2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 주식회사 〇〇(이하 '소외 회사'라고 한다)은 2002. 8.7. 유기화합물 재할용품 제조업 등을 주된 목적으로 하여 설립된 회사이고, 원고는 같은 해 9. 2.부터 현재까지 소외 회사의 법인등기부상 대표이사로 등재되어 있다.

나. 소외 회사는 2002. 9. 17. 〇〇지방법원 〇〇지원 2002타경0000호 부동산임의경매절차에서 〇〇시 〇〇면 〇〇리 〇〇 공장용지 2,770㎡, 같은 리 〇-〇〇 504㎡, 같은 리 〇-〇〇 전155㎡와 그 지상 철골조, 조적조 및 경량철골조 슬레이트 및 슬래브지붕 2층 공장 합계 694.63㎡ 및 위 공장 내부에 설치된 기계류(이하 '이 사건 부동산 등'이라 한다)를 대금 1,200,000,000원에 낙찰받아 소유권을 취득한 후, 같은 해 10. 4.경 〇〇석유화학 주식회사에게 이를 대금 1,260,309,910원에 매도하였는데, 당시 위 회사에게 건물 대금 명목으로 공급가액 205,750,080원 상당의 세금계산서와 기계공구대금 명목으로 공급가액 730,327,330원 상당의 세금계산서를 발행·교부하였다.

다. 〇〇세무서장은 2003. 2. 13.경 〇〇석유화학 주식회사가 이 사건 부동산 등에 대한 부가가치세 매입세액을 환급신고한 것에 대하여 현지확인조사를 하는 과정에서 소외 회사가 〇〇석유화학 주식회사에게 이 사건 부동산 등을 매도하고 대금으로 지급받은 1,200,000,000원 중 600,000,000원의 귀속이 불분명하다고 보아 2004. 2. 10.경 이를 익금산입하여 소외 회사의 2002사업연도 법인세를 결정하는 한편, 같은 해 3. 31.경 그 대표이사인 원고에게 위 600,000,000원을 2002년 귀속 인정상여로 소득처분을 하여 이를 피고에게 통지하였다.

라. 피고는 〇〇세무서장으로부터 위와 같은 과세자료를 통보받고, 2004.7.5. 원고에게 2002년 귀속 종합소득세 211,922,260원을 결정·고지하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증의 각 1, 2, 갑 제4 내지 7, 13호증, 갑 제15호증의 1, 2, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2 내지 4호증의 각 기재, 증인 〇〇〇, 〇〇〇의 각 일부 증언, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

(1) 〇〇〇이 2002. 8. 7.경 이 사건 부동산 등을 경락받기 위하여 소외 회사를 설립하였고, 원고는 〇〇〇의 부탁에 따라 단지 형식상 소외 회사의 대표이사로 법인등기부에 등재되었을 뿐이며, 경락대금 1,200,000,000원도 모두 소외 회사의 실질적 대표자인 〇〇〇이 마련하였고, 그 때문에 〇〇〇은 〇〇석유화학 주식회사에게 이 사건 부동산 등을 매도하여 지급받은 매매대금 1,260,309,910원 중 600,000,000원을 소외 회사 명의로 〇〇은행으로부터 대출받은 채무의 상환에 사용하고 나머지 660,309,910원은 자신에게 귀속시켰던 것이므로, 피고가 위 매매대금 중 〇〇은행에 대한 대출금 변제액을 제외한 나머지 600,000,000원의 귀속이 불분명한 것으로 보아 소외 회사의 형식상 대표이사인 원고에게 인정상여로 소득처분 후에 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 소외 회사가 〇〇석유화학 주식회사에게 이 사건 부동산 등을 매도한 매출사실을 누락하여 사외유출이 있었던 것으로 인정된다고 하더라도, 피고는 소외 회사의 대표이사인 원고에게 인정상여로 소득처분을 함에 있어서 이 사건 부동산 등의 낙찰에 소요된 원가를 공제하지 않아 상여처분금액이 과다 계상되었으므로, 이에 터잡은 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

■ 법인세법

제66조 (결정 및 경정)

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

제67조 (소득처분) 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

■법인세법 시행령

제106조 (소득처분)

①법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 고액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법 제46조 제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

다. 판단

(1) 갑 제1호증의 1 내지 3, 갑 제7, 8호증, 갑 제9호증의 1, 2, 갑 제10호증의 1 내지 6, 갑 제11 내지 14호증, 갑 제16, 17호증의 각 1, 2,을 제1호증의 2의 각 기재, 증인 〇〇〇, 〇〇〇의 각 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 소외 회사는 2002. 8. 1.사업자등록을 마쳤다가, 2002. 10. 4. 〇〇세무서장으로부터 직권폐업 처리된 사실, 원고는 20여 년 전부터 폐기물 처리 거래관계로 알고 지내던 〇〇〇의 요청으로 소외 회사의 대표이사로 등재되는 것을 허락한 사실, 〇〇〇의 딸인 〇〇〇이 소외 회사의 발행주식 총수 30,000주 중 12,000주를 보유한 최대주주인 사실, 소외 회사는 2002. 9. 17. 나머지 경락대금 1,080,000,000원을 납부하고 같은 날 이 사건 부동산 등에 관한 소유권이전등기를 경료받았는데, 위 경락대검 납부자의 주소로 소외 회사의 주사무소가 아니라 〇〇〇의 대리인인 〇〇〇이 감사로 재직 중인 주식회사 〇〇〇〇의 주사무소 소재지인 〇〇 〇구 〇〇동 〇〇〇-〇이 기재되어 있는 사실, 〇〇〇이 2002. 10. 4.경 〇〇석유화학 주식회사에게 이 사건 부동산 등을 대금 1,260,309,910원에 매도한 사실, 소외 회사는 2002. 9. 17. 〇〇은행 〇〇지점으로부터 기업일반자금 명목으로 600,000,000원을 대출받은 후 위 경락대금의 일부로 사용하였다가, 2002. 11. 5. 전액 상환한 사실, 〇〇석유화학 주식회사의 대표이사 〇〇〇은 자신의 〇〇은행 계좌에서 2002. 9. 16. 금 300,000,000원, 2002. 9. 30. 금 360,309,910원을 각 인출하여 〇〇〇에게 위 매매대금 중 일부의 명목으로 직접 지급한 사실, 〇〇〇은 2005. 2. 14. 원고에게 소외 회사의 명의로 낙찰받은 이 사건 부동산 등의 경락대금의 일부로 대여해 준 660,309,910원에 대하여 위 부동산 등을 〇〇석유화학 주식회사에게 매도한 후 수령한 동액 상당의 매매대금을 자신에게 귀속시킴으로써 원고와 사이에 위 대여금 반환 채권·채무관계를 종결짓기로 하는 정산약정의 취지가 담긴 현금영수증을 작성·교부한 사실이 인정된다.

(2) 위 인정과 같은 사정에 의하면, 이 사건 부동산 등의 매각대금 중 외환은행 대출금 채무의 상환에 사용된 600,000,000원을 제외한 나머지 대금은 소외 회사의 실질적 대표자인 〇〇〇에게 귀속되었다고 봄이 상당하므로, 결국 그 귀속관계가 불분명함을 전제로 소외 회사의 형식상 대표이사인 원고에게 인정상여로 소득처분 후에 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.