2.원고의 청구를 기각한다.

3.소송총비용은 원고가 부담한다.

피고가 2007. 10. 3. 원고에 대하여 한 2002년 2기분 부가가치세 1,237,589,930원과 2003 사업연도 귀속 법인세 114,857,160원의 각 부과처분을 취소한다.

2.피고의 항소취지

주문과 같다.

가. 정보통신부(이하 '정통부'라 한다)는 우체국보험이미지 구축 시스템 사업(이하 '이 사건 우체국 시스템 사업'이라 한다)의 도급을 위한 입찰 공고에 참가한 여러 업체 중 주식회사 ◇◇◇S(이하 '◇◇◇S'라 한다)를 최종낙찰자로 선정하여, 2002.경 ◇◇◇S에게 이 사건 우체국 시스템 사업을 발주하였다.

나. ◇◇◇S는 2002. 5. 22. 주식회사 라이거시스템즈(이후 상호를 '원고'로 변경하였다. 이하 '원고'라 한다)와 사이에 위 사업 중 관련 하드웨어 및 소프트웨어를 대금 6,510,000,000원(= 공급가액 5,918,181,819원 + 부가가치세 591,818,181원)으로 하여 검수예정일 2002. 7. 22.까지 ◇◇◇S가 지정한 장소에 공급 및 설치받기로 하는 물품 공급계약을 체결하였다.

다. 원고는 2002. 6. 14. ☐☐☐타 주식회사(이하 '☐☐☐타'라 한다)와 사이에 위 하드웨어 및 소프트웨어 등 전산장비 중 일부 품목을 대금 6,339,144,000원(= 공급가액 5,762,858,182원 + 부가가치세 576,285,818원)에 2002. 7. 22.까지 공급 및 설치받기로 하는 물품공급계약을 체결하였다.

라. ☐☐☐타는 다시 2002. 7. 8. △△△통신 주식회사(이하 '△△△통신'이라 한다)와 사이에 원고에게 공급하기로 한 전산장비 중 스캐너를 대금 950,000,000원(부가가치세 별도), 납품기한 2002. 7. 22.까지 공급받기로 하는 물품공급계약을, ☆☆☆기술 주식회사(이하 '☆☆☆기술'이라 한다)와 사이에 위 스캐너 부분을 제외한 나머지 물품을 대금 4,792,858,182원(부가가치세 별도), 납품기한 2002. 7. 22.까지 공급받기로 하는 물품공급계약을 각 체결하였다.

마. ☆☆☆기술은 또한, 2002. 7.경 △△△통신과 사이에 ☐☐☐타에게 공급하기로 한 물품 중 일부를 대금 4,762,858,182원, 납품기한 ~:002. 7. 22.까지 공급받기로 하는 물품공급계약을 체결하였다.

바. 원고는 이 사건 우체국 시스템 사업과 관련하여 ◇◇◇S에게 공급가액 5,918,181,819원의 매출세금계산서를 발행하였고, 2002. 8. 9. ☐☐☐타로부터 공급가 액 5,762,858,182원의 매입세금계산서를 발급받아 원고의 2002년도 2기분 부가가치세를 신고하면서 매입세액 576,285,818원을 매출세액에서 공제하여 신고하였다.

사. 한편, ☐☐☐타는 △△△통신으로부터 950,000,( 00원의, ☆☆☆기술으로부터 4,792,858,182원의 매입세금계산서를 각 발급받아 ○○세무서장에게 자신의 2002년 도 2기분 부가가치세를 신고하였다.

아. 피고는 2005. 2. 원고와 ☐☐☐타 사이의 매입세금계산서와 관련하여 원고가 위장매입으로 매입세액을 공제받았는지 여부를 조사하던 중 2005. 2. 24. ▽▽지방국세청 과세쟁점심의위원회로부터 위 매입세금계산서는 정상적인 거래에서 발생한 것으로서 원고의 매입세액공제는 정당하다'는 결정을 받고 2005. 3. 4. 원고에게 경정고지할 세액이 없다는 내용의 세무조사결과통지를 한 뒤 세무조사를 종결하였다.

