가. 별지 '과세처분 내역' 기재 중 2006년 1기 내지 2009년 1기 부가가치세에서 잔여 세액 중 정당세액을 초과하는 부분을,

나. 별지 '과세처분 내역' 기재 중 2006 내지 2008 사업연도 법인세에서 잔여세액 중 정당세액을 초과하는 부분을

각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 9/10는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2011. 7. 1. 원고에게 한, ① 별지 '과세처분 내역' 기재 중 2006년 1기 내지 2009년 1기 부가가치세에서 잔여세액 부분, ② 2006 사업연도 법인세 OOOO원(가산세 포함) 중 OOOO원, 2007 사업연도 법인세 OOOO원(가산세 포함)의 부과처분 중 OOOO원, 2008 사업연도 법인세 OOOO원(가산세 포함)의 부과처분 중 OOOO원을 각 초과하는 부분을 각 취소한다(2013. 11. 19.은 원 부과처분에 대한 감액결정일이고, 취소를 구하는 대상은 원 부과처분인 2011. 7. 1,로 보아야 하므로, 오기로 본다).

가. 원고는 1994. 8. 22, 설립된 법인으로, 부동산 매매 및 임대업 등을 영위하고 있다.

나. 피고는 2010. 11. 29.부터 2011. 3. 31.까지 원고에게 대한 법인세제 통합조사를 실시하였다. 피고는 ① "원고가 2000년경부터 2003년경까지 경매를 통하여 취득한 OO시 OO구 OO동 213-51 소재 OO빌딩(이하 '이 사건 상가'라 한다)의 점포에 대한 분양수입금을 과소신고하고, 공용부분인 지하층 기계실 및 주차장을 임의로 용도변경하여 설치한 점포(이하 '이 사건 공용부분'이라 한다)에 대한 월 임대료 및 임대보증금, 456호, 505호, 6층 5호, 6층 6호에 대한 월 임대료 및 임대보증금을 신고누락하였다."고 보아 익금에 산입하고, ② 지하층 기계실 및 주차장 임의용도변경에 따른 건축이행강제금 OOOO원을 손금불산입하여, 2011. 7. 1. 원고에게 별지 '과세처분 내역' 중 '당초 고지세액'란 기재와 같이 법인세 및 부가가치세를 경정 ・ 고지하였다.

다. (1) 원고는 이에 불복하여 2011. 9. 23. 심판청구를 하였고, 2013. 11. 6. 조세심판원으로부터 "이 사건 상가에 관한 분양수입금액을 과소신고하지 아니한 것으로 하고, 부당이득금반환 판결(대법원 2013. 4. 12. 선고 2013다5169 판결)의 취지에 따라 임대 수입금액을 재계산하여 과세표준 및 세액을 경정하라."는 결정을 받았다.

(2) 이에 따라 피고는 2013. 11. 19. 별지 '과세처분 내역' 기재와 같이 처분 중 일부를 취소하여 '잔여세액'란 기재 부분만 남게 되었다(이하 일부취소되고 남은 2011. 7. 1.자 '잔여세액'란 기재 각 부과처분을 각 '이 사건 부가가치세 부과처분', '이 사건 법인세 부과처분'이라 하고, 이를 통틀어 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 12호증(가지번호 포함), 을 제1, 3호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

① 피고는 "원고가 이 사건 상가 중 BBB에게 4층 456호를, CCC에게 5층 505호를, DDD에게 6층 5호를, EEE에게 6층 6호를 각 임대하였다."고 판단하였으나,원고는 BBB, CCC, DDD, EEE과 임대차계약을 체결하지 않은 점, ② 이 사건 공용부분에 대한 임대료 전액을 법인세로 신고 ・ 납부하였으므로 이에 대한 매출누락금액이 없고, 설령 있다고 하더라도 그 금액은 관련 판결의 취지에 따라 OOOO원에 불과하거나 관리비용으로 사용하였으므로 손금으로 인정되어야 하는 점 등을 고려할 때, 이 사건 부가가치세 부과처분, 2006 사업연도 법인세 OOOO원(가산세 포함) 중 OOOO원, 2007 사업연도 법인세 OOOO원(가산세 포함)의 부과처분 중 OOOO원, 2008 사업연도 법인세 OOOO원(가산세 포함)의 부과처분 중 OOOO원을 각 초과하는 부분은 위법하므로, 취소되어야 한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 이 사건 상가 관리단(이하 '관리단'이라 한다)은 2009. 8. 14. 서울중앙지방법원(2009가합92895)에 원고를 상대로 "원고가 FFF 등에게 이 사건 공용부분을 분양하거나 임대하여 보증금, 월 임대료, 관리비를 수령하였다."는 이유로, 부당이득반환청구의 소를 제기하였다. 관리단은 2010. 11. 11. 위 법원으로부터 "원고는 관리단에게 OOOO원 및 지연손해금을 지급하라."는 판결을, 2012. 12. 5. 서울고등법원(2011 나346)으로부터 "원고는 관리단에게 OOOO원 및 지연손해금을 지급하라."는 판결을, 2013. 4. 11. 대법원(2013다5169)으로부터 기각판결을 각 받았다.

