원고는 건설업, 부동산 분양대행업 등을 영위하는 회사이고, B은 사내이사이자 100% 지분을 소유한 주주로서 원고의 계약체결, 자금관리 및 세금계산서 발행 등의 업무를 총괄하고 있다.

피고는 2016. 8. 17.부터 2016. 11. 30.까지 원고에 대하여 법인세 등 통합조사 및 조세범칙조사를 실시한 결과, 원고가 2013년 제1기와 2014년 제2기에 C, 주식회사 D(이하 ‘D’라 한다), E(이하 통칭하여 ‘쟁점 매입처’라 한다)에 지급한 인테리어 또는 분양대행 용역대금 중 일부(총 1,456,763,500원, 이하 ‘쟁점 금액’이라 한다)를 아래 표 기재와 같이 B과 그 가족, 원고의 직원들과 그 가족 등의 계좌를 이용하여 되돌려 받는 방법으로 쟁점 금액 상당의 가공 세금계산서(이하 ‘쟁점 세금계산서’라 한다)를 수취한 것으로 보았다.

순번 거래시기 쟁점 매입처 금액(원) 회수 및 지출 경위 1 2013년 제1기 C 12,700,000 원고가 2013. 4. 11. C에 용역대금 2,900만 원 지급 후, C이 같은 날 1,270만 원을 원고의 직원 F 계좌로 이체하고, 다시 B의 장모 G 계좌를 거쳐 B의 처 H 계좌로 입금된 후, 개인용도로 소비됨 2 2014년 제2기 30,000,000 원고가 2014. 9. 15. C에 용역대금 6,600만 원 지급 후, C이 같은 날 수표로 6,000만 원을 출금하였는데, 그 중 3,000만 원 상당의 수표를 H이 배서사용함 3 100,000,000 원고가 2014. 10. 20. C에 용역대금 1억 1,000만 원 지급 후, C이 같은 날 수표로 1억 원을 출금하였는데, 그 1억 원 상당의 수표를 H이 배서사용함 4 2014년 제2기 D 51,251,000 원고가 2014. 8. 20. D에 용역대금 5,830만 원 지급 후, D가 같은 날 원고의 직원 I, J 계좌로 합계 51,251,000원 이체 후, 위 돈이 수표로 출금됨 5 14,505,000 원고가 2014. 8. 25. D에 용역대금 1,650만 원 지급 후, D가 같은 날 원고의 직원 K의...