가. 구 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(2015. 7. 24. 법률 제13448호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 자본시장법’이라고 한다)상 집합투자업자인 주식회사 B(이하 ‘소외 집합투자업자’라고 한다)는 2013. 8. 9. 구 자본시장법상 신탁업자인 원고와 사이에 구 자본시장법상 투자신탁 형태의 사모부동산집합투자기구(명칭 : C, 이하 ‘이 사건 집합투자기구’라고 한다) 설정계약(이하 ‘이 사건 투자신탁계약’이라고 한다)을 체결하였다.

나. 원고는 이 사건 투자신탁계약에 따라 2013. 8. 13. 투자자들로부터 납입 받은 신탁원본 등 집합투자재산으로 안성시 D 전 509㎡를 비롯한 총 102필지 면적 합계 1,063,661.3333㎡의 토지들(이하 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)을 매수하였고, 2013. 8. 27. 이 사건 부동산에 관하여 원고 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 소외 집합투자업자는 2013. 8. 14. 금융감독원장에게 이 사건 집합투자기구에 관한 등록 신청을 하였고, 2013. 8. 29. 이 사건 집합투자기구의 등록이 수리되었다. 라.

원고는 2013. 8. 26. 이 사건 부동산이 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제120조 제4항 제2호(이하 ‘이 사건 감면규정’이라고 한다)가 정한 ‘자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 취득하는 부동산’에 해당한다며 취득세 감면을 신청하였고, 취득세 등 세액의 30%를 감면받아 감면된 취득세, 지방교육세 및 농어촌특별세를 각 납부하였다.

마. 그 후 피고는 2013. 12. 13. 원고가 이 사건 부동산을 취득할 당시 이 사건 집합투자기구가 등록을 마치지 않아 이 사건 감면규정을 적용할 수 없다는 이유로, 원고에 대하여...

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