위 서울고등법원 판결께 의하면, 원고가 공용부분 임대로 얻은 수입은 별지 '공용부분 임대 관련 부당이득 인정 내역' 기재와 같이 OOOO원, 임대기간 동안 원고의 소유지분은 35%로서, 이 사건 공용부분 임대로 얻은 부당이득은 OOOO원(= OOOO원 x 65%)이다.

(2) 원고는 아래와 같이 피고에게 부가가치세 신고를 하였다.

신고기간

금액

2008. 4. 1. ~ 2008. 6. 30.

세금계산서 교부분

OOOO원

기타

OOOO원

2008. 7. 1. ~ 2008. 9. 30.

세금계산서 교부분

OOOO원

기타

OOOO원

2008. 10. 1. ~ 2008. 12. 31.

세금계산서 교부분

OOOO원

기타

OOOO원

2009. 1. 1. ~ 2009. 3. 31.

세금계산서 교부분

OOOO원

기타

OOOO원

2009. 4. 1. ~ 2009. 6. 30.

세금계산서 교부분

OOOO원

기타

OOOO원

작성자

내용

CCC

2006년경부터 2008. 10.경까지 이 사건 상가 505호를 창고로 사용하면서 월 OOOO원을 납부하였다.

이GG

2005. 5.경부터 2009. 6.경까지 원고와 이 사건 상가 505호에 관한 구두 임대차계약을 체결하고 창고로 사용하면서, 원고에게2005.5.경부터 2009. 3.경까지 월 OOOO원, 2009. 4.경부터 2009. 6.경까지 월 OOOO원을 현금으로 지급하였고, 세금계산서는 교부받지 않았다.

DDD

2002. 12.경부터 2009. 3.경까지 이 사건 상가 6층 5호를 임대차보증금 OOOO원, 차임 월 OOOO원에 사용하였다. 월 차임은 현금으로 직원에게 직접 지급하였고, 영수증을 일부 수취하였다.

EEE

2008년경부터 2009. 1,경까지 이 사건 상가 6층 6호를 임대차보증금 OOOO원, 월 OOOO원에 사용하였다.

(3) CCC, GGG(CCC의 남편이다), DDD, EEE은 피고에게 아래와 같은 확인서를 작성해 주었다.

[인정근거] 갑 제10, 13호증(가지번호 포함), 을 제2, 5호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 이 사건 상가 456호, 505호, 6층 5호, 6층 6호에 대한 임대수익 누락

위와 같이 CCC, GGG, DDD, EEE 작성의 각 확인서에 의하면, CCC, GGG는 원고와 이 사건 상가 505호에 관한 임대차계약을 체결하고, 2005. 5.경부터 2009. 6.경까지 이를 창고로 사용하면서 원고에게 2005. 5.경부터 2009. 3.경까지 월 OOOO원, 2009. 4.경부터 2009. 6.경까지 월 OOOO원을 차임으로 지급한 사실, DDD는 원고와 이 사건 상가 6층 5호에 관한 임대차계약을 체결하고, 원고에게 2002. 12.경부터 2009. 3.경까지 월 100만 원을 차임으로 지급한 사실, EEE은 원고와 이 사건 상가 6층 6호에 관한 임대차계약을 체결하고, 2008년경부터 2009. 1.경까지 월 OOOO원을 차임으로 지급한 사실을 인정할 수 있으므로, 원고는 이 사건 상가 505호, 6층 5호, 6층 6호에 관한 임대수익을 신고누락 하였다.

한편, 피고는 서울중앙지방법원(2009가합92895) 판결에 기재된 "BBB이 원고와 이 사건 상가 456호에 관한 임대차계약을 체결하고 2001. 12.경부터 89개월간 원고에게 월 OOOO원을 차임으로 지급하였다."는 이유를 근거로, 월 임대료 및 관리비 합계 OOOO원도 신고누락 되었다고 주장한다. 그러나 항소심인 서울고등법원(2011나346) 판결에 의하면 BBB에 대한 임대수익은 부당이득에서 제외된 점(판결문상 제외된 이유는 기재되어 있지 않다), 달리 BBB에 대한 임대차를 확인할 수 있는 증거가 없는 점 등을 고려할 때, 서울중앙지방법원 판결의 기재만으로는 이 사건 상가 456호에 관한 임대 사실을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 이 사건 공용부분에 대한 임대수익 누락

(가) 조세소송은 민사재판에서 인정된 사실에 구속받는 것이 아니라 할지라도 이미 확정된 관련 민사사건에서 인정된 사실은 특별한 사정이 없는 한 유력한 증거가 된다.

