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쟁점겸용주택의 양도에 대하여 「소득세법」 제100조 제3항을 적용할 수 있는지 등
조세심판원 조세심판 | 조심2020서8315 | 양도 | 2021-02-01
[청구번호]

조심 2020서8315 (2021.02.01)

[세 목]

양도

[결정유형]

취소

[결정요지]

「소득세법」 제100조 제3항은 토지와 건물 사이의 가액구분이 불분명한 경우뿐만 아니라 주택과 상가 사이의 가액구분이 불분명한 경우에도 적용할 수 있다고 봄이 타당하므로 청구주장을 받아들이기 어려움. 다만, 쟁점겸용주택의 매수자들이 작성한 거래사실확인서에도 쟁점승강기가 주택전용으로 사용되었다는 내용이 포함되어 있는 점 등에 비추어 쟁점승강기가 실제로 주택전용으로 사용되었다는 청구주장에 신빙성이 있으므로 쟁점승강기 면적을 주택 면적에 합산하는 것이 타당하다 할 것인 점, 이 경우 청구인이 신고한 주택의 실지거래가액은 기준시가로 안분계산한 가액의 130%에 미달하게 되므로 결과적으로 쟁점겸용주택의 양도는 「소득세법」 제100조 제3항에서 규정하는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 볼 수 없다 할 것인 점 등에 비추어 처분청이 쟁점겸용주택의 양도를 토지와 건물 등의 양도가액 구분이 불분명한 경우로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

[관련법령]
[주 문]

OOO세무서장이 2020.7.28. 청구인에게 한 2018년 귀속 양도소득세 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2018.11.30. OOO 토지 440.7㎡ 및 겸용주택 1,002.93㎡(이하 “쟁점겸용주택”이라 한다)를 OOO 외 2인에게 OOO원에 양도하고 2019.1.25. 양도가액을 주택은 OOO원(1세대 1주택 비과세 적용)으로, 상가는 OOO원으로 각각 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.

나. OOO지방국세청장은 2020.2.12.∼2020.2.28. 기간 동안 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 청구인이 신고한 쟁점겸용주택의 실지거래가액이 주택 및 상가의 기준시가로 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있으므로 주택 및 상가 등의 가액 구분이 불분명하다고 보아 2020.2.17. 청구인에게 이에 대한 소명을 요구하였다.

다. 청구인은 이에 따라 2020.3.4. 총 양도가액 OOO원 중 주택 가액을 OOO원으로, 상가 가액을 OOO원으로 각각 경정하여 수정신고를 하였다가, 2020.5.28. 당초 신고가 적정하다는 사유로 경정청구를 제기하였다.

라. 처분청은 청구인의 위 경정청구 내용을 검토한 결과, 청구인의 수정신고를 적정한 것으로 보아 2020.7.28. 경정청구를 거부하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2020.9.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 「소득세법」 제100조 제2항에서 “양도차익의 산정에서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다”고 규정하고 있고, 같은 조 제3항에서는 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분 계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액이 불분명한 경우로 본다고 규정하고 있는데, 동 규정은 토지와 건물을 일괄 양도하는 경우로서 토지가액과 건물가액 차이에 따른 양도차익 산정과 관련된 것이므로 청구인의 경우와 같이 겸용주택을 주택과 상가로 구분하여 각각 양도하는 경우에까지 적용하는 것은 위 규정을 지나치게 확대해석하는 것이다. 즉, 자산종류별로 구분하여 30% 이상의 차이가 있다 하여 모두 경우에 적용하는 것은 법 적용의 오류라 할 수 있다.

(2) 쟁점겸용주택의 양도에 대하여 「소득세법」 제100조 제3항을 적용할 수 있다 하더라도 동 겸용주택에 설치된 승강기(이하 “쟁점승강기”라 한다)는 건축 당시 다리가 불편한 노모를 모시기 위하여 주택전용으로 설치한 것이고, 설계도면과 같이 설계시부터 지층, 1층, 2층 및 3층은 사용할 수 없도록 설계․시공되었으며, 지층과 2층 및 3층은 출구 자체가 없는 등 오로지 4층 주택에서만 사용할 수 있도록 설치한 것이다. 주택의 면적이 주택 이외의 면적보다 작거나 같은 때에는 주택부분 이외의 건물은 주택으로 보지 아니하는데, 이때 주택에 해당되는지 여부는 공부상의 용도에 관계없이 그 실제구조 및 사용 형태에 따라서 판정하여야 한다.

