가. 피고가 2012. 3. 12.자로 원고에게 한, 진주시 (주소 생략) ○○○아파트 에 관한 소유권이전등기에 대한 등록세 386,183,960원 및 지방교육세 72,263,700원의 각 부과처분 중 등록세 222,618,800원 및 지방교육세 41,656,980원을 초과하는 각 부과처분을 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용 중 60%는 원고가, 나머지 40%는 피고가 각 부담한다.

가. 주식회사 성원주택건설(이하 “성원주택”이라 한다)은 주택법 제16조 소정의 주택건설사업인 진주시 (주소 생략) 외 29필지(이하 “이 사건 대지”라 한다) 지상에 아파트 6개동, 세대수 351세대로 진주 △△ □□□ ○○○ 아파트 건물(이하 신축예정인 건물과 신축공사결과 신축된 건물을 통틀어 “이 사건 건물”이라 한다)을 신축하는 사업(착공예정일 2006. 1. 2., 사용검사예정일 2007. 12. 31.)을 하는 시행자이다. 성원주택은 2005. 12. 22. 원고와 사이에, 성원주택이 원고에게 토지와 건물을 신탁하는 계약(이하 “이 사건 신탁계약”이라 한다)을 체결하였고, 같은 날 이 사건 대지에 관하여 원고 명의로 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기를 경료하였다. 이 사건 신탁계약의 주요 내용은 다음과 같다.

나. 원고는 이 사건 신탁계약과는 별도로 2005. 12. 28. 성원주택과 사이에, 성원주택은 부도, 파산 등의 부득이한 사유로 인하여 더 이상 사업을 계속할 수 없게 되는 경우에는 수분양자에 대하여 보증책임을 부담하는 조건 하에 사업부지 및 지상 건축물에 관한 일체의 권리, 분양관련 분양계약자 및 제3자에 대한 일체의 권리, 기타 사업과 관련된 일체의 권리를 원고에게 양도하기로 하는 약정(이하 “이 사건 양도약정”이라 한다)을 하였다.

다. 원고는 2006. 1. 6. 성원주택과 사이에, “주채무자인 성원주택이 보증사고[주채무자가 부도, 파산 등으로 주택분양계약을 이행할 수 없다고 원고가 인정하는 경우, 감리자가 확인한 실행공정율이 예상공정율보다 25퍼센트 이상 미달하여 보증채권자의 이행청구가 있는 경우(다만 입주예정자가 없다고 보증회사가 인정한 경우를 제외)]로 분양계약을 이행할 수 없게 된 경우에, 당해 주택의 분양이행 또는 납부한 계약금 및 중도금의 환급책임을 보증금액 48,703,690,000원의 한도 내에서 부담하고, 원고가 보증채무를 이행한 때에는 성원주택에 대하여 구상권을 가지며 보증채권자가 성원주택에 대하여 가지는 권리를 대위하여 가진다는 내용의 주택분양보증계약(이하 “이 사건 보증계약”이라 한다)을 체결하였다.

라. 원고는 2008. 7. 28. 이 사건 건물에 대하여 부동산처분금지가처분 결정을 받아 그 가처분등기의 촉탁을 원인으로 한 성원주택 명의의 소유권보존등기를 경료하였다. 그 후 이 사건 건물 신축사업의 시공자인 에이원건설 주식회사가 공사를 장기간 중단하여 사용승인검사가 지연되자, 성원주택은 2008. 8. 11. 이 사건 건물 신축사업을 포기하였다(2008. 5. 기준으로 이 사건 건물의 신축공사의 공정율은 94.75%이다).

마. 원고는 이 사건 보증계약에 따라 2008. 9. 25.부터 2008. 12. 11.까지 보증채권자인 수분양자들 중 317세대에게 분양보증금으로 총 43,513,917,400원(이하 “이 사건 환급이행금”이라 한다)을 환급하였다. 원고는 이 사건 양도약정에 따라 2008. 11. 27. 성원주택과 사이에, 원고가 이 사건 대지와 건물을 양도받기로 하는 계약을 체결하고, 2008. 12. 18. 이 사건 건물에 관하여 2008. 11. 27.자 양도를 원인으로 한 원고 명의의 소유권이전등기를 경료받았다. 원고는 원고 소유의 이 사건 대지와 건물을 오성주택건설 주식회사에 30,530,000,000원에 매도하고, 2010. 6. 15. 이 사건 대지와 건물에 관하여 오성주택건설 주식회사 명의로 2010. 5. 24.자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐주었다.