돌이켜 이 사건을 보건대, 관리단이 제기한 부당이득금반환소송에서 "원고가 FFF 등에게 이 사건 공용부분을 임대하여 OOOO원의 임대수익을 얻었다."는 사실이 인정되었으므로, 원고는 별지 '공용부분 임대 관련 부당이득 인정 내역' 기재와 같이 이 사건 공용부분의 임대로 총 OOOO원의 임대수익을 얻었고, 이 중 원고의 지분비율인 35%에 해당하는 OOOO원(= OOOO원 x 35%)이 원고에게 귀속되었다고 봄이 타당하다.

(나) 이에 대하여 원고는 "이 사건 공용부분에 대한 임대수익 전액을 법인세로 신고・납부하였다. 설령 그렇지 않더라도 판결로 인정된 임대수익 OOOO원에서 원고가 매출로 신고한 OOOO을 공제한 OOOO원만이 누락한 금액이다,"고 주장한다, 그러나 원고는 심판청구서에 "법인세 신고시 상가외곽지역 임대수익금 OOOO원을 반영하지 않았다"고 인정한 점(을 제3호증 제24면), 갑 제15, 16호증(가지번호 포함)의 각 기재만으로는 각 계정별 원장에 기재된 '노점 매장' 임대료수입 부분이 이 사건 공용부분에 관한 것인지, 손익계산서상 이 사건 공용부분 임대료수익이 이 사건 임대료수입에 포함된 것인지를 확인할 수 없는 점(2008, 2009 사업연도 손익계산서 및 계정별 원장만이 제출되었고, 그 금액도 판결로 인정된 액수와 일치하지 않는다), 달리 원고가 법인세 신고시 이 사건 공용 부분에 관한 임대수익을 신고하였다고 볼 증거가 없는 점, 위 판결에서 인정한 지분비율 35%는 임대기간 동안 원고의 지분비율에 변동이 있었음을 감안하여 일률적으로 파악한 것인데, 부당이득금반환소송이 제기되기도 전에 이미 원고가 자신의 지분비율을 35%로 확정하여 법인세 신고를 하였다고 보기 어려운 점, 갑 제13호증, 을 제6호증(각 가지번호 포함)의 각 기재만으로는 원고가 부가가치세 신고 당시 제출한 매출처별세금계산서합계표상 사업자목록에 이 사건 공용부분의 임차인들이 포함되어 있는지 확인할 수 없는 점 등을 고려할 때, 원고가 법인세 또는 부가가치세 신고시 이 사건 공용부분에 관한 임대수익을 포함하여 신고하였다고 보기 어려우므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

또한, 원고는 "부당이득금을 관리비로 사용하였으므로, 손금으로 인정되어야 한다."고 주장한다. 그러나 서울고등법원 판결에 의하면 관리비로 지출하였다는 주장이 배척되었고, 달리 관리비로 지출하였음을 인정할 증거가 없으므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.

(3) 취소되는 세액의 범위

(가) 과세처분의 취소를 구하는 소송에 있어서의 심판대상은 과세관청이 부과 고지한 과세표준과 세액이 객관적으로 존재하는지 여부이고, 부과처분에 의하여 인정된 과세표준과 세액이 정당한 과세표준과 세액에 비하여 과다한 경우에는 그 부과처분은 정당한 과세표준과 세액을 초과하는 범위에서만 위법하므로, 그 부분을 취소하여야 한다(대법원 1989. 3. 28, 선고 88누6504 판결 참조).

(나) 돌이켜 이 사건을 보건대, 이 사건 처분 중 이 사건 상가 456호에 관한 임대수익 부분은 위법하여 취소되어야 하는바, 이에 따라 부가가치세 및 법인세를 재계산 하면, 별지 '과세처분 내역' 중 '정당세액'란 기재와 같다.

따라서 별지 '과세처분 내역' 기재 중 2006년 1기 내지 2009년 1기 부가가치세에서 잔여세액 중 정당세액을 초과하는 부분, 별지, 과세처분내역, 기재 중 2006 내지 2008 사업연도 법인세에서 잔여세액 중 정당세액을 초과하는 부분은 위법하므로, 각 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.