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서울행정법원 2017.05.18 2016구합72099

종합소득세부과처분취소

주문

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

이유

1. 처분의 경위

가. 주식회사 D(이하 ‘D’라 한다)는 2003. 7. 8. 설립되어 부동산 개발업 등을 영위하던 법인(2014. 10. 22. 서울중앙지방법원 2014하합158호로 파산선고를 받았다)이고, 주식회사 E(이하 ‘E’라 한다)는 1994. 3. 29. 설립되어 부동산 개발업 등을 영위하던 법인(2014. 10. 22. 서울중앙지방법원 2014하합159호로 파산선고를 받았다)인데, 원고 A, B은 2004. 2. 1.부터 2009. 3. 31.까지 D의 이사로 근무하였고, 원고 C은 2006. 3. 31.부터 2009. 3. 31.까지 E의 대표이사로 근무하였다.

나. D는 2008. 1. 10. 임시주주총회(이하 ‘이 사건 임시주주총회’라 한다)를 개최하여 임원 퇴직급여규정을 개정하였고(이하 ‘이 사건 퇴직급여규정’이라 한다), 원고 A, B이 2009. 3. 31. 퇴사하자 그 무렵 이 사건 퇴직급여규정을 기준으로 퇴직급여로 원고 A에게 1,800,000,000원을, 원고 B에게 300,000,000원을 각 지급한 후 2009 사업연도 손금에 산입하였고, E는 D의 이 사건 퇴직급여규정을 준용하여 원고 C에게 퇴직급여로 1,060,000,000원(이하 위 퇴직급여를 합하여 ‘이 사건 각 퇴직급여’라 한다)을 지급한 후 2009 사업연도 손금에 산입하였다.

다. 서초세무서장은 2015. 3. 4.부터 같은 달 23.까지 D, E에 대한 법인세 조사를 실시하여 D에 대하여는 이 사건 퇴직급여규정이 특정 임원만을 위하여 만들어진 것이고 E에 대하여는 퇴직급여규정이 없어서 그에 따른 이 사건 각 퇴직급여가 과도하게 지급된 것이라는 이유로, 이 사건 각 퇴직급여 중 구 법인세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22035호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제44조 제4항 제2호에 의하여 ‘정관에 퇴직급여로 지급할 금액이 정해진 경우 외의 임원퇴직급여 한도액’을 초과하는 금액을...