바. 부동산등기법 제40조 제3항 에 따라 이 사건 대지 전부는 이 사건 건물의 각 전유부분에 해당하는 공유지분별로 이 사건 건물의 각 전유부분에 관한 등기부에 각 대지사용권으로 2010. 9. 13. 등기가 경료되었고, 이 사건 대지 등기부는 폐쇄되었다(당시 이 사건 대지와 건물의 소유자는 모두 주식회사 생보부동산신탁이었다).

사. 원고는 2008. 11. 27. 이 사건 양도약정에 따라 성원주택으로부터 이 사건 건물을 취득한 사실에 대하여 시가표준액인 18,648,552,821원을 등록세 등의 과세표준으로 하고, 그에 대한 구 지방세법(2008. 12. 31. 법률 제9302호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라 한다) 제131조 제1항 제2호 의 무상취득 세율인 등록세율 1.5%를 적용하여 산출한 등록세 279,728,290원과 지방교육세 55,945,650원을 신고·납부하였다.

아. 피고는 2011. 12. 7. 원고에게, 원고가 이 사건 아파트(이 사건 대지권과 이 사건 건물을 합한 것이다)를 유상취득하였다고 판단하고 이 사건 환급이행금 전액을 과세표준으로 하여 구 지방세법 제131조 제1항 제3호 의 유상취득 세율인 등록세율 2%를 적용한 등록세 906,730,530원과 지방교육세 169,535,080원을 추징한다는 내용의 세무조사 결과통지 및 과세예고를 하였다.

자. 피고는 원고의 과세전적부심사청구 후, 원고가 취득한 이 사건 아파트는 주택분양보증의 이행을 위하여 취득하는 분양계약이 된 주택에 해당하므로 구 지방세법 제269조 제5항 에 따라 위 세율의 50%를 경감하여 세액을 다시 산정한 다음 2012. 3. 12. 원고에게 취득가액 차액 24,865,364,579원[= 43,513,917,400원(피고가 과세표준으로 판단한 이 사건 환급이행금) - 18,648,552,821원(원고가 과세표준으로 신고·납부한 이 사건 건물의 시가표준액)]을 과세표준으로 하는 등록세 386,183,960원과 지방교육세 72,263,700원 및 등록세율 차이 0.25%[= 1%(피고가 적용한 구 지방세법 제131조 제1항 제3호 의 유상취득 세율인 등록세율 2%의 50% 감경세율) - 0.75%(원고가 신고·납부한 구 지방세법 제131조 제1항 제2호 의 무상취득 세율인 등록세율 1.5%의 50% 감경세율)]에 대한 추가 등록세 72,407,650원과 추가 지방교육세 13,549,080원을 각 납부하라는 등록세 등 부과고지(이하 “이 사건 처분”이라 한다)를 하였다.

차. 원고는 2012. 5. 11. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2012. 11. 6. 조세심판원으로부터 심판청구 기각 결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10호증의 2, 을 제1, 3, 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 양도담보계약인 이 사건 신탁계약과 이 사건 양도약정에 따라 이 사건 건물을 취득하였으므로, 이 사건 건물의 등록세 등의 과세표준은 이 사건 환급이행금이 아니라 이 사건 건물의 시가표준액이다.

2) 가사 피고의 주장대로 이 사건 건물의 등기에 대한 등록세 등의 과세표준이 이 사건 환급이행금이라고 가정하더라도 이 사건 환급이행금에는 이 사건 대지의 취득비용이 포함되어 있으므로, 이 사건 건물의 취득비용은 이 사건 환급이행금에서 이 사건 대지의 취득비용 부분을 공제한 나머지 금액이다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 제소기간 준수여부에 대하여

피고는, 원고가 당심에서 추가한 등록세율 차이로 인한 추가 등록세 72,407,650원과 추가 지방교육세 13,549,080원의 각 부과처분의 취소청구부분은 제소기간을 도과한 것이라고 주장한다.