자. ☐☐☐타는 2006. 4. 10. ○○세무서장에게 원고에 대한 매출세금계산서 중 20,000,000원을 제외한 나머지 부분을 부인하는 내용으로 과세표준 수정신고(이하 '이 사건 수정신고'라 한다)를 하고, 그 세액을 추가 자진납부하였다.

차. ▽▽지방국세청은 2006. 7. ☐☐☐타에 대한 세무조사과정에서 ☐☐☐타의 대표이사 유AA이 '위 매입세금계산서 공급가액 중 인력기술지원 대가인 20,000,000원' 부분은 원고와 ☐☐☐타 사이에 실제 거래가 있었으나 물품거래 대가인 나머지 5,742,858,182원 부분(= 5,762,858,182원 - 20,000,000원, 이하 '이 사건 쟁점 거래'라고 한다. 또한 위 매입세금계산서 중 이 사건 쟁점 거래에 대한 부분을 '이 사건 세금계산서'라고한다)은 제조사나 협력사에서 직접 수행하여 원고와 ☐☐☐타 사이에 실제 거래가 없었다'는 취지의 진술을 하자 이 사건 세금계산서를 '사실과 다른 세금계산서' 로 보아 피고에게 과세자료를 통보하였다.

카. 이에 따라 피고는 2007. 5. 30.부터 2007. 7. 11.까지 원고를 재조사하였는데, 그 결과 이 사건 쟁점거래 중 용역공급에 의한 대금인 20,00),000원을 제외한 나머지 물 품공급에 의한 대금인 5,742,858,182원(= 5,762,858,182원 - 20,000,000원, 부가가치세 별도)은 ☐☐☐타가 아닌 다른 제3의 공급처(아래에서 보는 바와 같이 ●●●정보통신 주식회사 등 13개 실제 납품 업체를 의미한다)에서 공급받은 것이므로, 결국 위 거래는 실재(實在)거래가 아닌 가공거래라는 이유로, 2007. 10. 3. 원고에게 2002년도 2기분 부가가치세 1,237,585,930원을 추가 부과하는 경정처분을 하였고, 제3의 공급처로 부터 재화를 공급받고도 세금계산서를 수취하지 않았다란 이유로 법인세(증빙미수취 가산세) 114,857,160원도 추가 부과하는 경정처분을 하였다(이하 차례로 '이 사건 부가가치세 부과처분', '이 사건 증빙미수취 가산세 부과처분'이라고 하고 통틀어서는 '이 사건 각 처분'이라 한다).

타. 원고는 조세심판원에 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였는데, 조 세심판원은 2008. 6. 24. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 9, 11 호증, 을 제2, 3, 13호증의 각 1, 2, 을 제5, 6, 7, 8, 17, 21, 28호증, 을 제14, 23호증의 각 1, 을 제20호증의 1 내지 6, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

아래와같은이유로이사건각처분은위법하다.

(1) 이 사건 쟁점 거래는 원고와 ☐☐☐타 사이의 것 상적인 거래에 따른 것으로서 위장매입이 아니다.

(2) 이 사건 각 처분은 국세기본법상의 중복조사 금지원칙을 위반한 세무조사 결과에 터잡은 것이다.

(3) 설령 이 사건 쟁점 거래가 가공거래라고 하더라도 증빙미수취 가산세는 실제거래가 있음을 전제로 하므로 적어도 증빙미수취 가산세는 부과할 수 없다.

