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가. 원고는 2001. 4. 6. 주식회사 B(이하 ‘B’이라 한다)에 기간제근로자인 계약직 사무직원으로 입사하였고, 이후 2008. 1. 1.부터 근로계약기간의 정함이 없는 무기계약직 사무직원으로 전환되어 근무하였다.

나. 그러던 중 C노동조합 B지부와 B은 2013. 10.경 기존의 4직급 체계(L1 ~ L4)에서 L0 직급을 신설하여 5직급 체계(L0 ~ L4)로 변경하되, 원고와 같은 무기계약직 사무직원을 직원의 선택에 따라 ‘기존 근로계약은 종료하고 신규채용’하는 형식으로 L0 직급으로 전환할 수 있도록 하는 내용의 ‘사무직원 인사제도 개선 합의’를 하였다.

위 합의에 따라 B이 2013. 11. 29.부터 12. 5.까지 사무직원을 대상으로 L0 직급 신규채용을 위한 내부 공모를 실시하자, 원고는 2013. 12.경 L0 직급 채용 신청을 하여 2014. 1. 1. 기존 무기계약직 사무직원 근로계약의 종료에 따른 퇴직금을 정산 받고 L0 직급이 되었다.

다. 이후 C노동조합 B지부와 B은 2015. 5.경 일정한 근속기간 또는 연령기준을 충족하는 직원들을 대상으로 법정퇴직금 이외에 직급 등 일정한 기준에 따라 계산되는 특별퇴직금과 모든 희망퇴직자들에 대하여 동일하게 지급되는 취업지원금 24,000,000원, 건강검진비 1,120,000원 및 118,000원 상당의 공로패(이하 법정퇴직금을 제외하고 특별퇴직금, 취업지원금, 건강검진비, 공로패를 통칭할 때는 ‘특별퇴직금 등’이라 한다)를 지급하는 내용의 ‘희망퇴직 실시에 관한 합의’를 하였다.

이에 원고는 2015. 6. 18. B을 희망퇴직하면서 B으로부터 법정퇴직금 4,635,366원, 특별퇴직금 97,650,000원과 앞서 본 취업지원금, 건강검진비, 공로패를 받았다. 라.

그런데 B은 원고에 대한 퇴직소득세 산정을 하면서 근속연수의 기산점이 법정퇴직금과...