1. 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘법인세법’이라 한다) 제2조 제1항 제2호 등은 외국법인에 대하여는 국내원천소득이 있는 경우에만 법인세 납세의무가 있는 것으로 규정하고, 제2조 제5항 , 제98조 제1항 은 외국법인에 대하여 제93조 제9호 등의 일정한 국내원천소득의 금액을 지급하는 자는 해당 법인세를 원천징수할 의무가 있다고 규정하고 있다.

그런데 법인세법 제93조 는 “외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.”고 하면서, 제9호 에서 “다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리·자산 또는 정보(이하 이 호에서 ‘권리 등’이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우의 당해 대가 및 그 권리 등의 양도로 인하여 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 당해 소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리 등에 대한 대가는 국내지급 여부에 불구하고 이를 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에서 ‘특허권 등’이라 한다)는 해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.”고 규정하고 있다.

한편 「대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약」(이하 ‘한미조세협약’이라 한다) 제14조 제4항은 “본 조에서 사용되는 ‘사용료’라 함은 다음의 것을 의미한다.”고 하면서 제a호에서 ‘문학·예술·과학작품의 저작권 또는 영화필름·라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능, 선박 또는 항공기의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금’을 규정하고, 제6조는 “이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다.”고 하면서 제3항에서 “제14조 제4항에 규정된 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.”고 규정하고 있다.

2. 가. 원심은, ① 원고 및 그 미국 내 모회사(이하 ‘원고 등’이라 한다)는 삼성전자 주식회사(이하 ‘삼성전자’라 한다) 및 그 미국 내 4개 현지법인(이하 ‘삼성전자 등’이라 한다)이 원고 등의 특허권을 침해하였다는 이유로 미국 법원에 특허침해소송을 제기하고, 삼성전자 등은 원고 등이 삼성전자 등의 특허권을 침해하였다는 이유로 미국 법원에 특허침해소송을 제기하자, 원고 등과 삼성전자 등은 각 특허침해소송의 종료 및 서로에 대한 특허실시권의 허여를 주된 내용으로 하는 화해계약을 체결한 사실, ② 삼성전자는 화해계약에 따라 2009. 3. 6. 원고에게 원고가 전세계에 등록한 894개의 특허권에 관하여 미화 1,400만 달러(21,634,200,000원)를 화해대가로 지급하면서 그 중 15%인 미화 210만 달러(3,245,130,000원)를 원고의 법인세 등으로 원천징수하여 2009. 4. 10. 피고에게 그 원천징수세액을 신고·납부한 사실, ③ 그런데 원고는 2009. 11. 16. 피고에게 화해대가 중 국내에 등록된 특허권의 사용대가인 259,610,400원을 제외하고 국내에는 등록되지 아니하고 국외에서만 등록된 특허권의 사용대가인 21,374,589,600원(이하 ‘이 사건 소득’이라 한다)이 국내원천소득에 해당하지 아니한다는 이유로 그에 대한 원천징수 법인세 등의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2010. 1. 28. 이를 거부하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정하였다.

나아가 원심은, 한미조세협약 제6조 제3항이 정한 ‘재산이나 권리의 사용’이 갖는 의미는 한미조세협약 제2조 제2항 본문에 의하여 그 조세가 결정되는 체약국의 법에 따라 해석하여야 하고, 2008. 12. 26. 법률 제9267호로 신설된 법인세법 제93조 제9호 단서 후문은 ‘국외에서 등록되었으나 국내에는 등록되지 아니한 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 때에는 그 사용의 대가로 지급받는 소득’을 국내원천소득으로 보도록 정하였으므로, 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니하였더라도 그 특허권이 국내에서 제조·판매 등에 사실상 사용된 경우에는 미국법인이 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 수 있지만, 앞서 본 화해계약에서 화해대가를 특허권이 등록된 개개 국가에서의 제품 제조 및 판매에 대하여 국가별로 등록된 특허권의 개수 비율에 따라 배분하기로 하였던 점 등에 비추어, 이 사건 소득은 삼성전자가 원고 등의 특허를 국내에서 제조·판매 등에 사용한 대가로 지급한 것이 아니라는 이유로, 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였다.

나. 법인세법 제93조 제9호 단서 후문은 외국법인이 특허권 등을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에서 등록하지 아니한 경우라도 그 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 때에는 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 보도록 정하였으나, 국제조세조정에 관한 법률 제28조 는 “비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 소득세법 제119조 및 법인세법 제93조 에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다.”고 규정하고 있으므로, 국외에서 등록되었을 뿐 국내에는 등록되지 아니한 미국법인의 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우 미국법인이 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 한미조세협약에 따라 판단하지 아니할 수 없다. 그런데 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항은 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미친다고 보아 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하였을 뿐이고 ( 대법원 2007. 9. 7. 선고 2005두8641 판결 등 참조), 한미조세협약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없다. 따라서 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다 .

원심이 인정한 사실관계를 이러한 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 소득이 미국에서 등록되었으나 국내에는 등록되지 아니한 특허권의 사용대가라 하더라도 그 특허권이 국내에서 제조·판매 등에 사실상 사용되었는지를 따질 필요 없이 국내원천소득에 해당하지 아니한다. 따라서 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니하였더라도 그 특허권이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 그 사용의 대가로 지급받는 미국법인의 소득을 국내원천소득으로 볼 수 있다고 한 원심의 판단에는 미국법인이 국외에서만 등록하고 국내에는 등록하지 아니한 특허권의 사용대가로 지급받은 소득의 국내원천소득 해당 여부에 관한 법리를 오해한 잘못이 있다고 하겠으나, 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분이 위법하다고 본 것은 결과적으로 정당하므로 원심의 이러한 잘못은 판결 결과에 영향이 없다. 이를 다투는 취지의 상고이유의 주장은 받아들일 수 없다.

나머지 상고이유의 주장은 미국에서 등록되었으나 국내에는 등록되지 아니한 특허권의 사용대가가 국내원천소득에 해당할 수 있다는 원심의 판단이 정당한 것을 전제로 하여 이 사건 소득을 국내에서 제조·판매 등에 사용한 대가로 보지 아니한 원심의 판단에 처분문서의 해석 및 증명책임에 관한 법리를 오해한 잘못이 있다는 것이나, 앞서 본 바와 같이 그러한 전제가 타당하지 아니한 이상 이에 대하여는 더 나아가 살펴볼 필요 없이 받아들일 수 없다.

3. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.