학교법인이 취득한 부동산을 유예기간 내 당해 용도에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

가.처분청은 청구법인이 <별지1> “학교법인 OOO교육재단 학교부지”(이하 “이 사건 토지”라 한다. 이하 같다)를 취득한 것에 대하여학교법인이 그 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아취득세 및 등록세를 비과세 하였으나, OOO세정 업무지도·점검의 지적에 따라 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이그 사업에 사용하지 않은 것으로 보고 그 취득가액(2,510,843,721원)을과세표준으로 「지방세법」(2010.3.31. 법률 제10221호로 전문개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제1항 및 같은 법 제131조 제1항 등의세율을 적용하여 산출한 취득세 61,023,950원, 농어촌특별세 5,643,710원, 등록세 51,234,990원, 교육세 9,404,470원, 합계 127,307,120원(가산세 포함)을 2010.8.9. 청구법인에게 부과고지하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2010.10.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 학교법인을 확장·이전하는 계획을 수립하여 1993.3.4. 교육부로부터 이전계획을 승인받고 1999.12.24. OOO지사로부터 학교시설 입지승인을 받는 등 이 사건 토지를 취득한 후 당해 목적사업에 사용하기 위하여 <별지2> “OOO전문대학 OOO캠퍼스 건립추진일정”과 같이 정상적인 노력을 하는 과정에서 학교 이전부지 일부에 대한 매입협상의 어려움과 관할관청의 협조미비 및 문화재발굴 사업 등 정당한 사유로 인하여 학교 이전사업이 지연되고 있으며, 이 사건 토지는 학교용지 이외의 다른 용도로 사용할 수 없음에도 이미 비과세한 취득세 및 등록세 등을 추징하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 OOO전문대학을 경영하는 학교법인으로서 1993.3.4. 교육부장관으로부터 OOO전문대학 이전계획을 승인받고 1999.12.24. OOO로부터 학교시설 입지승인을 받는 등 학교부지로 사용할 목적으로 이 사건 토지를 취득한 후 계획시설(학교) 결정에 따른 OOO관리계획 입안·주민공람·변경결정 등 수차례에 걸친 보완자료 제출 및 문화재 지표조사, 문화재 시굴조사, 문화재 발굴에 따른 유적관리방안 수립 등 <별지2>와 같이 학교이전을 위하여 순차적으로 노력해 온 것은 사실이나, 이 사건 토지의 일부는 「국토의 계획 및 이용에 관한법률」에 따라 계획시설(OOO전문대학예정지)로 결정되지 않았을 뿐만 아니라 계획시설(OOO전문대학예정지)로 결정된 토지의 경우에도 학교부지를 조성하는데 법령상 또는 사실상 장애사유가 없음에도 현재까지 임야, 전, 답 등의 상태로 있거나 목적사업과 상관없는 묘목을 식재한 사실이 각종 공부와 처분청의 출장복명서(2010.7.13.)에서 확인되며, 문화재 지표·시굴조사 및 문화재 발굴 지역은 이 사건 토지와 상당히 원거리에 있으며, 그 조사 기간이 2개월 정도로 짧고 조사결과 유물 산포지가 학교이전 부지면적의 일부분임이 문화재 지표조사 완료신고서에 나타나 있는 바, 청구법인이 이 사건 토지를 유예기간 내에 당해 목적사업에 사용하지 않은 사유는 「 지방세법」 제107조 및 같은 법 제127조 제1항 단서에서 말하는 정당한 사유에 해당되지 않으므로 이 사건 토지에 대하여 취득세 및 등록세를 부과고지한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

학교법인이 학교용 부동산을 취득하여 유예기간 내에 당해 용도에 직접 사용하지 못한 정당한사유가 있는지 여부

제107조(용도구분에 의한 비과세)다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다.다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와취득일부터1년(제1호의 경우에는3년)이내에정당한 사유없이그 용도에직접 사용하지 아니하는 경우또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제127조(용도구분에 의한 비과세) ①다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와등기·등록일부터1년(제1호의 경우에는3년)이내에정당한 사유없이그 용도에직접 사용하지 아니하는 경우또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

(2) 지방세법 시행령(2010.9.20. 대통령령 제22395호로 전문개정되기 전의 것)

제79조(비영리사업자의 범위) ①법 제107조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

2. 「초ㆍ중등교육법」 및「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」 또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자 및 「평생교육법」에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체

제94조(비영리사업자의 범위등) ① 법 제127조 제1항 제1호 본문에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래의 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 「지방세법 시행령」 제79조 제1항 제2호 및 제94조 제1항의 규정에 의한 「고등교육법」에 따른 학교로서 비영리사업자에 해당한다.

