2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 1998. 9. 2. 서울 마포구 서교동 000-00에서 영상조각제품 제조업을 하는 사업자로서, 2003. 4. 14. 서울 중구 을지로 3가 00-00 지상 을지빌딩 000호에서 지금도매업을 하는 주식회사 ○○쥬얼리(이하 '소외 회사'라 한다)로부터 합계 39,008,200원(공급가액 35,461,999원, 부가가치세 3,546,199원)의 세금계산서 1장(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)을 교부받아, 피고에 대하여 부가가치세와 법인세 과세표준 신고 시 매입세액으로 공제하여 신고하였다.

나. 피고는 남대문세무서장의 소외 회사에 대한 자료상 혐의 조사결과를 바탕으로 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 허위의 세금계산서라고 판단하여, 2008. 2. 1. 원고에 대하여, 이 사건 세금계산서상의 매입세액을 매출세액에서 공제하지 않고 부가가치세 3,546,199원과 가산세 2,821,354원을 합하여 6,367,550원의 부과처분과 이 사건 세금계산서상의 공급가액에 부가가치세액을 합한 39,008,198원을 익금에 산입한 후 그 귀속이 불분명하다고 보아 그 금액 전체를 원고 대표이사인 김AA에게 상여한 것으로 의제하는 소득금액변동 통지처분(위 부가가치세 및 가산세 부과처분과 소득금액변동 통지처분을 합하여 이하 '이 사건 각 처분'이라 한다)을 하였다.

다. 이에 불복하여, 원고는 2008. 4. 7. 이의신청을 거쳐, 2008. 6. 5. 조세심판원에 심판 청구를 하였으나, 2008. 12. 12. 기각되었다.

[인정 근거] 갑 3, 7 내지 10호증, 을 1, 2, 5, 9호증(이상 가지번호 포함), 변론 전체 의 취지.

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

소외 회사가 실물거래 없이 일정의 수수료를 받고 가공의 세금계산서를 발급하는 이른 바 자료상이라 하더라도, 원고는 소외 회사로부터 실제로 금지금을 매입하고 이 사건 세금계산서를 발행, 교부받았다. 따라서 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 판단

1) 적용 법리

어느 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호가 규정하고 있는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 점에 관한 증명 책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 참조).

2) 인정 사실

(가) 이 사건에 관하여 보건대, 을 5 내지 8호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 남대문세무서장은 2003. 4. 29.부터 2005. 12. 31.까지 소외 회사에 대하여 2001. 3. 5.부터 2003. 12. 31.까지의 기간을 대상으로 자료상 혐의자 조사를 실시한 사실, ② 남대문세무서장은 위와 같은 조사 결과, 소외 회사가 위 기간에 자료상 또는 조세포탈범으로 고발된 주식회사 경환무역 등으로부터 총 매입금액의 82.02%의 매입세금계산서를 교부받고, 자료상 또는 조세포탈범으로 고발된 주식회사 □□골드 등에게 총 매출금액의 81.3%의 매출세금계산서를 발행하여 준 것을 적발한 다음, 위 조사 당시 일부 업체와의 거래가 실질거래라고 하는 소외 회사 대표자인 조AA의 주장을 인터넷뱅킹자료의 내용으로 보아 배척하고, 소외 회사를 100% 자료상으로 결론을 내린 사실, ③ 남대문세무서장이 2006. 3. 3. 소외 회사와 그 대표자인 조AA를 조세범처벌법 위반 혐의로 고발하였는데(다만, 조AA의 소재가 불명하여, 소외 회사는 참고인중지처분이, 조AA는 기소중지처분이 각 내려진 상태이다), 위 고발 당시 소외 회사가 원고에 발행 ・ 교부한 세금계산서도 사실과 다른 세금계산서로 포함되어 제출된 사실이 인정된다.

