2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1990. 3. 26. 설립된 엔지니어링 설계업체로서, 도로도시계획입안, 시공감리, 교통 및 환경영향평가, 토목사업 등을 영위하고 있다.

나. 서울지방국세청장은 2011. 12. 27.부터 2012. 4. 10.까지 원고에 대한 법인제세 통합조사 및 주식변동조사를 실시한 후, 원고가 2006년부터 2010년까지 원고의 여비 규정에 따라 아무런 증빙자료 없이 임직원들의 출장비(일비, 숙박비)로 계상한 합계 16,284,567,446원(이하 ‘이 사건 비용’이라고 한다)이 출장비가 아닌 급여성 경비에 해당한다고 보아, 이를 근로소득으로 하는 과세자료를 피고에게 통보하였고, 이에 따라 피고는 원고에게 2006∽2011년 원천징수분 근로소득세 합계 5,623,649,500원(이하 ‘이 사건 원천세’라고 한다)을 결정고지하였다.

다. 원고는 위 결정에 따라 2012년 이 사건 원천세를 납부한 후, 이를 임직원들로부터 구상하지 아니하고, 원고의 2012사업연도 법인세를 신고하면서, 이 사건 원천세 5,623,649,500원 중 대표이사 및 임원분 소득세 납부액 2,158,376,510원 및 기타소득 8,055,760원의 합계 2,166,432,270원에 대하여는 손금불산입의 세무조정을 하였으나, 재직 직원분 소득세(이하 ‘이 사건 직원분 소득세’라고 한다) 납부액 2,875,759,341원, 퇴사자분 소득세(이하 ‘이 사건 퇴사자분 소득세’라고 하고, 이 사건 직원분 소득세와 통칭할 경우에는 ‘이 사건 각 소득세’라고 한다) 납부액 581,457,889원의 합계 3,457,217,230원에 대해서는 세무조정 없이 손금으로 처리하였다. 라.

한편 원고는 이 사건 각 소득세 납부액을 급여로 회계처리하고, 이 사건 직원분 소득세 납부액 2,875,759,341원에 대하여는 2012년 귀속 연말정산시 인정상여 처리를 통해 소득세를 원천징수하였으며, 이 사건...