2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 육상철도운송과 이에 부대하는 사업 등을 목적으로 한국철도공사법에 의하여 설립된 법인으로, 2006. 8.경 강릉시, 동해시, 삼척시(이하 '이 사건 각 지방자치단체'라 한다) 사이의 열차노선을 따라 이어진 동해안 경관 및 주변 관광자원을 이용한 관광열차상품을 개발하여 원고의 관광수익을 증대하고 철도의 이미지를 재고하며 위 각 지역의 관광산업 발전에 기여할 목적으로 바다열차 운행사업을 추진하게 되었다.

나. 바다열차 운행사업은 강릉역에서 삼척역까지 58km에 이르는 열차노선에 CDC동 차 3량을 프로포즈룸, 휴식공간, 스넥코너 등으로 개조하여 매일 6회씩 운행하고 각 객차 내에서 이벤트와 부대행사를 시행함으로써 동해안의 주요 관광상품으로 자리잡는 것을 주요 내용으로 하고 있다.

다. 원고는 위 사업계획을 추진하면서 2007. 7.경 강릉시장, 동해시장, 삼척시장(이하 '이 사건 보조금'이라 한다)을 지급받았다. 또, 원고는 바다열차 운행협약을 체결한 XXX관광레저 주식회사(2007. 3. 30. 코레일투어서비스 주식회사로 상호가 변경됨, 이하 'XXX관광레저'라 한다)로부터 2007년도 2기 전세운임으로 264,482,400원을 지급받았다(이하 '이 사건 전세운임'이라 한다).

라. 피고는 이 사건 보조금을 이 사건 각 지방단체의 관광홍보용역에 대한 대가로 보아 부가가치세법(이하 '법'이라 한다) 제13조 제2항 제4호 및 법 시행령 제48조 제10항에 기초하여 이를 부가가치세 과세표준에 포함시키고, 이 사건 전세운임을 법 제12조 제2항 제6호의 부가가치세 면제되는 여객운송용역에 해당하지 아니한 것으로 보아 과세대상에 포함시켜, 2008. 7. 21. 원고에게 2007년도 2기분 부가가치세 129,826,910원을 부과하였다(이하 '이 사건 부과처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 11호증, 을 제1호증의 각 기재

2. 이 사건 소의 적법 여부에 관한 판단

피고는 이 사건 과세처분이 원고가 아닌 원고 강릉지사에 대하여 이루어진 것이므로 원고는 당사자적격이 없다고 주장하나, 원고는 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 사업자로서 부가가치세의 납세의무자이자(법 제2조 제1항 제1호) 권리의무의 귀속주체이고, 원고 강릉지사는 원고의 사업장에 불과하여(법 제4조 제4항, 법 시행령 제4조 제1항 제10호) 권리의무의 귀속주체가 될 수 없으므로, 원고는 이 사건 과세처분을 다툴 당사자적격이 있다.

3. 본안에 관한 판단

가. 당사자들의 주장

(1) 원고는, 법 제13조 제2항 제4호가 공공보조금을 과세표준에 포함하지 않는 것으로 규정하고 있음에도 불구하고, 법 시행령 제48조 제10항은 모법의 위임규정 없이 위 법 규정의 공공보조금으로 한다고 규정함으로써 법 규정보다 부가가치세 과세대상의 범위를 확장하고 있으므로, 위 법 시행령 규정은 조세법률주의 원칙에 위배되어 무효이고, 따라서 위 조항에 근거하여 내려진 이 사건 공공보조금에 대한 과세처분은 위법하다고 주장한다.

(2) 원고는, 이 사건 공공보조금이 법 제13조 제2항 제4호에 의하여 부가가치세의 과세표준에 포함되지 않는다고 주장하고, 이에 대하여 피고는, 이 사건 공공보조금은 이 사건 각 지방자치단체의 관광홍보용역에 대한 대가로 지급된 것이므로 법 시행령 제48조 제10항의 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되는 공공보조금으로서 과세표준에 포함되어야 한다고 주장한다.

(3) 원고는, 이 사건 전세운임이 법 제12조 제1항 제6호의 부가가치세가 면제되는 여객운송용역의 공급에 대한 대가라고 주장하고, 이에 대하여 피고는, 위 전세운임은 XXX관광레저에 대한 바다열차의 임대 및 서비스 제공 등에 대한 대가일 뿐 여객운송용역의 공급에 대한 대가가 아니므로 위 조항의 면세대상이 아니라고 주장한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 법 시행령 제48조 제10항이 조세법률주의에 반하여 무효인지 여부

법 제1조 제1호는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 부가가치세를 부과하도록 하고, 법 제13조 제2항 제4호는 고공보조금을 과세표준에 포함하지 않는 것으로 규정하고 있다.

공공보조금이라 함은 공공단체가 사인에 대하여 산업의 육성이나 사회공공사업의 조성 등 행정상 목적을 위하여 교부하는 현금을 말하는 것으로, 그 성질상 보조금수혜자에게 반대급부 없이 무상으로 지급된다.

