법인세법 제72조 제5항 은 “납세지 관할세무서장은 제3항 의 규정에 의하여 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우에는 환급세액 중 그 감소된 결손금에 상당하는 세액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한 금액을 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다”라고 하고, 그에 따라 같은 법 시행령 제110조 제5항 에서 그 징수할 법인세액과 이자상당액의 계산에 관하여 규정하고 있으며, 같은 법 시행령(이하 ‘시행령’이라 한다) 제110조 제6항 은 “납세지 관할세무서장은 당초 환급세액을 결정한 후 당해 환급세액의 계산의 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준금액이 달라진 경우에는 즉시 당초 환급세액을 재결정하여 추가로 환급하거나 과다하게 환급한 세액상당액을 징수하여야 한다”고 하고서 “이 경우 과다하게 환급한 세액상당액을 징수함에 있어서는 제5항 의 규정을 준용한다”고 규정하고 있다.

위 규정들에 의하면, 결손금 소급공제에 의하여 법인세를 환급받은 법인이 후에 결손금 소급공제 대상 법인이 아닌 것으로 밝혀졌다 하더라도, 그와 같은 경우가 법인세법 제72조 제5항 의 ‘결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우’에 해당하지 않음은 규정의 문언상 명백하므로, 그에 해당하는 경우의 환급세액 징수와 계산에 관한 시행령 제110조 제5항 의 규정이 적용될 여지는 없다고 하겠다. 한편, 결손금 소급공제시의 환급세액의 계산에 관한 시행령 제110조 제2항 의 규정에 의하면, ‘직전 사업연도의 과세표준’이란 소급공제 결손금액을 차감하기 전의 과세표준을 말하므로, 결손금 소급공제를 받은 후 결손금 소급공제 대상 법인이 아닌 것으로 밝혀진 경우가 위에서 본 법인세법 시행령 제110조 제6항 이 위 제5항 을 준용하여 징수할 수 있도록 한 경우인 ‘직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준 금액이 달라진 경우’에 해당하지 않음도 또한 분명하다.

원심이 인정한 바와 같이, 원고가 결손금 소급공제에 의하여 그 판시와 같이 법인세를 환급받았으나 피고는 원고가 결손금 소급공제 대상이 되는 중소기업에 해당하지 않는다는 이유로 법인세법 제72조 제5항 및 시행령 제110조 제6항 을 적용 또는 유추적용하여 그에 정한 이자 등을 가산한 금액을 법인세액으로 징수하였다면, 그와 같은 피고의 처분은 위법하다고 본 원심의 판단은 정당하고 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 법리오해나 심리미진 등의 위법이 있다고 할 수 없다.

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자의 부담으로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.