2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 메리야스 및 봉제품제조업 등을 목적으로 하여 설립된 회사로서, 2003. 5. 2. 서울 ○○구 ○○○동 00-0 소재 섬유공장을 매각한 후 같은 해 6월말까지의 가결산에 대해 2003. 9. 1.과 같은 해 10. 6. 각 155,588,559원씩 합계 331,177,100원의 법인세를 중간예납 하였다.

나. 원고는 2003 사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고시 원고가 ① 2003. 7. 10. ○○렌트카 주식회사와의 자동차임대계약에 의해 차량 2대(에쿠스 JS350 Value 1대, 오피러스 GH 300 1대, 이하 '이 사건 차량'이라 한다)를 임차한 후 사용료 합계 85,140,000원을 차량유지비로 지급하였고, ② 2003. 11. 퇴직한 임원 김○○과 김○○에게 퇴직금 합계 757,920,000원을 지급하였으며, ③ 비상근 감사 이○○에게 2002 사업연도 급여 8,871,260원과 2003 사업연도 급여 8,200,980원 합계 17,072,240원을 지급하였으므로 이를 각 손금에 산입하여 법인세 과세표준 및 세액을 계산한 결과 중간예납시 과다납부한 249,646,963원을 환급받아야 한다고 신고하였다.

다. 이에 대하여 피고는 원고를 법인세 조사대상 법인으로 선정하고 세무조사를 실시한 결과, ① 원고가 차량유지비로 지출한 비용은 업무에 직접 사용하지 아니하는 자동차의 관리비용이므로 이를 손금 불산입하고, ② 이○○에게 지급한 급여는 직무에 종사하지 않은 비상근 임원에게 지급한 것이어서 이를 손금 불산입하여야 하며, ③ 김○○ 등에게 지급한 퇴직금은 원고가 특정임원에게 특별한 공로의 기준과 내용이 없이 임의로 지급한 것으로 경제적 합리성을 결여한 것으로 보아 위 금액 중 660,278,333원을 부당행위 계산 부인하여 손금 불산입하여야 한다고 보고, 이를 각 금액을 각 귀속자에 대한 인정상여로 소득처분한 후 2004. 8.10. 원고에게 2003 사업연도 귀속 법인세 245,058,272원을 부과 · 고지하고, 원고의 환급 신청액 중 4,588,690원만을 환급하겠다는 내용의 세무조사결과를 통지하였다.

라. 원고는 2004. 12. 23. 국세심판원에 위 처분에 관한 심판청구를 하였고, 국세심판원은 2005. 7. 21. 원고의 비상근감사 이○○에게 지급한 2002 사업연도 급여 8,871,260원과 2003 사업연도 급여 8,200,980원은 손금에 산입하고, 김○○과 김○○에게 지급한 퇴직금 중 286,900,000원을 손금에 산입하여 그 과세표준과 세액을 경정하며, 나머지 청구를 기각하는 것으로 결정하였고, 이에 따라 이 사건 법인세 부과처분은 178,594,980원으로 감액 · 경정되었다(이하 위와 같이 국세심판결정에 따라 감액 경정된 처분을 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정 근거] 갑1, 2, 23호증, 을1호증의 1~9, 을2호증의 1, 2의 각 기재

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단

가. 원고의 주장

(1) 자동차가 법인의 업무와 직접적인 관련이 있는지의 여부는 법인의 성격 및 차량을 이용하는 임원의 지위, 활동영역, 품위 유지, 업무실적 등을 고려하여 결정하여야하므로 이 사건 차량이 김○○ 등의 개인적인 용도로 사용되었다고 단정할 수 없음에도 이를 업무에 직접 사용하지 아니하는 동산으로 분류하여 그 관리비용 등을 손금불산입한 것은 위법하다.

(2) 원고는 정관의 위임에 따라 주주총회에서 결의한 임원퇴직금 지급기준에 따라 퇴직임원들에게 퇴직금을 지급하였으므로, 원고가 지급한 위 퇴직금 상당액은 전부 손금에 산입하여야 한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 김○○은 원고 법인의 창업주로서 원고의 주식 99.4%를 소유하고 있는 대주주이고, 2002. 2. 2.까지 원고의 대표이사로, 그 이후 2003. 11. 28.까지 회장으로 각 재직하였고, 김○○은 위 김○○의 아들로서 2002. 2. 2.부터 2003. 11. 28.까지 원고의 대표이사로 재직하였다.

(2) 원고 법인은 이 사건 차량 2대 이외에도 업무용 차량 2대를 보유하고 있었으며, 세무조사 당시 원고의 대표이사인 이○○는 이 사건 차량 2대는 원고 법인의 업무와 관련 없이 사실상 김○○ 및 김○○의 개인 용도로 사용되었음을 확인하였다.

(3) 원고의 정관 제37조는 '이사와 감사의 퇴직금의 지급은 주주총회의 결의를 거친 임원퇴직금지급규정에 의한다'라고 규정하고 있는바, 원고는 위 퇴직금지급규정 제4조 내지 제6조의 규정에 의하여 산정된 퇴직금으로 김○○에게 142,500,000원, 김○○에게 144,400,000원을 각 지급하면서, 이와 별도로 특별위로금의 명목으로 김○○에게 241,020,000원, 김○○에게 230,000,000원을 추가로 각 지급하였다.