따라서, 부가가치세의 과세원리, 공공보조금의 성격, 과세표준에서 제외되는 다른 것들의 성격 등에 비추어 보면, 위 법 규정은 공공단체에 필요하거나 유익한 산업 또는 사회공공사업 등과 관련한 재화 또는 용역을 공급하는 사업자에게 사업의 조성 또는 재정상의 원조 등을 목적으로 공공보조금이 지급되는 경우(이 경우 사업자가 보조금수혜자가 되고 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받는 자가 간접적으로 지원을 받게 된다) 사업자의 재화 또는 용역의 공급에 따른 부가가치세 과세표준에 위 공공보조금 상당액을 포함시키지 않는다는 것이고, 나아가 공공보조금이 보조금수혜자를 통하여 사업자에게 재화 또는 용역의 공급에 대한 대가로 지급되거나 보조금수혜자를 통하지 않고 직접 사업자에게 재화 또는 용역의 공급에 대한 대가로 지급되는 등, 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련하여 지급되는 경우에는 그 재원이 공공보조금이라 하더라도 사업자의 재화 또는 용역의 공급에 따른 부가가치세 과세표준에 포함되는 것으로 해석된다.

그렇다면, 법 시행령 제48조 제10항이 공공보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 공공보조금으로 한다고 규정한 것은 위 법 규정보다 과세대상의 범위를 확장한 것으로 볼 수 없으므로, 모법에 위임규정이 있는지 여부와 상관없이 조세법률주의 원칙에 위배된다고 볼 수 없다.

라. 이 사건 공공보조금이 부가가치세의 과세표준에 포함되는지 여부

(1) 인정사실

(가) 원고는 바다열차 운행사업을 추진하던 2007. 2.경 이 사건 각 지방자치단체장으로부터 객차 리모델링 비용을 보조받기로 확인을 받았고, 2007. 6. 8. 위 각 지방자치단체장들과 사이에 바다열차에 관한 사업협약을 체결하였다. 그 주요내용은 다음과 같다.

(나) 원고는 위 사업협약에 따라 삼척시장으로부터 2007. 11. 12. 2007. 11. 12. 강릉시장으로부터 2007. 10. 22., 동해시장으로부터 2007. 8. 10. 각 3억 원의 공공보조금을 지원받았다.

(다) 한편, 원고는 2007. 4. 19. XXX관광레저와 사이에 바다열차 운행협약을 체결하였는데, 그 중 공공보조금과 관련된 부분은 다음과 같다.

[인정근거] 갑 제6, 9 내지 11호증(가지번호 포함)의 각 기재

(2) 판단

위 인정사실에 의하면, 이 사건 바다열차 운행사업은 이 사건 각 지방자치단체의 지역주민 교통편의 증진, 지역홍보 및 관광경제 활성화 등에 큰 기여를 할 수 있는 사업으로서 각 지방자치단체장이 사업자인 원고에게 위 사업의 조성 또는 재정상의 원조를 목적으로 이 사건 공공보조금을 지급하였다 할 것이고, 위 사업협약 내용 중에 원고로 하여금 각 지방자치단체의 관광홍보를 위해 노력할 의무를 부과하고 있기는 하나 이는 공공보조금을 지급함에 따라 부수적으로 의무를 부과한 것일 뿐이어서, 이를 두고 각 지방자치단체의 관광홍보의 용역에 대한 대가로 공공보조금을 지급한 것으로 볼 수는 없다.

그렇다면, 이 사건 공공보조금은 법 제13조 제2항 제4호 및 법 시행령 제48조 제10항의 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 공공보조금이라 할 것이므로 과세표준에 포함되지 아니한다.

따라서, 이 사건 과세처분 중 이 사건 공공보조금과 관련한 부분은 과세표준에 포함되지 아니하는 것을 과세표준에 포함시켜 과세한 위법이 있다.

마. 이 사건 전세운임이 면세의 대상인지 여부

(1) 인정사실

원고와 XXX관광레저 사이에 체결된 바다열차 운행협약 및 바다열차 운행세부협약의 내용은 다음과 같다.

(가) 바다열차 운행협약

(나) 바다열차 운행세부협약

[인정근거] 갑 제9호증의 1, 2 각 기재

(2) 판단

법 제12조 제1항 제6호에 의하여 부가가치세가 면세되는 여객운송용역의 공급이란 여객을 직접 운송하고 그 대가로 운임을 받는 경우를 의미한다고 할 것이다.

그런데 위 인정사실에 의하면, 원고는 위 운행협약에 따라 바다열차시설의 관리에 관한 책임을 지고 XXX관광레저에 바다열차의 운전 및 관리에 필요한 승무원들을 포함한 바다열차시설을 임대하였고, XXX관광레저는 위 운행협약에 따라 원고로부터 임차한 바다열차시설을 이용하여 고객들에게 여객운송용역을 제공하고 원고에게는 고정비, 기관사인건비, 연료비, 청소비 등을 기준으로 전세운임을 지급하였다는 것인바, 그렇다면, 이 사건 전세운임은 바다열차시설을 임차한 데 대한 대가일 뿐 부가가치세 면세대상이 되는 여객운송용역의 공급에 대한 대가라고 볼 수는 없다.

따라서, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

바. 소결론

그렇다면, 이 사건 과세처분 중 이 사건 전세운임에 대한 부분은 적법하고 이 사건 공공보조금에 대한 부분은 위법하므로 위법한 일부를 취소하여야 할 것이지만, 이 사건에 제출된 자료만 가지고는 위법한 부분을 제외하고 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없으므로, 이 사건 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.