나. 전항의 사업자가 한 사업장에서 다른업장으로 재화를 반출하고 교부한 세금계산서를 근거로 매입세액공제를 신고한 경우 과세관청이 한 갱정처분의 적부(적극)

나. 전항의 사업자가 한 사업장에서 다른 사업장으로 재화를 반출하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니하므로 ( 같은법시행령 제15조 제2항 단서) 이에 대하여 교부한 세금계산서는 사실과 다른 것으로서 반출받은 사업장에서 이 세금계산서를 근거로 매입세액을 공제하여 신고한 경우 과세관청이 이를 부인하고 다시 세액을 조사하여 한 갱정처분에는 아무런 위법이 없고 같은법시행령 제70조 제2항 , 제72조 제2항 등에 미루어 보면 사업자로서는 주된 사업장의 소관 세무서장으로부터 매입세액공제가 부인된 금액만큼의 매출세액이 초과신고납부되었음을 이유로 이를 환급받을 수 있을 터이므로 그 갱정처분으로 인하여 부가가치세를 2중 납부하는 부당한 경우가 생긴다고 할 수 없다.

1. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 원고는 주사업장을 서울에 두고, 인천에 인천가스충전소(이하 인천사업장이라 한다)등 7개의 종사업장을 두어 석유가스판매업 등을 영위하는 법인으로서 주사업장 관할 마포세무서장으로부터 부가가치세법 제4조 제3항 에 따른 총괄납부승인을 받은 뒤 1987년 제1기 부가가치세예정신고분 과세기간동안 주사업장에서 인천사업장으로 3회에 걸쳐 합계금 1,131,040,509원 상당의 석유가스를 반출하면서 이에 대한 세금계산서를 발행교부하였고 그 후 인천사업장에서 피고에게 1987년 제1기분 부가가치세예정신고를 하면서 위 반출에 대한 부가가치세를 매입세액으로 공제하여 신고한 사실, 이에 피고는 위와 같은 내부적 재화반출은 부가가치세법상 재화의 공급에 해당하지 아니하므로 주사업장에서 종사업장으로 세금계산서를 발행할 수 없고 인천사업장에서는 위 세금계산서에 기하여 매입세액을 공제하여서는 아니된다는 이유로 인천사업장에 대하여 위 매입세액의 공제를 부인하고 그에 대한 신고불성실가산세를 가산하여 이 사건 갱정처분을 한 사실을 확정한 다음, 그 거시증거에 의하여 위와 같은 세무처리는 원고의 경리담당직원이 내부적 재화반출이 재화의 공급에 해당하지 않는 것을 모르고 위 반출에 대하여 세금계산서를 발행한 사실을 인정하고, 이에 의하면 총괄납부승인을 받은 사업자가 과실로 내부적 재화반출에 대하여 세금계산서를 교부하고 반출한 사업장에서는 매출세액으로, 반출받은 사업장에서는 매입세액으로 각 신고하였다 하여도 그 사업자가 납부하는 세액자체에는 아무런 변동이 없으므로 이 경우 만약 위 매입세액공제만을 부인하고 신고불성실가산세까지 부과한다면 같은 사업자가 총괄납부승인을 받지 아니한 경우보다 더 불리하게 되므로 결국 피고의 이 사건 갱정처분은 실질과세의 원칙에 위배하여 위법한 것이라고 판시하고 있다.

2. 부가가치세법시행령 제5조 에 의하여 주사업장 총괄납부승인을 받은 사업자라 하더라도 부가가치세는 사업장 마다 납부하여야 한다는 기본원칙에 따라 그 과세표준 및 세액의 신고는 각 사업장에서 소관 세무서장에게 하여야 하며( 같은법시행령 제65조 , 제64조 ) 위 총괄납부승인제도는 단지 그 세액의 납부 또는 환급만을 주된 사업장에서 총괄 처리케 함으로써 사업자의 자금관리 등 편의와 세무관서의 행정능률을 재고하려는 것에 불과하므로 어느 사업장에서 한 과세표준 및 세액의 신고에 오류나 탈루가 있을 때에는 그 소관 세무서장이 이를 조사하여 갱정처분을 하는 것이며( 같은법시행령 제70조 제1항 ), 한편 총괄납부승인을 받은 사업자가 한 사업장에서 다른 사업장으로 재화를 반출하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니하므로 이에 대하여 교부한 세금계산서는 사실과 다른 것이므로 반출받은 사업장에서 이 세금계산서를 근거로 매입세액공제를 신고 할 수는 없다 할 것이다 ( 같은법시행령 제15조 제2항 단서).

따라서 원고의 인천사업장에서 이 사건 부가가치세의 예정신고를 함에 있어서 그 기간동안 주된 사업장으로부터의 재화반출을 과세대상거래로 보고 이를 매입세액으로 공제하여 신고한 것은 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우에 해당하므로 피고가 위 매입세액의 공제를 부인하고, 다시 그 세액을 조사하여 한 이 사건 갱정처분에는 아무런 위법이 없다 할 것이다.

그리고 부가가치세법시행령 제70조 제2항 은 총괄납부승인이 있는 경우에 각 사업장 소관 세무서장이 과세표준과 세액을 갱정한 때에는 이를 지체없이 주된 사업장 소관 세무서장에게 통지하여야 한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제72조 제2항 은 소관 세무서장은 갱정에 의하여 추가로 발생한 환급세액을 지체없이 사업자에게 환급하여야 한다고 규정하고 있는 점 등에 미루어 보면, 원고로서는 주된 사업장에서 그 소관 세무서장으로부터 위 매입세액공제가 부인된 금액만큼의 매출세액이 잘못하여 초과신고납부되었음을 이유로 이를 환급받을 수 있을 터이므로 원고가 이 사건 갱정처분으로 인하여 부가가치세를 2중 납부하는 부당한 경우가 생긴다고 말할 수 없다.

원심이 위와 같은 경우 총괄납부승인제도의 입법취지에 비추어 불합리한 결과가 되며 실질과세의 원칙에 위배된다고 판단한 것은 결국 총괄납부승인제도 및 실질과세의 원칙에 관한 법리를 오해하였거나 심리를 다하지 아니한 위법이 있다 할 것이므로 이 점을 지적하는 논지는 이유있다.

3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 원심법원에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.