따라서 상가면적에 포함된 쟁점승강기의 각 층별 점유면적(23.4㎡, 지층〜3층 및 출입구 면적)을 주택면적에 합산하고 상가면적에서 제외하게 되면 청구인이 신고한 주택의 실지거래가액(OOO원)은 기준시가로 안분계산한 가액(OOO원)의 130%(OOO원)에 미달하므로 「소득세법」 제100조 제3항에서 규정하는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 볼 수 없다.

나. 처분청 의견

(1) 「소득세법」 제100조 제3항에서 “토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 각 자산별 기준시가로 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다”고 명확히 규정되어 있는바, 서울지방국세청장은 위 법령을 적용하여 청구인의 양도소득세를 재계산하도록 지시하였고, 청구인도 이를 인정하여 수정신고를 하였다가 「소득세법」 제100조 제3항은 토지와 건물 등의 가액이 불분명한 경우에 한하여 적용하는 것으로서 청구인의 경우와 같이 주택과 상가를 양도한 경우에까지 확대해석하여 적용할 수 없다고 주장하며 이 건 경정청구를 제기하였으나, 「소득세법」 제100조 제3항은 자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피를 방지할 목적으로 입법된 조항으로 청구인도 토지(주택 및 상가의 부수토지)와 건물(주택 및 상가)을 양도한 경우 등에 해당하므로 동 조항을 확대해석한 것으로 볼 수 없다.

따라서 청구인은 1세대 1주택 비과세 규정을 적용받는 자로서 전체 양도가액 중 주택(부수토지 포함)분 양도가액을 객관적 근거 없이 과다하게 책정함으로써 과세분 양도차익을 과소신고한 것이므로 이 건 처분은 정당하다.

(2) 청구인은 쟁점겸용주택의 승강기를 주택전용으로 사용하였으므로 승강기의 운행면적 23.40㎡(각 층별 정착면적 및 출입구 면적)에 상당하는 기준시가를 상가에서 제외하고 주택가액에 합산하면 청구인이 신고한 주택의 실지거래가액(OOO원)은 기준시가로 안분계산한 가액(OOO원)의 130%(OOO원)에 미달한다고 주장하나, 쟁점겸용주택의 건축물대장을 살펴보면, 쟁점겸용주택은 지하 1층 지상 4층의 건물로, 1층은 음식점, 2층은 학원, 3층은 사무실로 각각 구성되어 있어서 쟁점승강기를 4층 주택전용으로 사용하였다고 보기는 어렵다.

한편 청구주장과 같이 쟁점승강기를 4층 주택전용으로 사용하였다고 하더라도 쟁점승강기의 층별 바닥면적(23.4㎡)을 주택면적에 합산할 것이 아니라 승강기 자체의 정착면적(4.68㎡)을 합산하여 기준시가를 계산함이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점겸용주택의 양도에 대하여 「소득세법」 제100조 제3항을 적용할 수 있는지 여부

② 쟁점승강기를 4층 주택전용으로 보아 각 층별 승강기 바닥면적 및 출입구 면적을 주택면적에 포함할 경우 주택의 실지거래가액이 기준시가로 안분계산한 가액의 130%에 미달되므로 주택과 상가의 가액 구분이 불분명한 때로 볼 수 없다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

제100조[양도차익의 산정] ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

제154조[1세대 1주택의 범위] ③ 법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.

제166조[양도차익의 산정 등] ⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」 제64조에 따라 안분계산하며, 이를 적용함에 있어 「상속세 및 증여세법」 제62조 제1항에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 「부가가치세법 시행령」 제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제62조 제1항에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다.

제64조[토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산] 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)에 대한 「소득세법」 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우 : 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分)계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우 : 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우 : 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점겸용주택을 양도한 후 2018년 귀속 양도소득세 신고시 총 양도가액을 실지거래가액으로 하여 주택은 OOO원으로, 상가는 OOO원으로 각각 신고하였다가 이후 쟁점겸용주택의 주택 및 상가 등의 가액 구분이 불분명하다고 보아 주택을 OOO원으로, 상가를 OOO원으로 각각 경정하여 수정신고를 하였으나, 2020.5.28. 당초 신고가 적정하다는 사유로 아래 OOO과 같이 경정청구를 제기하였고, 처분청은 이를 검토하여 청구인의 수정신고 내용이 적정하다고 보아 2020.7.28. 청구인의 경정청구를 거부하였다.

OOO

(2) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실 등이 확인된다.

(가) 청구인이 2018.9.12. OOO 외 2인과 작성한 쟁점겸용주택 매매계약서상 특약사항은 다음과 같다.

OOO와 같고, 동 겸용주택에는 정착면적 4.68㎡의 비상용 승강기 1대가 설치되어 있는 것으로 나타난다.

