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서울행정법원 2012.03.06 2011구단19256

양도소득세부과처분취소

주문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

이유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1993. 5. 4. 성남시 수정구 B 전 2,092㎡ 중 826.45/2109지분, 위 C 전 10㎡ 중 826.45/2109지분, 위 D 전 4㎡ 중 826.45/2109지분, 위 E 전 3㎡ 중 826.45/2109지분(이하 위 각 토지를 합쳐 ‘이 사건 토지’라 한다)를 취득하여 보유하다가, 2009. 3. 6. 한국토지공사에 이 사건 토지를 양도하였다.

나. 원고는 2009. 5. 27. 피고에게, 이 사건 토지가 8년 이상 자경농지로서 조세특례제한법 제69조의 감면대상에 해당한다고 하면서 2억 원의 세액감면을 적용하여, 양도소득세 78,525,390원을 예정ㆍ신고하였다.

다. 그러나 피고는 2010. 12. 1. 원고에 대하여, 이 사건 토지가 주거지역에 편입된 날로부터 3년이 지나 양도되어 자경농지 감면대상이 아니라고 보아 자경농지에 대한 세액감면을 하지 않고 2009년 귀속 양도소득세 138,860,660원을 경정 결정고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 3호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 원고는 아래와 같은 사유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.

즉, ① 원고는 이 사건 토지를 8년 이상 자경하였고, 또 이 사건 토지가 주거지역으로 편입된 후 3년이 지나 양도된 것은 사업시행자인 한국토지공사가 토지보상을 지연시킴으로 인한 것이므로 이러한 경우에는 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항조세특례제한법 시행규칙 제27조 제5항의 규정에 의하여 주거지역 편입일로부터 3년이 경과하였더라도 양도소득세 감면대상이 된다.

② 아니라 하더라도 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에 의하여 주거지역 편입일 이전까지의 소득에 대하여는 일부라도 감면되어야 한다.

나. 관계법령 별지 관계법령...