청구법인은 농촌근대화 촉진법에 의하여 설립된 법인으로서 2년이상 계속하여 쟁점토지를 청구법인의 업무용으로 직접 사용하다가 90.6.22-90.12.31 기간중 424,439,400원에 양도하고 조세감면규제법 제67조의 13 제1항의 규정에 의한 특별부가세 88,359,850원을 면제신청을 하여 법인세를 신고·납부한데 대하여

처분청은 청구법인의 쟁점토지 양도는 조세감면규제법 제67조의 13 제1항 및 같은 법 시행령 제55조의 11 제1항 제3호에서 규정하고 있는 특별부가세 감면대상에 해당하지 아니한다고 하여 93.11.16 청구법인에게 법인세 145,538,640원을 결정고지 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 93.12.24 심사청구를 거쳐 94.4.1 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

청구법인의 쟁점토지는 청구법인의 고유목적 사업에 직접사용 해오던 업무용토지에 해당하는 유지 및 구거와 출장소용 대지로 그동안 수십년을 계속하여 청구법인의 등기부와 정관에서 정하고 있는 업무용에 직접 사용해 오던 토지로서 90.6.22-90.12.31 사이에 양도함으로써

조세감면규제법 제67조의 13 제1항 및 같은 법 시행령 제55조의 11 제1항 제3호에서 규정하고 있는 “농어민 지원시설을 이전할 목적으로 양도하는 토지에 해당하여 쟁점토지 양도차액에 대한 특별부가세가 면제되어야 함에도

처분청이 쟁점 양도토지의 적용대상 규정이 아닌 91.3.13 개정된 조감법시행규칙 제20조의 9 제2항의 규정을 적용하여 특별부가세 면제를 배제한 것은 부당하다는 의견이다.

나. 국세청장 의견

이 건의 경우, 청구법인은 쟁점토지를 법개정 전에 양도함으로써 이 건 토지 양도 당시는 조세감면규제법 시행규칙에서 규정한 해당법인도 아니며, 감면의 전제조건이 농어민지원시설의 대체 취득의 경우라 할 것인데,

청구법인은 이 건 토지를 양도하고 어떤 종류의 농어민지원 시설을 취득하였는지도 분명치 아니하다.

사실이 이러하다면, 처분청이 청구법인의 이 건 토지 양도를 특별부가세 과세대상으로 본 것은 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 2년이상 업무용으로 사용하다 양도한 쟁점토지가 조세감면규제법상 특별부가세 면제대상에 해당되는지 여부를 가리는데 있다.

나. 심리 및 판단

1) 이 건 관련 당시 조세감면규제법 제67조의 13 제1항 및 같은 법 시행령 제55조의 11 제1항 제3호, 같은 법 시행규칙 제20조의 9 제1항 및 동 부칙 제4조의 규정을 모아 보면

법인이 2년이상 계속하여 당해 법인의 업무용으로 직접사용한 토지로서 재무부령이 정하는 농어민지원 시설을 이전할 목적으로 양도하는 경우의 당해 토지 등은 특별부가세를 면제할 수 있도록 하였고, 재무부령이 정하는 농어민지원 시설이라 함은 같은 법 별표 제34호 내지 제36호의 법인이 소유하는 토지 등으로서 법령이나 정관 또는 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 사업용 토지 등을 말한다고 규정하고 있다.

2) 청구법인은 농촌근대화촉진법에 근거하여 설립된 농지개량조합으로 업무에 사용하던 쟁점토지를 90.6.22-90.12.31 기간중 양도하였는바

쟁점토지 양도당시에는 청구법인이 위 관련규정에 의한 조세감면대상 법인에 해당되지 아니함이 명백하므로 처분청이 쟁점토지 양도를 특별부가세 과세대상으로 본 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.