나. 판단

(1) 이사건쟁점거래가정상적인거래인지여부

앞서 본 인정사실 및 앞서 적은 증거와 갑 제12, 13호증의 각 1, 2, 을 제4, 10, 11, 12, 15, 22, 24, 25, 26, 28호증, 을 제14호증의 2 내지 5, 을 제23호증의 1, 2의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 사정을 종합하면, 원고와 ☐☐☐타 사이의 이 사건 쟁점거래는 실물거래에 의한 정상적인 거래가 아니다(한편 원고는, ① 물품의 실제 공급자와 이 사건 세금계산서상의 공급자인 ☐☐☐타가 다르다는 점을 알지 못하였고, 이에 대한 과실이 없다고 주장하나, 아래에 나타난 사정에 비추어 보면 원고는 그 점을 충분히 알고 있었으므로, 위 주장은 이유 없고,② 이 사건 쟁점 거래가 가공거래라면, 원고와 ◇◇◇S 사이의 거래 역시 가공거래이므로, 그에 해당하는 매출세액이 공제되어야 한다는 주장을 하나, 아래에서 보는 바와 같이 원고와 ◇◇◇S 사이의 거래는 이 사건 쟁점 거래와 달리 실제거래이므로, 위 주장도 이유 없다).

(가) ☐☐☐타가 ☆☆☆기술 및 △△△통신과 사이에 이 사건 우체국 시스템 사업과 관련한 각 물품공급계약을 체결한 것은 2002. 7, 8.인데, 정통부가 ◇◇◇S 로부터 납품받은 날자 중 그보다 빠른 2002. 6. 17., 2002. 6. 21., 2002. 6. 25., 2002. 6. 26., 2002. 7. 1., 2002. 7. 4., 2002. 7. 5., 2002. 7. 6. 잔이 있고, 일부 물품의 납품 일자가 그보다 늦은 2002. 7. 11.이므로[원고는 ●●●정보통신 주식회사, ◁◁◁인포메이션, ☐☐, ☆☆컴퓨터, aa-aaM, bbbO DIGITAL, ddd리티, lllllys, kkkk통신, 엔그루, jj시스템, oooot, ffff기술 등 모두 13개 업체(이하, '실제 납품 업체'라 한다)로부터 위 사업과 관련한 물품을 공급받았는데, 실제 납품 업체가 곧바로 정통부 전산실로 납품을 한 후 정통부 직원이 2002. 7. 20. 정통부의 전산실에서 검사를 하였고, 정통부와 ◇◇◇S 사이의 검사조서, ◇◇◇S와 원고 사이의 검사조서는 나중에 각 작성된 것으로 보인다], ☐☐☐타가 현대 정보기술 및 △△△통신으로부터 물품을 공급받아 이를 다시 원고에게 납품했다는 원고의 주장과 맞지 않는다.

(나) ☐☐☐타는 원고와 사이의 물품공급계약에 의한 이익 20,000,000원(= ☐☐☐타가 원고로부터 지급받기로 한 대금 5,762,858,182원 - △△△통신에게 하도급 준 금액 950,000,000원 - ☆☆☆기술에게 하도급 준 금액 4,792,858,182원)을 제외한 나머지 금액에 해당하는 물품공급을 ☆☆☆기술 및 △△△통신에게 하도급하고, ☆☆☆기술은 그 중 다시 30,000,000원(= ☆☆☆기술이 ☐☐☐타로부터 지급받기로 한 대금 4,792,858,182원 - △△△통신에게 재하도급 준 금액 4,762,858,182원)의 이익을 제외한 나머지 금액에 해당하는 물품공급을 △△△통신에게 재하도급 하였으며, △△△통☆☆ ☐☐☐타와 ☆☆☆기술로부터 하도급 받은 금액 5,712,858,182원(= 950,000,000원 + 4,762,858,182원) 중 ★★★S 주식 회사에게 5,692,858,182원에 해당하는 물품공급을 재하도급하여 20,000,000원(= 5,712,858,182원 - 5,692,858,182원)의 이익만을 남기는 등 각 계약의 단계에 따라 2,000만 원 - 3,000 만 원 정도의 이익을 남기고, 그 이익을 제외한 나머지 대금에 해당하는 물품공급을 hhhh트론, ssss기술(현재 pppD, JK정보통신, hlj스 등의 하위 업체에게 재하도급을 주는 방식으로 연쇄적인 물품공급계약을 체결하였는데, 이를 이른바 뺑뺑이 거래 라고 한다.

