득세 및 등록세 등을 과세한 것이 위법하다고 판단하였다. 이러한 원심 판단에는 구 지방세법상 취득세 및 등록세의 과세표준 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.

4. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리 · 판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관김창석

주심대법관조희대

대법관박상옥