2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2008. 7. 1.경부터 자동차 정비업을 영위해오고 있는 법인으로, 2012. 1. 1.부터 2015. 12. 31.까지 원고 대표이사인 김○○ 명의의 농협 계좌(1○○-○○-○○○○○○)및 국민은행 계좌(6○○○○○-○○-○○○○○○, 이하 위 농협 계좌와 통틀어 '이 사건 각 계좌'라 한다)를 통해 정비용역에 대한 대가 일부를 수령하였다.

나. ○○지방국세청장은 2016. 4. 28.부터 2016. 6. 3.까지 원고의 사업연도 2012년부터 2015년까지에 대한 법인세 통합조사를 실시하고, 이 사건 각 계좌에 입금된 돈 중 416,540,000원을 원고의 정비용역에 대한 대가로서 매출금액으로 보아 원고가 이를 누락하고 신고하였음을 이유로, 피고에게 원고에 대한 부가가치세 및 법인세 등을 경정ㆍ고지할 것을 통보하였다.

다. 이에 피고는 2016. 8. 1. 원고에게 2012년부터 2015년까지의 법인세 합계 57,320,230원, 2012년 1기부터 2015년 2기까지의 부가가치세 합계 59,231,720원을 경정ㆍ고지하였다가, 이후 원고의 ○○지방국세청장에 대한 이의신청 및 국세청장에 대한 심사청구를 거치면서 최종적으로 원고가 385,774,000원(부가가치세 포함, 이하'이사건 매출누락액'이라 한다)을 매출에서 누락하였다고 보고, 일부 감액하여 별지 1 기재와 같이 법인세 합계 42,806,710원, 부가가치세 합계 54,804,910원을 재경정ㆍ고지하였다(이하 위와 같이 감액된 위 2016. 8. 1.자 처분을 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1 내지 12, 17, 18호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

계좌에 입금된 현금을 매출누락으로 과세하기 위해서는 당해 금원이 매출과 관련되었다는 관련 정황을 확인하고 당해 사업자가 부가가치세로 신고한 내용 중 현금매출부분을 차감한 금원을 매출누락으로 과세해야 하는데, 피고는 김○○이 조사관의 요구로 어쩔 수 없이 서명한 확인서만을 근거로 과세하였으므로, 이 사건 처분은 조세법률주의, 근거과세의 원칙, 신뢰보호의 원칙에 위배되고, 특히 이 사건 매출누락액 중 93,990,000원(이하'이 사건 가지급금 주장액'이라 한다)은 원고가 김○○에 대한 가지급금으로서 지급하여 김○○이 이를 보관하던 중 그 일부를 이 사건 각 계좌에 입금한 것이므로 매출누락으로 볼 수 없다.

나. 판단

일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다고 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2017. 6. 29. 선고 2016두1035 판결 등 참조). 또한, 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자 측으로부터 일정한 과세요건사실을 자인하는 내용의 확인서를 작성 받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 서명ㆍ날인되었다거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치를 쉽게 부인할 수는 없다(대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결 등 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 갑 제1, 2호증, 을 제17, 18호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하면, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

1) 원고는 ○○지방국세청장에 대한 이의신청 당시 이 사건 매출누락액 중 일부가 이미 신고 된 금액이거나 개인적인 금전소비대차 등 매출과 관계없는 금액이라고 주장하면서, 증빙자료로 세금계산서와 확인서 등을 제출하였다. 그런데 세금계산서의 경우 법인 계정별 원장에서 금액을 찾을 수 없는 등 당해 매출누락액이 신고 된 세금계산서에 포함된 금액인지 확인이 불가능하고, 일부 세금계산서는 입금일자보다 먼저 발행되어 거래관행과 맞지 않으며, 입금자와 세금계산서의 상호가 일치하지 아니하거나 금액이 일치하지 아니하였고, 확인서 또한 거래처 등과 사이에 작성된 것으로서 오히려 대부분이 거래명세서상 금액으로 확인되는 등 함에 따라 그 주장이 받아들여지지 아니하였다.

2) 김○○은 2016년 6월경 ○○지방국세청의 조사과정에서 원고가 2012년부터 2015년까지 아래와 같이 합계 378,673,137원의 매출누락액을 신고하지 아니하였음을 시인하는 내용의 확인서(을 제17호증)를 작성하였는데, 위 확인서의 작성 과정에 조사관의 회유나 강박이 있었다거나 위 확인서가 진실에 반하여 허위로 작성되었음을 인정할 자료가 없다.

(단위 : 원, 공급가액)

귀속

1기

2기

합계

비고

2012

48,133,109

68,343,786

116,476,895

2013

41,262,920

41,946,748

83,209,668

2014

67,703,130

30,677,258

98,380,388

2015

31,553,042

49,053,144

80,606,186

합계

188,652,201

190,020,936

378,673,137

3) 김○○이 위와 같은 확인서를 작성한 점, 원고가 이 사건 각 계좌에서 인건비 등이 지출되었다고 주장하고 그 주장이 이의신청 절차에서 받아들여진 점 등에 비추어 보면, 이 사건 각 계좌는 주로 원고의 차명계좌로 사용되어 온 것으로 보인다.

4) 원고의 가지급금계정 원장에 기재된 일자별지급 금액과 이 사건 가지급금 주장 금액은 입금 금액이나 일자가 일치하지 않고, 원고는 실제 가지급금이 어느 계좌로 입금되어 어떻게 사용되다가 이 사건 각 계좌로 입금된 것인지에 관한 객관적인 자료를 제출하지 않으면서 막연히 피고가 이를 입증하여야 한다고만 주장하고 있다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.