(다) 또한 그 물품대금 지급방식과 관련하여, 원고는 ☐☐☐타에게 이 사건 우체국 시스템 사업 대금 지불 공지 라는 제목으로 지급일시 : 2002. 8. 26. 14:00, 장소 : 원고의 회사, 대금 지급 2002. 8. 30. 만기일자 어음, 수령 대상 영업 또는 경리 1명, 지참물(필수) : 입금표, 어음 배서용 명판, 회사 인감도장, 참고사항 : 물품대금은 어음 배서 후 하위 업체에게 전달, 어음 배서 근거로서 복사본 제공하고, 기타 대금은 업체에게 직접 지급한다 는 내용의 전자문서를 송부하였고 , 그 후 2002. 8. 26. 원고의 사무실에 ☐☐☐타 및 ☆☆☆기술, △△△통신을 포함한 하위 업체들의 각 직원들이 모두 모인 자리에서, ☐☐☐타는 원고로부터 액면가 합계 6,339,144,000원(이는 ☐☐☐타가 원고로부터 지급받기로 한 물품대금 5,762,858,182원에다가 부가가치세 576,285,818원을 합한 금액이다) 상당의 약속어음 40장을 교부받아, 그 중 ☐☐☐타 에게 직접 교부되는 22,000,000원(부가가치세 포함: 상당의 약속어음(액면금 17,270,000원의 약속어음과 액면금 4,730,000원의 약속어음)을 제외한 나머지 38장의 약속어음에 배서하고 그 약속어음 앞, 뒷면 복사본을 교부받은 후, ☆☆☆기술에게 36장의 약속어음(액면금 합계 5,272,144,000원 상당, 부가가치세 포함)을, △△△통신에게 2장의 약속어음(액면금 합계 1,045,000,000원 상당, 부가가치세 포함)을 각 바로 교부하였고, ☆☆☆기술과 △△△통☆☆ 같은 장소에서 같은 방식으로 배서하고 각 약속어음을 또 다른 하위업체에게 교부하였는데, 이와 같은 물품대금의 지급방식에 비추어 보더라도, 원고와 ☐☐☐타, ☆☆☆기술, 롯데정보통신, 하위업체 등의 거래는 정상적인 거래가 아니다.

(라) 위 각 거래와 관련하여, ☐☐☐타뿐만 아니라 △△△통신은 2004. 11. 22., pppC-정보통신은 2005. 1. 3., 동부정보기술은 2005. 3. 9., ★★★S는 2005. 8. 29. 위 각 거래가 가공거래임을 인정하면서 과세표준 수정신고 등을 한 후, 해당 가산세 등을 납부하였다. 또한, 과세관청은 2005. 12. 9. ☆☆☆기술에게 ☆☆☆기술과 △△△통신 사이의 이 사건 우체국 시스템 사업과 관련한 거래는 재화를 공급한 거래가 아니라 부분적으로 소프트웨어 관련 인력기술자에 의한 용역만을 공급한 것으로 보고, 매출금액 중 용역공급분(30,000,000원)을 제외한 나머지 4,762,858,182원 및 매입금액에 대하여 실물거래 없이 각 세금계산서만 수수한 것으로 보아 2002년도 2기분 부가가치세 190,514,310원을 추가부과하는 경정처분을 하고, 당해 사업년도 법인세 과세 표준을 경정하는 처분을 하였는데, ☆☆☆기술은 이에 불복하여 국세심판원에 심판 청구를 하였으나, 국세심판원은 2006. 9. 6. ☆☆☆기술이 △△△통신으로부터 물품을 매입하여 공급한 것으로 보기 어렵다 고 하여 심판청구 기각결정을 하였고, 그 결정은 그 무렵 확정되었다. 원고와 ☐☐☐타 사이의 이 사건 쟁점 거래를 위 하위 업체의 거래와 달리 보기는 어렵다.

(마) 갑 제8호증의 기재에 의하면, ▽▽지방국세청은 '☐☐☐타의 전 대표이사 김BB가 2006. 8. 9. 재화나 용역을 공급함이 없이 원고에게 이 사건 세금계산서를 발행하였다'면서 ☐☐☐타와 김BB를 조세범처벌법위반죄로 고발하였고 수사기관은 2006. 12. 21. 각 혐의 없음 처분을 내린 사실이 인정되지만, 그러한 처분이 있다고 하더라도 이 사건 쟁점 거래를 가공 거래로 보는 데 큰 방하가 되지는 않는다.

