가. 원고는 1973. 8. 8. 설립되어 전자, 전기, 기계기구 및 그 부속품의 제작, 판매업 등의 사업을 영위하고 있는 법인인데, 2011 내지 2013 사업연도에 중화인민공화국(이하 ‘중국’이라 한다) 고신, 천진, 동관에 소재한 원고가 지분 25% 이상을 보유하고 있는 자회사들(이하 ‘이 사건 자회사들’이라 한다)로부터 다음과 같이 배당금(이하 ‘이 사건 배당금’이라 한다)을 수령한 후, 직접외국납부세액공제(이 사건 배당금에 원천징수세율 5%를 적용한 금액)를 적용하여 피고에게 법인세를 신고하였다.

사업연도 이 사건 자회사들 소재지 배당 금액 (원) 2011 고신 10,237,113,930 천진 28,206,588,858 동관 37,120,211,629 소계 75,563,914,417 2012 동관 23,985,786,069 소계 23,985,786,069 2013 고신 6,793,007,223 천진 5,174,049,913 소계 11,967,057,136

나. 원고는 대한민국과 중화인민공화국 간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협정(이하 ‘이 사건 조약’이라 한다)의 제2의정서(이하 ‘이 사건 의정서’라 한다) 제5조 제1항(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)에 따르면 직접외국납부세액뿐만 아니라 이 사건 배당금에 대하여 간주외국납부세율을 적용한 간주외국납부세액도 추가적으로 공제되어야 한다는 이유로, 2014. 12. 19. 피고에게 2011 내지 2013 사업연도 간주외국납부세액 합계 5,613,312,341원(= 2011 사업연도분 3,789,739,879원 2012 사업연도분 1,214,662,225원 2013 사업연도분 608,910,237원)을 적용하는 것으로 세액을 경정하여 줄 것을 청구(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다)하였다.

다. 피고는 원고가 이 사건 자회사들로부터 수령한 이 사건 배당금에 대한 간주외국납부세액은 이 사건 조약 제10조 제2항의 제한세율이 적용되어 법인세법 제57조...

참조조문