1. 원심은, ① 구 한국환경자원공사법(2009. 2. 6. 법률 제9433호로 폐지되기 전의 것)에 따라 폐비닐 재활용처리판매 등의 목적으로 설립된 공법인인 한국환경자원공사는 2005년 제1기부터 2009년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 중에 농경지에 방치된 폐비닐을 무상으로 수거한 후 지역별 사업소에서 선별한 다음, 즉시 판매가 가능한 폐비닐은 가공 없이 직접 판매하고 그 외의 폐비닐은 자체적으로 재활용처리를 하여 가공품 등을 생산판매하며 자체 재활용처리가 지연된 폐비닐은 외부업체에 위탁하여 처리하여 온 사실, ② 한편 원고는 2010. 1. 1. 한국환경공단법에 따라 한국환경자원공사의 재산과 권리의무를 포괄승계한 사실(이하 ‘한국환경자원공사’와 ‘원고’를 통칭하여 ‘원고’라고 한다), ③ 그런데 피고들은 원고가 직접 판매하거나 자체 재활용처리로 생산한 가공품 등을 판매한 것은 과세사업에 해당하지만 그 외에 외부업체에 위탁하여 처리한 것(자체 재활용처리 후 외부 위탁처리한 부분을 포함한다)은 비과세사업에 해당한다는 이유로 ㉠ 외부 위탁처리와 관련된 매입세액과 ㉡ 국고보조금단체보조금환경개선특별회계 출연금(이하 ‘국고보조금 등’이라고 한다)을 비과세공급가액으로 보아 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제1항을 유추적용하여 직접 판매 및 자체 재활용처리와 관련된 공통매입세액을 과세사업의 공급가액과 국고보조금 등의 비율에 따라 안분하여 산정한 매입세액을 각각 불공제한 다음, 2010. 6. 1...

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