2. 항소비용은 피고가 부담한다.

피고가 2006. 9. 4. 원고에 대하여 한 관세 363,484,840원 및 부가가치세 36,348,480원의 감액경정거부처분을 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소하고, 원고의 청구를 기각한다.

(가) 원고는 원유, 석탄, 천연가스, 휘발유 등 석유 및 화학제품과 그 부산물의 수입, 제조, 판매, 수출업 등을 영위하는 회사로서, 2005. 12. 9. 피고에 대하여 싱가포르 소재 원유수출회사로부터 수입한 원유 650,361.79배럴(이하 ‘이 사건 원유’라 한다)을 EDI(Electronic DataInterchange, 전자서류 전송시스템)방식으로 수입신고를 하면서, 대한석유협회로부터 나프타제조용 원유에 관한 할당관세추천을 받고서도 그 할당관세율 0%를 적용하지 아니하고, 나프타제조용 외의 원유에 대한 할당관세율 1%를 적용하여 신고하면서 청구취지 기재의 관세와부가가치세를 납부하였다.

(나) 원고는 2006. 8. 22. 이 사건 원유에 대하여 당초 추천받은 대로 나프타제조용 원유의할당관세율인 0%를 적용하여야 한다는 이유로 오납한 관세 363,484,840원 및 부가가치세36,348,480원을 환급해 달라는 취지의 세액경정청구를 하였으나, 피고는 2006. 9. 4. 수입신고수리전까지 할당관세추천서 및 용도세율신청서를 제출하지 않아 나프타제조용의 할당관세율을 적용할 수 없다고 하여 원고의 경정청구를 거부(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 7 내지 10호증의 각 기재, 변론 전체의취지2. 이 사건 처분의 적법 여부가. 당사자의 주장(1) 원고 주장원고가 이 사건 원유에 대한 수입신고시 담당직원의 실수로 할당관세추천번호의 기재를 누락함에 따라 나프타제조용 이외의 원유로 잘못 신고하였으나, 그 전에 이미 피고의 전산통관시스템에 할당관세추천서가 도달되어 내부 전산망에 저장되었으므로 수입신고시 할당관세추천서가 제출된 것으로 보아야 하고, 또한 이 사건 원유는 용도세율적용신청 대상이 아니거나 그대상이라 하더라도 수입신고수리 전까지 용도세율신청서를 제출하도록 한 관세법 제83조 제1항은 효력규정이 아니라 단속규정에 불과하여 미이행시 과태료의 제재로 충분하며, 원고가 이사건 원유를 실제로 나프타제조용에 모두 사용하였으므로, 실질과세의 원칙상 이 사건 원유에대하여 나프타제조용 원유의 할당관세율 0%가 적용되어야 한다.

(2) 피고의 주장원고가 이 사건 원유에 대하여 나프타제조용 원유로서의 할당관세율 0%를 적용받을 것인지여부는 원고의 선택에 달려 있는 만큼, 원고가 위 할당관세율을 적용받기 위해서는 사전에 나프타제조용 원유에 관한 할당관세추천서를 제출하고 또한 수입신고시에 그 내용을 기재함으로써 할당관세율 0%를 적용받고자 하는 의사 표시를 분명히 하여야 함에도 불구하고, 원고는이 사건 원유에 대한 수입신고시까지 할당관세추천서를 피고에게 직접 제출하지 않았음은 물론이고, 수입신고서에도 나프타제조용 원유에 관한 할당관세추천을 받은 내용을 전혀 기재하지 않고 나프타제조용 이외의 원유에 관한 할당관세율을 적용하여 그에 따른 관세와 부가가치세를 납부하였으며, 또한 나프타제조용 원유에 관한 할당관세를 적용받기 위한 필요요건인 용도세율적용신청서도 제출하지 아니하였으므로, 이 사건 원유에 관한 수입신고시 원고는 나프타제조용 원유에 관한 할당관세율 0%를 적용받을 의사가 없었음이 분명하다. 따라서 원고의감액경정청구는 그 사유가 수입신고 당시에 이미 존재하던 것이 아니라 사후의 용도변경이나그에 따른 원고의 변심에 의한 것으로 볼 수밖에 없으므로 부적법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정 사실

(1) 대한석유협회는 나프타제조용 원유에 대하여 관세법 제71조와 그 시행령 제92조의규정에의하여 나프타의 생산공급실적이 있는 석유정제업자에게 전전월의 나프타생산판매량의 한도 내에서 당해 월에 할당관세추천을 하고 있었는데, 원고가 위 기준에 따라 2005년 12월 대한석유협회로부터 할당관세추천을 받을 수 있었던 수량은 3,916,104배럴이었으나, 2005. 12. 2. 대한석유협회에 대하여 이 사건 원유의 수량인 650,361.79배럴 만큼만 추천신청을 하였다.