살피건대, 앞서 본 바와 같이 이 사건 처분에는 ‘취득가액 차액을 과세표준으로 하는 등록세 386,183,960원과 지방교육세 72,263,700원’ 및 ‘등록세율 차이로 인한 추가 등록세 72,407,650원과 추가 지방교육세 13,549,080원’이 모두 포함되어 있고, 원고는 이 사건 처분에 대하여 불복하여 전심절차(조세심판원에 대한 심판 청구)를 거쳤다. 원고는 이 사건 행정소송을 제기하면서 ‘취득가액 차액을 과세표준으로 하는 등록세 386,183,960원과 지방교육세 72,263,700원’에 대하여만 그 부과처분의 취소를 구하였다가 당심에 이르러 ‘등록세율 차이에 대한 추가 등록세 72,407,650원과 추가 지방교육세 13,549,080원’을 포함하여 이 사건 처분 전부의 취소를 구하는 것으로 청구취지를 확장하였는데, 위 청구확장은 동일한 처분의 범위 내에서 청구의 기초에 변경이 없이 이루어진 소의 변경에 해당하므로 제소기간 준수 여부는 당초의 소 제기시를 기준으로 판단하면 된다. 원고는 조세심판원의 2012. 11. 6.자 기각 결정을 받은 때로부터 90일 이내인 2013. 1. 29. 이 사건 소를 제기하였으므로, 피고의 주장은 이유 없다.

2) 원고의 위 2. 가. 1) 주장에 대하여

구 지방세법 제124조 에 의하면, 등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(등재를 포함한다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다. 구 지방세법 제130조 제1항 , 제111조 제5항 , 제130조 제3항 , 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전부개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법 시행령‘이라 한다) 제82조의2 제1항 에 의하면, 법인장부 중 대통령령이 정하는 것(원장, 보조장, 출납전표, 결산서)에 의하여 취득가격이 증명되는 부동산의 등기 시에는 사실상의 취득가액을 등록세의 과세표준으로 하고 있고, 여기서 사실상의 취득가액이란 등록 시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 구 지방세법 시행령 제82조의2 제1항 각호 에서 정하는 간접비용의 합계액으로 과세대상 물건을 취득하기 위하여 지급하였거나 지급하여야 하는 일체의 비용을 의미한다. 한편 등록세는 재산권 기타 권리의 취득, 이전, 변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 등기 또는 등록이라는 단순한 사실의 존재를 과세대상으로 하여 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과하는 조세로서, 그 등기 또는 등록의 유·무효나 실질적인 권리귀속의 여부와는 관계가 없는 것이다( 대법원 2003. 6. 10. 선고 2001두2720 판결 등 참조).

살피건대, 원고가 그 명의로 이 사건 아파트의 소유권이전등기를 한 이상 그 등기원인이 양도담보인지 대물변제인지 여부와 관계없이 위 등기는 등록세의 부과대상이 된다.

또한 구 집합건물의소유및관리에관한법률(2010. 3. 31. 법률 제10204호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 집합건물법’이라 한다) 제2조 에 의하면, ‘전유부분’이란 구분소유권의 목적인 건물부분을 말하고( 3호 ), ‘공용부분’이란 전유부분 외의 건물부분, 전유부분에 속하지 아니하는 건물의 부속물 및 공용부분으로 된 부속의 건물을 말하며( 4호 ), ‘건물의 대지’란 전유부분이 속하는 1동의 건물이 소재하는 토지 및 규약에 따라 건물의 대지로 된 토지를 말하고( 5호 ), ‘대지사용권’이란 구분소유자가 전유부분을 소유하기 위하여 건물의 대지에 대하여 가지는 권리를 말한다( 6호 ).

