2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1993. 2. 22.부터 2007. 9. 30.까지 서울 중구 ☆☆동 48-3 ★★상가 28호에서 '○○○'이라는 상호로 의류도매업을 영위하던 사업자이다.

나. 서울지방국세청은 2007. 1. 16.부터 같은 해 4. 19.까지 집단상가 관련 자료상에 관한 조사를 한 결과, 원고를 비롯한 ●●●상가 약 1,223개 업체의 세무신고 및 기 장 대리를 한 ◎◎세무회계사무소의 실질적 운영자 양◇◇이 위 1,223개 업체에 대한 부가가치세 신고를 하면서 각 업체의 부가가치세 매출과세표준과 매입세액 및 납부세액을 일정하게 맞추기 위하여 각 업체 명의로 공급가액 합계 219,849,000,000원인 허위 세금계산서를 발행한 사실을 적발했다.

다. 원고는 2001년 제1기분부터 2006년 제1기분까지, 양◇◇이 발행한 공급가액 합계 391,080,000원의 매입세금계산서(이하 '이 사건 매입세금계산서'라 한다)에 관한 매입세액을 과세기간별 매출세액에서 공제하여 부가가치세 신고를 했다.

라. 피고는 이 사건 매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 이유로 그에 다른 각 매입세액을 공제하지 아니하고 2007. 10. 12. 청구취지 기재와 같이 부가가치세를 경정ㆍ고지하는 이 사건 처분을 했다.

[인정근거: 다툼 없는 사실, 갑 1, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 본안전 항변에 관한 판단

피고는, 이 사건 소는 제소기간을 준수하지 않은 것으로서 부적법하다고 주장하나, 원고가 구하는 것은 이 사건 처분의 무효 확인이고, 무효 확인을 구하는 소송은 행정소송법 제20조에 규정된 제소기간의 제한을 받지 아니한다고 할 것이므로 피고의 본안전항변은 이유 없다.

3. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 근거과세원칙위배

부가가치세가 신고납부방식의 조세이기는 하나, 구 부가가치세법(2007. 12. 31. 법률 제8826호로 개정되기 전의 것, 이하 부가가치세법이라 한다) 제21조 제1항 제3호에 의하면 부가가치세 확정신고를 할 때 제출한 매출처별세금계산서합계표 등의 기재사항 이 사실과 다르게 기재된 때에는 과세관청이 조사에 의하여 부가가치세의 과세표준 등 을 결정 또는 경정하도록 규정하고 있고, 부가가치세법 제21조 제2항에 의하면 부가가 치세의 과세표준과 납부세액 등을 결정 또는 경정하는 경우 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙을 근거로 하되, 그것이 허위임이 명백한 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계할 수 있다고 규정하고 있다.

이 사건 매입세금계산서가 허위로 작성된 것은 사실이나, 그에 상응하는 매출세금계산서 역시 세무기장대리인인 양◇◇에 의해 허위로 작성된 것이고, 이는 서울지방국세청장의 조사결과 밝혀진 사실이다. 그렇다면 피고로서는 원고가 제출한 허위의 매출세금계산서에 구애됨이 없이 실지조사를 하거나 적어도 추계조사를 하여 새로이 과세표준을 확정하였어야 한다. 그럼에도 불구하고, 피고는 허위임이 명백한 매출세금계산서에 의거하여 과세표준을 정하고, 그에 따라 이 사건 처분에 이르렀는바, 이는 근거과세의 원칙을 위반한 것이다.

(2) 과세형평원칙위배

피고는 원고와 같은 처지에 있는 ●●●상가 상인들 중 수정신고를 한 사람들에 대하여는 3개 과세기간에 관해서만 부가가치세를 부과하였으나, 원고에 대하여는 단지 수정신고를 하지 않았다는 이유만으로 무려 11개 과세기간에 대해 부가가치세를 부과하였다. 이는 과세형평의 원칙에 반한다.

