가. 보세창고업, 일반창고업 등을 영위할 목적으로 설립된 원고는 2013. 2. 25. 한국수자원공사로부터 ‘B 물류단지’ 중 인천 서구 C 창고용지 22,692.9㎥(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 분양받아 2014. 5. 16. 소유권이전등기를 마쳤고, 그 지상에 철근콘크리트구조 철근콘크리트(스라브) 지붕 5층 창고시설 1동 건물 및 일반철골구조 기타지붕(샌드위치판넬) 단층 창고시설 2동 건물(이하 위 2개동 건물을 포괄하여 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축하고서 2014. 8. 14. 각 소유권보존등기를 마쳤다.

나. 원고는 “이 사건 토지 및 건물이 구 지방세특례제한법(2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제71조 제2항(이하 ’이 사건 감면규정‘이라 한다)에서 정하고 있는 ’물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산‘에 해당한다”는 이유로 이 사건 토지 및 건물에 대한 취득세 등을 면제받았다.

다. 원고는 2014. 6. 18. 주식회사 D(전자상거래 사이트 ‘E’을 운영하는 회사이다. 이하 ‘E’이라 한다)와 사이에 ‘화물보관 및 작업계약’(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였는데, 피고는 2016. 1. 4.부터 2016. 2. 23.까지 실시한 2016년도 기획세무조사를 통하여 이 사건 계약의 실질이 임대차계약에 해당한다고 판단하고서 구 지방세특례제한법 제178조 소정의 추징규정(이하 ‘이 사건 추징규정’이라 한다)에 따라 2016. 7. 6. 별지1 목록 기재 각 취득세 및 지방교육세(가산세 포함 을 제4호증 제3면 참조. ) 부과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3 내지 9, 12, 14, 15, 24호증, 을 제1, 4, 7, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부...

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