가. 피고는 2005. 2. 2.경 지역특화발전특구에 대한 규제특례법(이하 ‘지역발전법’이라 한다)에 의해 재정경제부장관(현 지식경제부장관)으로부터 ‘해운대 컨벤션영상해양레저특구’의 특화사업자로 지정받은 후, 2007. 4. 16. 원고를 위 특화사업 중 ‘동백섬 주변 해양레저 기지 건설 사업(이하 ’이 사건 특화사업‘이라 한다)’의 민간특화사업자로 결정하였다.

나. 피고는 2009. 5. 29. 지식경제부장관에게 기존 승인받은 특화사업을 단위사업별로 나누고, 원고 등의 민간업체를 단위사업별 민간특화사업자로 지정하는 내용의 ‘지역특화발전특구계획 변경승인신청’을 하였고, 지식경제부장관은 2010. 1. 11. 피고의 신청을 승인하는 ‘지역특화발전특구계획 변경승인(이하 ’이 사건 계획변경승인‘이라 한다)을 하였다. 다. 원고는 2010. 3. 17. 피고에게 이 사건 특화사업을 위한 요트계류시설의 설치 등을 내용으로 하는 ‘실시계획 인가승인신청'을 하였고, 피고는 2010. 7. 8. 위 실시계획을 승인 이하 '이 사건 실시계획승인'이라 한다

하였다. 라.

원고는 2011. 3. 9. 피고로부터 이 사건 특화사업의 시행지인 부산 해운대구 B 일원 지선 공유수면 이하 '이 사건 공유수면'이라 한다

인접 지상에 근린생활시설 등을 건축할 수 있는 건축허가 이하 '이 사건 건축허가'라 한다

를 받았다.

마. 한편, 피고는 2010. 10. 29. 원고에게 이 사건 공유수면의 점용료사용료 101,406,025원 및 이에 대한 부가가치세 10,140,602원의 합계 111,546,627원을 부과 이하 '이 사건 처분'이라 한다

)하였는데, 피고는 점용기간을 이 사건 계획변경승인일인 2010. 1. 11.부터 2011. 5. 31.까지로 하여 위 점용료사용료를 산정하였다. [인정근거 다툼 없는 사실,...

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