OOO

(다) 쟁점겸용주택의 기준시가를 산정하면 아래 OOO과 같다.

OOO

(라) 쟁점겸용주택 총 양도가액을 기준시가 비율로 안분계산한 경우 주택의 실지거래가액 환산액은 아래 OOO와 같다.

OOO

(마) 그 밖에 청구인은 쟁점승강기는 4층 주택전용으로 설계 및 사용되었으므로 주택 면적에 포함되어야 한다고 주장하며 쟁점승강기의 설계도면, 쟁점겸용주택 1층 및 4층 현관과 승강기 내부를 촬영한 사진 3매 및 쟁점겸용주택 매수자들이 작성한 거래사실확인서를 각각 제시하고 있는데, 설계도면에 의하면 지층, 2층 및 3층에는 별도의 승강기 출입구가 보이지 아니하고 승강로가 벽으로 둘러싸여 있으며, 승강기 내부사진에 의하면 층을 선택하는 버튼에 2층과 3층이 표시되어 있지 아니하고, 위 사실확인서의 내용은 다음과 같다.

OOO

(3) 「소득세법」 제100조 제3항같은 법 시행령 제166조 제6항은 자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피를 방지할 목적으로 2015.12.15. 법률 제13558호로 신설․개정되었는바, 그 개정내용을 요약하면 다음과 같다.

OOO

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 「소득세법」 제100조 제3항은 토지와 건물을 일괄 양도하는 경우 적용하는 규정이므로 주택과 상가를 일괄 양도하는 쟁점겸용주택의 양도에 대하여는 적용할 수 없다고 주장하나, 「소득세법」 제100조 제2항은 “토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되, 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다”고 규정하고, 같은 조 제3항은 “제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다”고 규정하고 있으며, 그 시행령 제166조 제6항은 “토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」 제64조에 따라 안분계산한다”고 규정하고 있는바, 위 각 규정들이 모두 ‘토지와 건물 등’이라는 표현을 사용하고 있어서 그 문언상 ‘토지와 건물’이 일괄 양도되는 경우뿐만 아니라 ‘주택과 상가’가 일괄 양도되는 경우에도 그 적용을 전제로 하고 있다 할 것이다.

따라서 「소득세법」 제100조 제3항은 토지와 건물 사이의 가액구분이 불분명한 경우뿐만 아니라 주택과 상가 사이의 가액구분이 불분명한 경우에도 적용할 수 있다고 봄이 타당하므로 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점승강기가 4층 주택전용으로 사용된 것으로 볼 수 없다는 의견이나, 청구인이 제시한 쟁점승강기의 설계도면 및 쟁점겸용주택 1층 및 4층 현관과 승강기 내부를 촬영한 사진 등에 의하면, 쟁점겸용주택의 지층, 2층 및 3층에는 별도의 승강기 출입구가 설치되어 있지 아니하고 승강로가 벽으로 둘러싸여 있으며, 승강기 내부에는 1층과 4층을 선택하는 버튼만 장착되어 있는 것으로 나타나는 점, 쟁점겸용주택의 매수자들이 작성한 거래사실확인서에도 쟁점승강기가 주택전용으로 사용되었다는 내용이 포함되어 있는 점 등에 비추어 쟁점승강기가 실제로 주택전용으로 사용되었다는 청구주장에 신빙성이 있으므로 쟁점승강기 면적을 주택 면적에 합산하는 것이 타당하다 할 것이다.

또한 처분청은 쟁점승강기가 주택전용으로 사용되었다 하더라도 쟁점승강기 자체의 바닥면적만 주택면적에 포함하여야 한다는 의견이나, 쟁점승강기 및 동 승강기가 운행되는 승강로를 설치하기 위해서는 4층 외에도 나머지 층별 승강기 바닥면적 및 출입구 면적이 반드시 필요하고, 쟁점승강기가 주택전용으로 사용된 이상 4층 이외의 층은 승강기 바닥면적에 상당하는 공간면적만 차지하였을 뿐이므로 그 사용 용도에 따라 각 층별 승강기 바닥면적 및 출입구 면적을 상가면적에서 차감하여 주택면적에 포함하는 것이 합리적이며, 이 경우 청구인이 신고한 주택의 실지거래가액(OOO원)은 기준시가로 안분계산한 가액(OOO원)의 130%(OOO원)에 미달하게 되므로 결과적으로 쟁점겸용주택의 양도는 「소득세법」 제100조 제3항에서 규정하는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 볼 수 없다 할 것이다.

따라서 처분청이 쟁점겸용주택의 양도를 토지와 건물 등의 양도가액 구분이 불분명한 경우로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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