(나) 그러나 갑 1 내지 6호증, 갑 7호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ㉮ 원고는 2003. 4.경 대양생명보험 주식회사(이하 '대양생명'이라 한다)와 사이에, 원고가 위 회사에 대하여 장기근속 행운의 열쇠(순금)와 케이스 144개(5돈 140개, 10돈 3개, 15돈 1개)를 합계 42,695,100원(부가가치세 포함, 단가 5돈 286,900원,10돈 562.800원, 15돈 840,700원)에 공급하기로 하는 '열쇠공급계약'을 체결한 사실, ㉯ 원고는 2003. 4. 14. 소외 회사로부터 금지금 2,793.75g을 합계 39,008,200원(단가 12,693.333, 부가가치세 3,546,199원 포함)에 매수하기로 하는 거래명세표와 이 사건 세금계산서를 교부받은 후, 소외 회사의 우리은행 계좌로 39,008,200원을 무통장입금 한 사실, ㉰ 원고는 2003. 4. 15. 서울보증보험 주식회사와 사이에 위 열쇠공급 계약에 관하여 계약이행보증보험계약을 체결한 사실, ㉱ 대양생명은 2003. 4. 17. 원고에 대하여 장기근속 행운의 열쇠 144개를 인수받았다고 하는 인수증(갑 5호증)을 작성하여 준 사실, ㉲ 대양생명이 2003. 4. 21. 원고의 한미은행계좌로 42,695,100원을 입금한 사실, ㉳ 피고는 원고에 대한 부가가치세 과세표준을 산출함에 있어 원고가 위 장기근속 행운의 열쇠의 가공과 케이스의 제조를 부탁한 사업자들에 대한 공급가액('☆☆'이라는 상호의 사업자에 대한 876,000원과 '○○케이스'라는 상호의 사업자에 대한 440,000원)을 모두 매입세액으로 공제하여 준 사실이 인정된다.

3) 판단

위 2)의 (나)항에서 인정한 사실과 이에 비추어 알 수 있는 아래와 같은 제반 사정들을 종합하면, 앞서 2)의 (가)항에서 인정한 사실만으로 이 사건 세금계산서가 실물거래에 의하지 않고 발행 ・ 교부된 '사실과 다른 세금계산서'라고 인정하기에 부족하고, 그 밖에 달리 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라고 볼 만한 증거가 없다.

① 원고가 소외 회사로부터 교부받은 이 사건 세금계산서에 관하여 그 거래일자에 소 외 회사의 은행계좌로 거래대금을 입금한 자료가 갖추어져 있고, 소외 회사로부터 매입한 금지금을 정상적으로 판매한 자료를 제출하고 있다{대양생명과 체결한 열쇠공급계약상의 금지금(745돈=5돈X140+ 10돈X3개+15돈X1개)과 원고가 소외 회사로부터 교부받은 거래명세표의 금지금(2793.75g = 745돈X3.75g/돈)의 양이 같다}.

② 소외 회사가 남대문세무서장으로부터 자료상으로 조사받을 당시 소외 회사가 원고 에게 실물거래 없이 허위의 이 사건 세금계산서를 발행하였다는 사실이 직접 조사되어 확인된 것은 아니고, 이 사건 변론에 현출된 모든 자료를 종합하여도 소외 회사를 피고의 주장과 같이 '100% 자료상'이라고 인정하기엔 부족하다.

③ 원고와 소외 회사의 이 사건 세금계산서상의 거래가 2003. 4. 14.에만 있었던 일회성의 거래인 점, 원고의 사업 형태・규모 등에 비추어 볼 때, 원고가 소외 회사로부터 매수한 금지금을 가공하여 타에 판매한 것이 통상적인 금지금 거래와 달리 이례적인 거래라고 보기 어렵다.

④ 피고는 원고가 소외 회사에 대하여 지급한 금원이 원고에게 다시 지급되었는지 등 그 금원의 사용처에 관하여 아무런 증거를 제출하지 못하고 있다.

⑤ 원고가 소외 회사에 지급한 금지금의 대금이 다시 원고에게 반환되었다는 자료가 없고, 원고가 소외 회사의 조세포탈행위에 가담하였다거나 이를 알았다고 볼 만한 사정도 보이지 않다

4) 소결론

따라서 이 사건 세금계산서를 실물거래가 없는 사실과 다른 세금계산서라는 것을 전제 로 한 이 사건 각 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 한다.