1. 피고는 원고에게 1,325,095,068원 및 그 중 1,297,848,234원에 대하여는 2014. 12. 27.부터, 27,246...

1. 기초사실

가. 피고는 2007. 9. 21. 서울 강동구 상일동 70 일원에 강일2지구 택지개발사업단지(이하 ‘이 사건 사업지구’라 한다) 조성공사[공사기초금액 34,592,800,000원, 추정가격 32,144,136,000원, 부가가치세(매입세 포함) 2,448,664,000원, 이하 ‘이 사건 공사‘라 한다]에 관할 입찰공고를 하였고, 원고는 소외 동대건설 주식회사(이하 ‘동대건설’이라 한다)와 공동시공자로 선정되었다.

나. 원고는 동대건설과 공동수급체를 구성하여 2007. 12. 31. 피고로부터 이 사건 공사를 계약금액 22,288,357,000원로 정하여 도급받았고 그 후 2011. 12. 29. 계약금액이 52,794,000,000원으로 변경되었다

(이하 ‘이 사건 도급계약’이라 한다). 다.

이 사건 사업지구에는 국민주택규모 이하의 건설부지 151,840㎡, 국민주택규모 초과 건설부지 40,114㎡, 기타 103,571㎡가 포함되어 있었는데, 서울특별시는 2007. 7. 23.경 피고에게 이 사건 공사계약 중 국민주택 건설부지는 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호(이하 ‘이 사건 면세법령’이라 한다)에 의하여 부가가치세 면제대상이므로 부가세면세대상 부분에 관하여 설계변경감액 후 결과보고 할 것을 조치하였다. 라.

피고는 이에 따라 2011. 12. 29. 원고와 동대건설 사이에 이 사건 사업지구 중 국민주택규모 이하의 건설부지 비율(51.38%)에 상응하는 공사대금은 부가가치세 면제대상에 해당한다고 보아 제외하고, 국민주택규모를 초과하는 건설부지 비율(48.62%)에 상응하는 공사대금에 대한 부가가치세 1,186,830,677원을 포함하여 계약금액을 26,397,000,000원으로 변경하였고, 원고와 동대건설에게 위 공사대금 26,397,000,000원을 모두 지급하였다.

마. 원고는 피고로부터 받은 위 공사대금 26,397,000,000원 중 부가가치세 과세대상에 해당하는...