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가. 원고는 2005. 4. 14. 건설업등록을 하고 토목건축공사업을 영위하는 법인으로, 2010. 12. 23. 피고로부터 건설업 등록기준(자본금) 미달을 이유로 3개월의 영업정지 처분을 받은 바 있다.

나. 피고는 2012. 9. 20. 국토해양부장관으로부터 2012년 종합건설업 실태조사를 지시받고, 원고에 대한 건설업 등록기준 실태조사(2011년 결산 기준)를 실시하였는데, 원고는 원고의 자산이 2,195,771,071원이고, 부채는 284,445,658원이며, 그에 따라 자본은 1,911,325,413원 상당이라는 내용이 기재된 재무상태표 등을 제출하였다.

다. 피고가 실태조사 결과 원고가 제출한 재무상태표에 기재된 자본금 중 주주임원관계회사 단기대여금 604,656,290원, 선급금 5,000,000원, 기타(선급비용, 선납세금) 14,874,771원, 공사미수금 284,114,000원 합계 908,645,061원을 부실자산으로 보아 실질자본에서 제외한 결과 실질자본금이 1,002,680,352원으로 자본금 부적격업체인 것으로 평정하였다. 라.

피고는 2012. 3. 26. 원고에게 건설업 등록기준(자본금) 미달로 건설업 등록말소처분이 예정되어 있고 2013. 5. 27. 청문절차를 실시할 예정임을 통지하였고, 원고는 위 청문절차에 참석하여 B세무회계사무소(담당 공인회계사 C)이 작성한 재무관리상태진단보고서(이하 ‘이 사건 진단보고서’라 한다)를 제출하면서 재검토를 요청하였는데, 이 사건 진단보고서에 의하면, 원고가 제출한 재무상태표에 기재된 자본금 중 주주임원관계회사 단기대여금 604,656,290원, 선급비용, 선납세금 14,874,771원은 피고의 실태조사평정과 같이 부실자산으로 보되, 선급금 5,000,000원은 실질자본으로 인정하고, 오히려 D에 대한 매출채권 418,000,000원을 인정하여 그 중 재무상태표에 이미 계상되어 있는 공사미수금...