(2) 그에 따라 대한석유협회는 2005. 12. 5. 원고가 신청한 물량 만큼 나프타제조용 할당관세추천서(추천번호 3-252-01-05-0000333-4호, 수량 650,361.79배럴, 유효기간 2005. 12. 26.까지)를 발급하고, 그것을 피고의 전산통관시스템에 전송하여 저장하는 방식으로 피고에게 통보하였다.

(3) 원고는 2005. 12. 9. 이 사건 원유를 DEI방식으로 신고하면서 수입신고서상의 수입요건확인란에 위 할당관세추천번호를 기재하지 아니하고, 관세율도 1%로 기재한 다음 관세357,557,930원 및 부가가치세 3,611,335,160원을 산출하여 이를 신고․납부하였고, 관세법 제83조에서 나프타제조용 할당관세추천을 받기 위하여 제출하도록 규정한 용도세율적용신청서도제출하지 아니하였다.

(4) 일반적으로 원유를 정제하면 LPG, 휘발유, 나프타, 등유, 경유, 중유 등의 석유제품이 각각의 비등점에 따라 필연적으로 일정한 비율만큼 산출되며, 원유 정제과정상 나프타제조용 원유나 나프타 제조용 정제과정이 따로 존재하는 것이 아니다. 그리고 원고는 평소와 같이 이사건 원유에 대하여 위와 같은 정제과정을 거쳐 일정비율의 나프타를 생산․판매하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지라. 판단(1) 경정청구의 일반적 요건 구비 여부(가) 조세채무의 확정에 있어서 신고납세주의방식의 광범위한 도입으로 납세의무자의 과세표준신고에 대한 의존도가 높아짐에 따라 납세의무자의 법률지식 부족과 착오 등으로 인하여정당한 세액보다 과다하게 신고한 경우가 늘어나자, 이를 바로 잡기 위하여 마련된 구제절차가납세의무자의 경정청구제도이다. 같은 취지에서 과세법에서도제38조의3 제2항에서 납세의무자가 신고납부한 세액이 과다한 것을 안 때에는 당초 신고한 세액의 경정을 세관장에게 청구할수 있다고 규정하고 있다. 그러나 경정청구의 사유는 과세표준신고를 하는 시점에서 이미 존재하고 있는 원시적 사유에 한정되어야 하며, 과세표준을 신고함에 있어서 당초 납세의무자가임의로 관계법규에서 규정한 일정한 방법을 선택하여 신고하였다가 사후의 변심이나 사정의변경을 이유로 다른 방법을 선택하여 경정청구를 하는 것은 허용될 수 없는 것이 원칙이라 할것이다.

(나)

이 사건에서 원고의 경정청구가 위에서 본 경정청구의 일반적인 요건을 구비하였는지 여부를 판단하기 위하여, 원고가 나프타제조용 원유에 대한 할당관세 추천을 받고서도 나프타제조용 외의 원유의 용도로 수입신고한 것이 원고의 임의선택에 의한 것인지, 아니면 사무착오에 의한 것인지에 관하여 살펴 본다.

(다) 앞서 인정 사실에서 본 바와 같이, ① 원고가 이 사건 원유를 수입하여 통관할 무렵 정확히 그 수량 만큼의 나프타제조용 원유 할당관세추천서를 받아 피고에게 접수되도록 하였으므로 그 당시 이 사건 원유에 대하여 나프타제조용 원유의 할당관세율 0%를 적용받고자 하는의사가 있었음이 분명하고, 그로부터 불과 3일 후 수입신고를 하기까지 사이에 원고의 입장에변화가 있었다고 볼 만한 특별한 사정이 없는 점, ② 원유의 일반적인 정제과정에서 필연적으로 일정비율의 나프타가 산출되는 것이지 나프타 제조용 정제공정이나 나프타제조용 원유가따로 존재하지 아니하므로, 원고가 수입한 원유를 정제과정 없이 그대로 되파는 극단적인 경우를 상정하기 어려운 한 원고가 이 사건 원유에 대한 수입신고를 하면서 현실적으로 그 용도나 정제과정의 선택에 따른 변심을 할 여지가 없는 것으로 보이는 점, ③ 관세법이 나프타제조용 원유에 대하여는 0%의 관세를 적용함으로써 나프타제조용 외의 원유에 대한 적용세율1%와 차등을 두고 있으나, 위에서 본 바와 같이 실은 위 두 가지 원유의 성질이나 사후 정제과정이 아무런 차이 없이 서로 동일한 만큼 이는 결국 원유 도입업체에 대하여 나프타산출량만큼에 대하여는 추천수량의 범위 내에서 일률적으로 세제상의 혜택을 주기 위한 형식적 방편에 불과한 것으로 보이고 원고가 이와 같은 세제상의 혜택을 포기할 아무런 이유가 없는 점등의 사정을 종합하여 보면, 원고는 이 사건 원유에 대한 수입신고를 하면서 착오에 의하여할당관세율 0%를 적용해야 할 것을 1%로 잘못 적용한 것으로 볼 것이다. 따라서 원고의 이사건 경정청구는 사후에 그 착오의 결과를 발견하고 그것을 바로 잡기 위한 것으로 볼 수 있으므로 경정청구의 일반적 요건을 구비하였다 할 것이다.