(4) 그런데, 원고 회사의 정관상 특별위로금의 지급에 관한 규정을 찾아 볼 수 없고, 다만 위 임원퇴직금지급규정 제7조에서 회사에 특별한 공로가 있는 임원이 퇴직할 경우에는 이사회의 결의를 얻어 퇴직금과는 별도로 퇴직금의 500% 범위 내에서 특별위로금을 지급할 수 있다는 규정을 두고 있다.

[인정 근거] 갑3, 4호증, 갑9호증의 1, 2, 갑13호증의 1, 2, 을4, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 차량유지비의 손금산입 여부

위 인정사실에 의하면, 원고 스스로 세무조사 당시 이 사건 차량 2대가 김○○ 등의 개인 용도로 사용되어 왔음을 시인한 이상 피고가 이 사건 차량을 업무와 직접 관련이 없는 자산으로 보아 그 관리비용을 손금에 산입하지 아니한 조치는 적법하다.

(2) 특별위로금의 손금산입 여부

구 법인세법시행령(2005.2.19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것) 제44조 제3항 및 제4항이, 법인이 일반 사용인에게 퇴직금을 지급한 경우와는 달리 법인 임원에게 퇴직금을 지급한 경우에는 정관에 퇴직금으로 지급할 금액이 정해진 경우이거나 정관에서 위임된 퇴직금지급규정에 의하여 지급된 금액에 한하여 이를 손금에 산입할 수 있도록 규정하는 취지는 법인의 임원이 이사회의 구성원으로서 그 권한을 이용하여 임원에게 퇴직금을 부당하게 과다 지급하도록 함으로써 법인의 소득을 감소시키는 것을 막기 위함에 있는 것이라 할 것이다.

그런데, 앞서 본 바와 같이 원고가 그 정관에서 퇴직금에 관하여 주주총회의 결의를 거친 퇴직금지급규정에 의하도록 규정하고 있을 뿐 특별위로금의 지급여부에 관한 별도의 위임 규정을 두고 있지 아니함에도 원고가 임원퇴직금지급규정상 이사회의 결의에 의해 퇴직금과는 별도로 퇴직금의 500% 범위 내에서 특별위로금을 지급할 수 있도록 규정하면서, 사실상 지급여부를 정하는 기준이나 지급률 산정에 대한 구체적 기준을 정하고 있지 아니한 점, 퇴직임원인 김○○과 김○○은 원고 발행 주식의 99.4%를 소유하고 있는 대주주 및 이사로서 원고와 특수관계자의 지위에 있는 자들로서 자신들에 대한 특별위로금 지급을 위한 임시주주총회 및 이사회 결의 당시 위 총회나 이사회의 결의내용을 실질적으로 주도한 점, 원고가 이들에 대한 특별위로금 지급 이외에 그 직원들의 퇴직시 특별위로금을 지급한 전례가 전혀 없는 점 등에 비추어 위 임원퇴직금규정 중 특별위로금 지급에 관한 부분은 '정관에서 위임된 퇴직급여지급규정'이라 할 수 없다 할 것이므로, 피고가 퇴직금 이외에 특별위로금을 손금에 산입하지 아니한 조치는 적법하다.

3. 결 론

그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관계법령

〔법인세법〕

제27조 (업무와 관련없는 비용의 손금불산입)

내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각호의 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령이 정하는 금액

2. 제1호외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령이 정하는 것

제52조 (부당행위계산의 부인)

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계자와 거래한 내역이 기재된 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

〔법인세법 시행령(2005.2.19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것)〕

제43조 (상여금 등의 손금불산입)

④ 상근이 아닌 법인의 임원에게 지급하는 보수는 법 제52조에 해당하는 경우를 제외하고 이를 손금에 산입한다.

제44조 (퇴직금의 손금불산입)

③ 법인이 임원에게 지급한 퇴직금 중 다음 각호의 1에 해당하는 금액을 초과하는 금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 정관에 퇴직금(퇴직위로금 등을 포함한다)으로 지급할 금액이 정하여진 경우에는 정관에 정하여진 금액

2. 제1호외의 경우에는 그 임원이 퇴직하는 날부터 소급하여 1년동안 당해 임원에게 지급한 층급여액(소득세법 제20조제1항제1호 가목 및 나목의 규정에 의한 금액으로 하되, 제43조의 규정에 의하여 손금에 산입하지 아니하는 금액을 제외한다)의 10분의 1에 상당하는 금액에 재정경제부령이 정하는 방법에 의하여 계산한 근속연수를 곱한 금액

④ 제3항제1호의 규정은 정관에 임원의 퇴직금을 계산할 수 있는 기준이 기재된 경우를 포함하여, 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정이 따로 있는 경우에는 당해 규정이 따로 있는 경우에는 당해 규정에 의한 금액에 의한다.

제49조 (업무와 관련이 없는 자산의 범위 등)

① 법 제27조제1호에서 "대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다.

2. 다음 각목의 1에 해당하는 동산

나. 업무에 직접 사용하지 아니하는 자동차·선박 및 항공기, 다만, 저당권의 실행 기타 채권을 변제받기 위하여 취득한 선박으로서 3년이 경과되지 아니한 선박 등 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 자동차·선박 및 항공기를 제외한다.

③ 법 제27조제1호에서 "대통령령이 정하는 금액"이라 함은 제1항 각호의 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용, 유지비, 수선비 및 이와 관련되는 비용을 말한다.