2. 소송비용은 원고가 부담한다.

원고는 주권비상장법인인 B 주식회사(이하 ‘이 사건 회사’라고 한다)의 총 발행주식수의 45%를 보유하였던 주주이다.

원고는 2016. 6. 24. C에게 이 사건 회사의 주식 2,000주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 5억 원에 양도하고, 2016. 8. 26. 이 사건 주식의 양도로 인한 양도소득금액을 487,500,000원으로 하여 이에 대한 양도소득세 97,000,000원(양도소득세율 20% 적용)을 신고 및 납부하였다.

원고는 2018. 1. 2. ‘이 사건 주식은 비상장 중소기업의 주식인데 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 소득세법‘이라 한다) 제104조 제1항 제11호 (나)목에서 규정하는 대주주에는 비상장 중소기업의 대주주가 포함되지 않으므로 20%가 아니라 10%의 양도소득세율을 적용하여야 한다’는 이유로 이미 납부한 양도소득세 97,000,000원 중 48,500,000원을 감액하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.

피고는 2018. 1. 4. ‘비상장주식의 경우에도 대주주가 양도하는 중소기업의 주식에는 20%의 양도소득세율이 적용된다’는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 이 사건 처분의 적법 여부 원고 주장의 요지 구 소득세법 이전에는 모든 중소기업 주식의 양도소득에 대해서는 10%의 세율이 적용되었으나, 구 소득세법은 제104조 제1항 제11호 (나)목에서 중소기업 주식의 양도소득에 대해서 10%의 세율이 적용되는 경우를 ‘대주주가 아닌 자가 양도하는 경우’로 한정함으로써 대주주가 양도하는 경우에는 20%의 세율이 적용되도록 개정하였다.

그런데 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 (가)목에서 ‘대주주’의...

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