(2) 이 사건 원유에 대한 할당관세추천서 제출여부에 관하여(가) 관세법 제327조 제1항은 세관장은 관세청장이 정하는 바에 의하여 전산처리 설비를 이용하여 이 법에 의한 신고, 신청, 보고, 납부 등(이하 ‘전자신고 등’이라 한다)을 하게 하거나승인, 허가, 수리 등에 대한 교부, 통지, 통고 등(이하 ‘전자송달’이라 한다)을 할 수 있다고,같은 조 제3항은 제1항의 규정에 의하여 이행된 전자신고 등은 관세청장이 정하는 전산처리설비에 저장된 때에 세관에 접수된 것으로 보고, 전자송달은 송달받을 자가 지정한 컴퓨터에입력된 때(관세청장이 정하는 전산처리설비에 저장하는 경우에는 저장된 때)에 그 송달을 받아야 할 자에게 도달된 것으로 본다고, 같은 법 시행령 제92조 제4항은 주무장관 또는 그 위임을 받은 자의 할당관세추천을 받은 자는 당해 추천서를 수입신고수리전까지 세관장에 제출하여야 한다고 각 규정하고 있다.

(나) 앞서 인정한 사실에 의하면, 원고는 대한석유협회로부터 이 사건 원유에 대하여 할당관세추천을 받았고, 수입신고를 할 때 이미 피고의 전산통관시스템에 대한석유협회의 할당관세추천서가 저장되어 있었으므로, 이 사건 원유에 관한 관세법 시행령제92조 제4항 소정의 할당관세추천서의 제출요건은 충족되었다고 볼 것이다.

(3) 용도세율신청서 미제출의 효과에 관하여(가)관세법 제83조 제1항은 별표 관세율표나 제50조 제4항, 제65조, 제67조의2,제68조, 제70조 내지 제73조 및 제76조의 규정에 의한 대통령령 또는 재정경제부령에서 용도에 따라 세율을 다르게 정하는 물품을 세율이 낮은 용도에 사용하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 세관장의 승인을 얻어야 하고, 다만 물품의 성질과 형태가 그 용도 외의 다른 용도에 사용할 수 없는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있고, 제2항과 제3항은 용도세율이 적용된 물품은 일정한 기간 내에는 당해 용도외의 다른 용도에 사용하거나 양도할 수 없으며 이를 위반할 경우 일반세율에 의한 세액과의차액을 추징한다고 규정하고 있다. 또한 관세법제277조 제1항 제2호에서는 제83조 제1항의 규정에 위반한 자는 200만 원 이하의 과태료에 처하도록 규정하고 있다.

(나) 위와 같은 입법취지에 비추어 용도세율적용신청 절차는 용도세율 적용 물품에 대하여실제로 세율이 높은 용도에 사용할 물품임에도 불구하고 낮은 세율로 허위 신고를 하여 관세를 포탈하는지 여부를 확인하는 등의 사후행정의 편의를 위한 것으로 볼 수 있고, 또한 그 절차를 이행하지 아니한 경우에 대하여 별도의 처벌규정을 두고 있는 점에 비추어 이는 할당관세 적용여부를 좌우하는 효력규정이 아니라 단속규정에 불과한 것으로 볼 수 있는 점, 이 사건 원유의 경우 나프타 제조용 외의 다른 용도로의 전용이 사실상 불가능하여 사후관리의 필요성이 희박하고 용도세율적용신청서의 제출이 불필요하다고 볼 여지가 있는 점 등의 사정을종합하여 볼 때, 원고가 이 사건 원유에 대하여 용도세율적용신청서를 제출하지 아니하였다는이유만으로 할당관세율 0%를 적용할 수 없는 것은 아니라 할 것이다.

(4) 소결결국, 원고는 이 사건 원유의 수입신고시 나프타제조용 원유의 할당관세율 0%를 적용받을 수있는 요건을 모두 구비하였음에도, 사무착오로 인하여 나프타제조용 외의 원유의 할당관세1%를 잘못 적용함으로써 관세와 그에 따른 부가가치세를 과다하게 납부하였으므로 사후에 이를 바로 잡기 위하여 한 원고의 경정청구는 적법하고, 이를 거부한 이 사건 처분은 부적법하다 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을같이 하여정당하므로, 이를 다투는 피고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.