서면법규과-72 (2014.1.27.)

국기

중소기업특별세액감면은 당초 신청이 없어도 요건을 충족하는 경우 수정신고나 경정청구에 의하여 감면이 가능하며 감면의 종류를 변경하는 경정청구나 수정신고도 가능한 것임

제조업을 영위하는 거주자가 당초 종합소득세 과세표준 확정신고 시 「조세특례제한법」 제30조의4 고용증대세액공제를 적용받은 이후 해당 세액공제를 배제하고 같은 법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하여 「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고를 할 수 있는 것임

국세기본법제45조【수정신고】

1. 질의내용

○2011년 귀속 종합소득과세표준 확정신고 시 적용받은 고용증대세액공제를 배제하고 중소기업특별세액감면을 적용받는 수정신고가가능한 지 여부

2. 사실관계

○거주자 甲은 제조업 등을 영위하면서 2011년 귀속 종합소득 과세표준 확정신고 시 고용증대세액공제를 적용받아 신고·납부

-2012년 상시근로자 수가 크게 감소하여 2011년 기 공제받은고용증대세액공제 상당액을 전액 추가납부하여야 할 상황임

3. 관련 법령

○ 조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 것)

①중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는2011년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 적용하여 산출한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에있는 것으로 보고 제2호에서 규정하는 감면 비율을 적용한다.

1. 감면 업종

마.제조업

2. 감면 비율

가.대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 "소기업"이라 한다)이 도매 및 소매업, 의료업(이하 이 조에서 "도매업등"이라 한다)을 경영하는 사업장: 100분의 10

나. 소기업이 수도권에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 20

다. 소기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업 등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 30

라.소기업을 제외한 중소기업(이하 이 조에서 "중기업"이라 한다)이 수도권 외의 지역에서 도매업등을 경영하는 사업장: 100분의 5

마. 중기업의 사업장으로서 수도권에서 대통령령으로 정하는 지식기반산업을 경영하는 사업장: 100분의 10

바. 중기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업 등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 15

②제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

○ 조세특례제한법 제30조의4 【고용증대세액공제】(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 것)

① 중소기업이 2010년 3월 1일부터 2011년 6월 30일까지의 기간 중 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자수를 초과하는 경우에는 다음 각 호에 따라 계산한 상시근로자 수(그 수가 음수이면 영으로 본다)에 300만원을 곱한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 2010년 3월 1일부터 2010년 3월 1일이 속하는 과세연도 종료일까지의 상시근로자 수 - 직전 과세연도의 상시근로자 수

2.2010년 3월 1일이 속하는 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터2011년 6월 30일(2010년 3월 1일이 속하는 과세연도의 다음 과세연도가 2011년 6월 30일 이전에 종료하는 경우에는 그 종료일)까지의 상시근로자 수 - 직전 과세연도의 상시근로자 수

② 제1항을 적용할 때 2010년 3월 1일이 속하는 과세연도에 있어서 제1항제1호에 따라 계산한 상시근로자 수가 2010년 3월 1일부터해당 과세연도 종료일까지 신규로 고용한 인원보다 많은 경우에는신규로 고용한 인원을 한도로 한다.

③ 제1항 및 제2항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가공제를 받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지 기간 중 각 과세연도의 상시근로자 수가 공제를받은 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 그 감소된과세연도의 과세표준을 신고할 때 다음 각 호의 산식에 따라 계산한 금액(제1항에 따른 공제금액 중 제144조에 따라 공제받지못하고 이월된 금액이 있는 경우에는 그 금액을 차감한 후의 금액으로 한다)을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

1.제1항에 따라 공제를 받은 과세연도(제1항제1호 및 제2호에 따라각각 공제를 받은 경우에는 제2호에 따라 공제를 받은 과세연도로 한다)보다감소한 상시근로자 수 × 300만원

2.공제를 받은 과세연도 종료일 이후 2개 과세연도 연속으로 상시근로자 수가 감소한 경우 2번째 과세연도에는 직전연도 대비 감소한 상시근로자 수 × 300만원

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 상시근로자의 범위, 상시근로자 수의 계산방법과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑤ 제1항을 적용받고자 하는 중소기업은 해당 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서 및 공제세액계산서를 제출하여야 한다.

○ 조세특례제한법 제127조 【중복지원의 배제】 조세특례제한법 제127조 【중복지원의 배제】(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 것)

④내국인이 동일한 과세연도에 제6조,제7조, 제12조의2, 제31조제4항ㆍ제5항, 제32조제4항, 제33조의2, 제63조, 제63조의2제2항, 제64조,제66조부터 제68조까지, 제85조의6제1항ㆍ제2항, 제104조의24제1항,제121조의8, 제121조의9제2항, 제121조의17제2항, 제121조의20제2항,제121조의21제2항에 따라 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우와제5조, 제8조의3, 제11조, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조,제30조의4, 제94조, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18제2항 및 제104조의22에 따라 소득세 또는 법인세가 공제되는 경우를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.

○ 조세특례제한법 시행령 제6조 【중소기업에 대한 특별세액감면】(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 것)

⑦ 법 제7조에 따라 소득세 또는 법인세를 감면받고자 하는 자는과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서를납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

○ 국세기본법 제45조 【수정신고】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(「소득세법」 제73조제1항제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를포함한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2제1항에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1.과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때

2.과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때

3. 제1호 및 제2호 외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불완전한 신고를 하였을 때(제45조의2에 따라 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우는 제외한다)

③ 과세표준수정신고서의 기재사항 및 신고 절차에 관한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 국세기본법 시행령 제25조 【과세표준수정신고】

① 법 제45조에 따른 과세표준수정신고서에는 다음 각 호의 사항을적어야 하며, 수정한 부분에 관하여 당초의 과세표준신고서에첨부하여야 할 서류가 있는 경우에는 이를 수정한 서류를 첨부하여야 한다.

1. 당초 신고한 과세표준과 세액

2. 수정신고하는 과세표준과 세액

3. 그 밖에 필요한 사항

②법 제45조제1항제3호에서 "원천징수의무자의 정산 과정에서의누락,세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유"란세무조정과정에서 「법인세법」 제36조제1항에 따른 국고보조금등 및 같은 법 제37조제1항 각 호 외의 부분에 따른 공사부담금에 상당하는 금액을 익금(益金)과 손금(損金)에 동시에 산입(算入)하지 아니한 경우를 말한다.

○ 국세기본법 기본통칙 45-0…1 【 법정신고기한 】

법 제45조, 제45조의 2 및 제49조에서 ¨법정신고기한¨ 이라 함은 각 세법에 규정하는 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서의 제출기한을 말한다. 다만, 법 제5조 및 제6조의 규정에 의하여 신고기한이 연장된 경우에는 그 연장된 기한을 법정신고기한으로 본다.