가. 원고는 2012. 1. 2. 보관창고업, 국내물류업, 국제물류업 및 부동산매매 및 임대업 등을 목적으로 설립되었다.

나. 원고는 2012. 1. 16. 한국수자원공사로부터 김포시 고촌읍 전호리 701 창고용지 16,613.5㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 매수하면서 이 사건 토지가 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것) 제71조 제2항에서 정하는 ‘물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산’에 해당한다는 이유로 2012. 3. 12.과 2012. 8. 13. 이 사건 토지에 대한 취득세 등을 면제받았다.

다. 원고는 이 사건 토지에 연면적 29,234.99㎡의 창고시설(이하 ‘이 사건 물류창고’라 한다)을 신축하여 2013. 4. 29. 소유권보존등기를 하면서 구 지방세특례제한법(2014. 12. 31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제71조 제2항[이하 위 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것) 제71조 제2항과 합하여 ‘이 사건 감면규정’이라 한다]에서 정하는 ‘물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산’에 해당한다는 이유로 이 사건 물류창고에 대한 취득세 등도 면제받았다. 라.

피고는 원고가 이 사건 물류창고 중 17,327㎡을 직접 사용하지 않고 다른 업체들(이하 ‘이 사건 임차인들’이라 한다)에게 임대하였다는 이유로 2014. 6. 9. 구 지방세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것) 제94조 또는 구 지방세특례제한법(2014. 12. 31. 법률 제12955호 개정되기 전의 것) 제178조(이하 ‘이 사건 추징규정’이라 한다)에 따라 취득세 867,018,350원, 지방교육세 57,625,400원, 농어촌특별세 44,054,220원 합계 968,697,970원을 추징하였다.

마. 원고는 이 사건 부과처분에...

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