(나) 청구법인은 학교법인을 확장·이전하는 계획을 수립하여 1993.3.4. 교육부로부터 이전계획을 승인받고 1999.12.24. OOO지사로부터 학교시설 입지승인을 받아 <별지1>과 같이 이 사건 토지를 취득한 후 <별지2>와 같이 OOO전문대학 OOO캠퍼스 건립을 추진하였다.

(다) 청구법인은 이 사건 토지중 OOO를 2006.1.23. 최종 취득하였고 그에 따른 비과세 유예기간은 취득일로부터 3년인 2009.1.22. 이며, 청구법인이 이 사건 토지상의 토목공사 착공신고일은 2009.7.16.로 나타난다.

(라) 한편, 처분청 담당공무원(세무과 지방세무주사보 OOO)이 2010.7.13. 이 사건 토지가 있는 현장을 방문하여 작성한 복명서에서 이 사건 토지가 학교용에 사용하지 아니하고 임야, 전, 답의 상태로 있거나 목적사업과 상관없이 묘목을 식재한 사실이 있다고 기재되어 있다.

(2) 쟁점에 대하여 본다.

(가) 「 지방세법」 제107조 제1호 및 같은 법 제127조 제1항 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득(등기)에 해당하는 것에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과하지 아니하지만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일(등기·등록일)부터 3 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세 및 등록세를 부과한다라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제79조 제1항에서 대통령령으로 정하는 비영리사업자는 「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교를 경영하는 자 등이라고 규정하고 있다.

(나) 위 조항에서 학교목적에 직접 사용한다고 함은 학교법인이 설치·경영하는 학교의 교지, 체육장 등과 같이 당해 토지의 사용용도가 학교법인의 교육사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다고 보아야 할 것(대법원 1994.10.28. 선고 94누224 판결 참조)이고, 정당한 사유라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 사업에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다 하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다 하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 2000.5.12. 선고 2000두1300 판결 참조).

(다) 먼저 청구법인이 이 사건 토지 취득일부터 3년 이내에 학교 용도에 직접 사용하였는지 여부에 대하여 살펴보면, 청구법인은 이 사건 토지를 2006.1.23. 최종취득하였으나, 그로부터 3년이 경과한 2009.7.16.에서야 이 사건 토지에 대한 토목공사 착공신고를 하였고, 2010.7.13. 처분청 세무담당공무원이 이 사건 토지에 대한 현장확인 결과 임야, 전, 답의 상태로 있거나 목적사업과 상관없이 묘목을 식재한 사실이 있다고 복명하고 있는 점 등을 종합하면 청구법인은 이 사건 토지를 취득하여 취득일부터 3년 이내에 학교 용도에 직접 사용하지 아니한 것으로 보인다.

(라) 다음으로 청구법인이 이 사건 토지 취득일부터 3년 이내에 학교 용도에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지 여부에 대하여 보면, 청구법인은 학교 이전부지 매입협상의 어려움, 관할 관청의 협조 미비, 2년 이상 진행된 문화재 발굴조사 등으로 인하여 학교 이전사업이 지연되었다고 주장하나, 관할 관청의 미협조가 이 사건 토지를 유예기간내에 학교용도에 직접 사용하지 못한 직접적인 원인이 되었는지가 불분명할 뿐만 아니라 관할 관청 협조 미비 등 주장을 뒷받침할 만한 구체적인 입증자료를 제시하지 아니하여 주장사실이 객관적으로 확인되지 않으며, 2006.5.2. 문화재 지표조사 완료신고서상에서 문화재 지표조사의 착수일은 2006.2.10.이고 완료일은 2006.3.21.로서 문화재 조사기간은 약 2개월로 나타나고 있으며, 또한 문화재 지표조사를 실시한 지역도 이 사건 토지상이 아닌 OOO 일원인 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 이 사건 토지를 취득하여 유예기간 내에 학교 용도에 직접 사용하지 못한 법령상의 장애나 행정관청의 사용금지·제한 등 외부적인 사유가 있었다고 보여지지는 아니하므로 이를 유예기간 내에 학교용도에 직접 사용하지 못한 부득이한 사유에 해당한다고 보기는 어렵다.

따라서, 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과고지한 처분은달리잘못이없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.