(바) 갑 제10호증의 기재에 의하면, ☐☐☐타의 대표이사 유AA은 위 수사가 진행 중이던 2006. 8. 수사기관에 '2006. 7. ▽▽지방국세상의 세무조사 당시 작성되었던 자신의 전말서에는 ☐☐☐타가 40여 일간 세무조사를 받고 있던 중 대표이사인 자신이 혐의사실을 인정하지 않을 경우 조사기간의 연장 등 불이익이 있을 것을 우려 하여 실무를 소상하게 파악하지 않은 상태에서 사실과 다르게 진술한 내용이 있다'는 취지의 소명서를 제출한 사실이 인정되는데, 그와 같이 진술을 번복하게 된 경위에 관하여 합리적인 설명이 없으므로 위 소명서의 내용을 그대로 믿을 수 없다.

(2) 이 사건 각 처분이 중복조사 금지원칙을 위반한 세무조사 결과에 터잡은 것인지 여부

(가) 구 국세기본법(2002. 12. 18. 법률 제6,782호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 국세기본법'이라 한다) 제81조의 3은 '세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재경정・재조사를 할 수 없다'고 규정하여 중복조사 금지의 원칙을 천명하고 있으므로, 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 중복하여 실시된 위법한 중복조사에 기초하여 이루어진 과세처분은 위법하다 할 것이 다(대법원 2006. 6. 22. 선고 2004두12070 판결).

(나) 한편, 피고가 2005. 2. 이 사건 쟁점거래에 관하여 원고에 대한 세무조사를 한 후 ▽▽지방국세청 과세쟁점심의위원회의 결정에 따라 세무조사를 종결하였다가 2007. 5. 30.부터 또다시 세무조사를 하여 추가로 이 사건 각 처분을 하게 된 이유는, 앞선 세무조사 종결 당시에는 원고와 ☐☐☐타 사이의 물품공급계약에 따라 실제로 물품공급이 있었는지를 명확히 밝혀내지 못하였기 때문에 이 사건 쟁점거래를 가공거래로 볼 수 없었지만, 그 후 ☐☐☐타가 이 사건 쟁점거래에 관하여 과세표준 수정신고를 하고, 위 유AA이 이 사건 세금계산서에 관하여 실제 거래가 없었다는 취지의 진술을 함에 따라 이 사건 쟁점 거래가 가공거래임이 밝혀져 부가가치세, 법인세 등의 추가 탈루 혐의가 인정되었기 때문이다.

(다) 사정이 이와 같다면, 구 국세기본법 제81조의 3에 규정된 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 에 해당하므로(대법원 2003. 11. 28. 선고 2002두9421 판결), 이 사건 각 처분이 중복조사 금지원칙을 위반한 세무조사 결과에 터잡은 것이라고 할 수 없다.

(라) 이에 관한 원고의 위 주장은 이유 없다.

(3) 이 사건 쟁점 거래가 가공거래임에도 불구하고 증빙미수취 가산세가 부과되었는지 여부

(가) 앞서 본 사실에 나타난 바와 같이, 원고는 ☐☐☐타가 아닌 실제 납품 업체로부터 물품을 공급받고도 그 실제 납품 업체로부터 각 세금계산서를 교부받지 않았다.

(나) 이 사건 증빙미수취 가산세는 원고와 ☐☐☐바 사이의 이 사건 쟁점 거래에 대하여 증빙미수취를 이유로 부과된 것이 아니고, 원고와 실제 납품 업체 사이의 거래에 대하여 증빙미수취를 이유로 하여 부과된 것이다.

(다) 이에 관한 원고의 주장은 이유 없다.

(4) 소결론

따라서, 원고에 대한 피고의 이 사건 각 처분은 적법하다.

3. 결 론

그렇다면, 제1심 판결은 이와 결론이 달라 부당하므로 피고의 항소를 받아 들여, 제1심 판결을 취소하고, 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.