2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 2007. 4. 23. 성남시 중원구 XX동 000번지를 주소로 하여 설립된 법인으로, 이동통신 단말기를 위탁 판매하기 위해 주식회사 OO와 위 ・ 수탁 계약을 체결하였다.

나. 원고는 2007년 1기분 부가가치세 과세기간 중 ◇◇ 주식회사(이하 '소외 회사'라고 한다)로부터 공급가액 25,568,181원의 매입세금계산서(이하 '이 사건 세금계산서'라고 한다)를 교부받아 해당 분기 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하고, 동 매입액을 손금 산입하여 법인세 신고를 하였다.

다. 역삼세무서장은 2008. 12.경 소외 회사에 대한 자료상 조사를 실시한 결과 소외 회사의 2007년 1기 부가가치세 과세기간 동안 실물거래가 없는 가공의 매입세금계산서 17매(공급가액 847,000,000원), 매출세금계산서 27매(공급가액 11,580,000,000원)를 수취 ・ 교부하여 가공 매출율이 74.5%, 가공 매입율이 100%임을 확인하고, 이 사건 세금계산서는 실물 거래 없는 가공의 세금계산서로서 피고에게 과세자료 통보하여 이에 따라 피고는 이 사건 세금계산서를 가공세금계산서로 보아 주문 기재와 같은 부과처분 (이하 '이 사건 처분'이라 한다)을 하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 2010. 6. 28. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 같은 해 9. 27. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 4, 5호증, 을 제1 내지 7호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장에 대한 판단

가. 원고의 주장

이 사건 세금계산서는 소외 회사로부터 이동통신 단말기 50대를 대당 562,500원에 실제로 구입하고 대금을 지급하였는바, 이 사건 세금계산서를 실물거래가 없는 가공의 세금계산서로 보아 이 사건 처분을 한 것은 위법하다.

나. 관련법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비에 관한 입증책임도 과세관청이 부담함이 원칙이고, 다만 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성 되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우와 같은 특별한 사정이 있는 때에 한하여, 예외적으로 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 할 것이다(대법원 2006. 4. 14 선고 2005두16406 판결).

이 사건에서 보건대, 앞서 든 각 증거들 및 갑 제6, 7호증의 각 기재에 의하여 인정되는 다음과 같은 점들 즉, 소외 회사에 대한 자료상조사 종결복명서상 소외 회사가 △△전자 주식회사 AA공장으로부터 2007년 1기의 과세기간 동안에 2회에 걸쳐 276,000,000원 상당의 이동통신 단말기를 실제 구입한 것으로 조사된 점, 위 자료상조사 종결복명서상 원고에 대하여는 "금융거래내역 확인한 바, 입금금액이 (주)□□와 (주)KK으로 송금되는 뺑뺑이거래 형태로 확인되어 본건 가공으로 확정함"이라는 이유로 원고의 가공매입을 인정하였으나, 원고는 2007. 5. 3. 소외 회사(변경전 YY물산)의 계좌로 28,125,000원을 송금하였고 위 금액이 (주)□□ 등에 다시 송금되었다고 볼 자료가 없는 점, 소외 회사(변경전 YY물산)가 OO 'SS' 사이트를 통해 원고에게 보낸 전자세금계산서가 제출되었고, 그 기재금액 및 수량이 일치하는 점, 원고와 주식회사 OO 간에 실시간으로 연결되는 전산자료상 '타사'로 표시된 매입처가 소외 회사일 가능성이 없다고 할 수 없는 점 등을 종합하면 피고가 제출한 모든 증거에 의하더라도, 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성된 것이라거나 원고가 주장하는 이동통신 단말기 매입이 허위라는 점이 상당한 정도로 증명되었다고 볼 수 없으므로, 위와 같은 사정이 증명되었음을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

따라서, 원고의 주장은 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.