나. 판단

(1) 근거과세원칙위배여부

부가가치세법 제17조 제2항은 매입세액에 관하여 '부가가치세법 제16조에 의한 세금계산서를 교부받지 않은 경우 또는 교부받은 세금계산서에 필요한 기재사항 전부 또 는 일부가 기재되지 않았거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 실제로 재화 또는 용역을 공급받았더라도 매출세액에서 공제하지 아니한다'고 규정하고 있다. 그런 데 매출세액에 관하여는 그와 같은 취지의 규정이 없어, 납세의무자가 스스로 매출로 신고한 이상 그러한 매출은 실제 있었던 것으로 봄이 상당하고, 가사 실제 매출이 없었다고 해도 신고납세방식의 조세인 부가가치세에 있어서 납세의무자가 매출로 신고한 부분은 그대로 확정되는 것이어서(매출세액 등이 과다신고된 경우라면 납세의무자는 별도로 감액경정청구 등의 절차를 밟아야 할 것이다), 그 매출로 신고한 부분을 형평의 원칙상 전체매출액에서 공제하여야 한다고 볼 것도 아니다(대법원 2005. 11. 10. 선고 2004두9197 판결 참조).

즉 과세표준이 허위의 매출신고에 의해 산출된 것이라는 점은, 그 부분에 대한 감액경정청구 등의 절차에서 주장할 사유이지, 매입세액불공제로 인한 증액경정처분의 위법사유는 아니므로, 원고가 이미 2001년 제1기부터 2006년 제1기까지의 매출액을 적법하게 신고하여 확정된 이상 이 사건에서 뒤늦게 매출선고 거래가 가공거래로서 과세표준에서 공제되어야 한다고 주장하여도 이를 받아들일 수는 없다.

무엇보다도 갑8호증의 기재에 의하면, ◎◎세무회계사무소 직원들은 상가 상인들에 대한 부가가치세 신고시 먼저 상인들을 찾아다니며 실제 매출자료, 매입자료를 받아와서 실적집계를 한 후, 매입자료나 매출자료가 부족한 경우 그에 맞춰 허위의 세금계산서를 발행하거나 수취하였다는 것이어서, 원고가 제출한 매출세금계산서 등이 모두 허위임이 명백한 때에 해당된다고 보기도 어렵다. 따라서 피고에게 부가가치세법이 정한 추계조사 방법으로 매출액을 다시 결정할 의무가 있다고 할 수 없다.

(2) 과세형평의원칙위배여부

갑 4호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는 양◇◇이 발행한 세금계산서와 관련된 ●●●상가 상인들에게 2005년 제1기분부터 2006년 제1기분까지의 부가가치세에 관하여 수정신고를 할 것을 권유하면서 불응하는 경우에는 해당 과세기간 전부에 대하여 과세할 수 있다는 취지의 안내서를 발송하였고, 수정신고에 응한 상인들에게는 위 3개 과세기간에 대하여만 부가가치세 경정처분을 한 사실, 원고 역시 위 안내서를 수령한 바 있으나, 다른 상인들과 달리 수정신고를 하지 아니한 사실을 인정할 수 있다.

그런데 피고의 위와 같은 과세처분은 양◇◇과 관련된 세금계산서 수수내역은 매우 방대한 반면 과세관청의 인력은 부족한 현실을 감안하여 수정신고를 한 상인들에 대하여는 우선 3개 과세기간에 대하여 경정처분을 한 것일 뿐 나머지 해당 과세기간에 대해 과세를 포기한 것으로 보이지는 않는다.

피고의 위와 같은 과세처분으로 인해 수정신고를 한 상인들이 원고와 달리 나머지 해당 과세기간에 대한 경정세액에 관해 기한의 이익을 부여받게 된 점은 인정된다. 그러나 수정신고에 응하여 나머지 과세기간의 경정세액에 관한 기한의 이익을 부여받을 기회는 원고에게도 있었는데, 원고가 위 수정신고 안내에 응하지 아니한 결과 다른 상인들에 비해 불이익을 받게 된 것인 점 등에 비추어 보면, 원고가 주장하는 사정만으로는 이 사건 처분이 과세형평의 원칙에 반한다고 보기 어렵다.

(3) 무효여부

설령 이 사건 처분이 일부 허위인 매출세금계산서에 의해 확정된 과세표준에 따라 이루어졌다거나 과세형평에 다소 어긋난 하자가 있다고 하더라도 그것이 이 사건 처분을 당연무효로 할 만큼 중대하고 명백하다고는 보이지 아니하므로, 이 사건 처분이 무효라는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

4. 결론

원고의청구는이유없으므로이를기각한다.