이 사건의 경우 대지사용권은 이 사건 대지의 소유권을 의미하는데, 이 사건 건물은 구 집합건물법의 집합건물로서 구 집합건물법 제20조 제1항 , 제2항 에 따라 그 대지사용권은 전유부분과 분리하여 처분될 수 없는 점, 앞서 본 바와 같이 이 사건 양도약정 당시 성원주택이 부도 등의 이유로 사업을 계속할 수 없는 경우 원고가 수분양자에게 보증책임을 부담하는 조건으로 성원주택으로부터 이 사건 대지와 건물에 관한 일체의 권리 등을 양도받기로 한 점 등을 종합하여 보면, 원고는 이미 신탁을 원인으로 한 이 사건 대지소유권이전등기를 마친 상태에서 성원주택의 부도 이후 이 사건 대지의 소유권을 확정적으로 취득하고 이 사건 건물의 소유권을 취득하기 위하여 수분양자들에게 이 사건 환급이행금을 지급하였다 할 것이므로, 이 사건 환급이행금 중 일부는 이 사건 대지를 취득하기 위하여 지출한 비용이고 일부는 이 사건 건물을 취득하기 위하여 지출한 비용으로 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 환급이행금 전부가 이 사건 건물의 사실상의 취득가액으로서 등록세 등의 과세표준이 되는 것은 아니므로, 피고가 이 사건 환급이행금 전부를 이 사건 건물의 등록세 등의 과세표준으로 한 것은 위법하니, 원고의 주장은 일부 이유 있다.

3) 원고의 위 2. 가. 2) 주장에 대하여

갑 제6호증, 을 제5, 7, 10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 환급이행금은 이 사건 건물 전유부분의 수분양자들이 분양대금으로 납부한 계약금과 중도금의 합계금액으로 위 금액에는 이 사건 대지와 이 사건 건물에 대한 매수대금이 모두 포함된 사실을 인정할 수 있다.

이 사건 대지에 관하여 원고 명의로 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기가 경료될 당시 시행되던 구 지방세법 제128조 에 의하면, 신탁으로 인한 위탁자로부터 수탁자에게 이전하는 경우의 재산권 취득의 등기에 대한 등록세는 비과세였다.

이 사건 처분의 과세물건은 이 사건 대지를 제외한 이 사건 건물의 등기이므로 이 사건 대지의 취득비용은 과세표준이 될 수 없으니, 이 사건 환급이행금으로부터 이 사건 대지의 취득비용에 해당하는 부분을 공제한 나머지 금액만이 이 사건 건물에 관한 소유권이전등기에 대한 등록세 등의 과세표준이 된다.

4) 정당한 세액

갑 제11, 12, 13호증, 을 제1, 10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 환급이행금은 43,513,917,400원인 사실, 이 사건 대지의 가액(이 사건 대지의 2008년도 공시지가 335,000원/㎡를 적용함)은 5,954,625,00원(= 17,775㎡ × 335,000원)이고, 이 사건 건물의 시가표준액은 18,648,552,821원인 사실을 인정할 수 있으므로, 이 사건 환급이행금 중 이 사건 건물의 취득비용에 해당하는 부분은 32,982,389,226원[= 43,513,917,400원 × (18,648,552,821원 / 18,648,552,821원 + 5,954,625,00원)]이라 할 것이다.

따라서 이 사건 건물의 취득가액 차액 14,333,836,405원[= 32,982,389,226원(이 사건 건물의 취득가액) - 18,648,552,821원(이 사건 건물의 취득가액으로 신고한 시가표준액)]에 대한 세율 1%로 계산한 정당한 등록세액은 222,618,800원[= 143,338,360원(본세) + 28,667,670원(신고가산세) + 50,612,770원(납부가산세)]이고, 정당한 지방교육세액은 41,656,980원[= 28,667,760(본세) + 2,866,760원(신고가산세) + 10,122,550원(납부가산세)]이며, 등록세율 차이(0.25%)에 대한 정당한 추가 등록세액은 72,407,650원[= 46,621,380원(본세) + 9,324,270원(신고가산세) + 16,462,000원(납부가산세)]이고, 정당한 추가 지방교육세액은 13,549,080원[= 9,324,270원(본세) + 932,420원(신고가산세) + 3,292,390원(납부가산세)]이다.

5) 소결론

그러므로 피고가 2012. 3. 12.자로 원고에게 한, 진주시 (주소 생략) ○○○아파트에 관한 소유권이전등기에 대한 등록세 386,183,960원 및 지방교육세 72,263,700원의 각 부과처분 중 정당한 등록세 222,618,800원 및 정당한 지방교육세 41,656,980원을 초과하는 각 부과처분 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 일부 받아들여, 주문과 같이 제1심판결을 변경한다.

[별지 생략]