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쟁점매입세액이 공통매입세액인지, 과세사업과 관련된 매입세액인지 여부
조세심판원 조세심판 | 조심2011서2756 | 부가 | 2012-05-31
[사건번호]

[사건번호]조심2011서2756 (2012.05.31)

[세목]

[세목]부가[결정유형]취소

[결정요지]

[결정요지]청구법인이 과세사업과 관련하여 발생한 비용을 고유목적사업과 구분하여 거래건별로 수익사업 계정과목으로 회계처리하고 관련 증빙을 구비한 점 등을 종합할 때, 쟁점매입세액은 수익사업에 지출된 개별매입세액에 해당하는 것으로 보이므로, 이를 공통매입세액으로 보아 안분하여 매입세액 불공제한 처분은 잘못된 것임

[관련법령]
[참조결정]

[참조결정]조심2011서0380

[주 문]

OOO세무서장이 2011.1.5. 청구법인에게 한 2005년 제1기분 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 「정보통신산업진흥법」에 따라 설립되어 소프트웨어산업 통계·조사 및 기술보급사업을 고유목적사업으로 하고, OOO 제작센터 운영사업(이하 “쟁점①사업”이라 한다) 및 OOO 운영사업(이하 “쟁점②사업”이라 하고, 쟁점①사업과 함께 “쟁점사업”이라 한다)과 건물임대업을 겸영하는 비영리법인으로서 정부출연금 및 수익사업에서 발생한 자체수익금으로 운영하고 있는바, 2005년 제2기 부가가치세 과세기간 중 쟁점사업과 관련하여 장비유지비용 등을 지출하고 그에 대한 매입세액 OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 쟁점사업과 직접 대응되는 개별매입세액으로 공제하여 2005년 제2기분 부가가치세 OOO원을 환급받았다.

나. 처분청은 청구법인에 대한 세무조사 결과, 쟁점매입세액을 「부가가치세법 시행령」 제61조 제1항의 과세·면세사업의 공통매입세액으로 보아, 이를 정부출연금(면세분)과 쟁점사업의 공급가액(과세분) 비율로 안분계산하고 정부출연금 비율 상당액의 매입세액을 불공제하여 2011.1.5. 청구법인에게 2005년 제1기분 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.4.5. 이의신청을 거쳐 2011.8.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구법인은 장비임대업에 해당하는 쟁점사업을 유료화한 시점(쟁점①사업 2005년 2월, 쟁점②사업 2005년 7월)부터 쟁점사업을 「법인세법」상 수익사업 및 「부가가치세법」상 과세사업으로 하여 발생수익(장비수수료)에 대해서는 수익사업 익금으로 계상하고 부가가치세를 거래징수하는 한편, 발생비용은 지출항목별로 쟁점사업과의 관련성 여부를 기준으로 구분하여, 쟁점사업에 직접 대응되는 비용(위탁운영료, 장비유지보수비 등)은 수익사업비용으로 구분경리하면서 매입세액을 공제받고, 그 외에 쟁점사업과 직접 관련성이 적은 비용(유료화 이전에 발생한 비용과 여비·교육비 등 인건비성 항목, 부서 소모품비 등)은 목적사업비용으로 구분경리하고 관련 매입세액은 면세사업 관련 매입세액으로서 불공제하여 신고하였다.

이에 따라 2005년 제2기에 쟁점사업과 관련하여 공제받은 쟁점매입세액의 세금계산서 수취내역을 보면, ‘월별 위탁운영료, 모바일테스트 전용회선 사용료, 모바일테스트베드 외국향 단말기 구매, 시스템 구축비, 월별 장비유지보수비’ 등으로서 과세사업인 쟁점사업에 직접 대응되는 개별매입세액임을 확인할 수 있다.

처분청은 2005 사업연도 쟁점사업의 계정별 구분경리원장에 목적사업비용(매입세액불공제)으로 구분경리한 비용이 있고, 2007 사업연도의 ‘디지털콘텐츠 사업 시장조사 연구용역’ 등 지출항목의 경우 동일한 용역임에도 그 대금의 일부는 수익사업비용으로, 일부는 목적사업비용으로 구분경리한 점을 이유로 2005년 제2기의 쟁점매입세액도 과세·면세사업의 귀속이 불분명한 공통매입세액에 해당한다는 의견이나,

2005 사업연도에 목적사업으로 구분경리한 비용은 쟁점사업의 유료화 이전에 발생한 비용 또는 쟁점사업과 직접 관련성이 없는 비용으로서, 이에 대하여는 당초 신고시 면세사업 관련 매입세액으로 공제대상 매입세액에서 제외하였고, 지출건별로 과세사업 또는 면세사업 관련성 유무의 확인없이 단순히 2005 사업연도에 쟁점사업 관련 계정별 원장에 목적사업으로 구분된 비용(신고시 매입세액 불공제함)이 있다는 사유만으로, 처분청이 쟁점사업과 관련된 모든 비용을 귀속이 불분명한 공통매입세액으로 보아 안분계산하는 것은 근거과세원칙에 위배된다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점매입세액이 수익사업인 쟁점사업에 사용된 개별매입세액이라고 주장하나, 청구법인의 2005년 계정별 원장을 보면, 청구법인은 쟁점사업관련 시설장비유지비를 1~2월에는 목적사업에, 3~12월에는 수익사업에 사용하였다고 기재한바, 이는 시설장비유지비에 목적사업과 수익사업이 혼재되어 있음을 자인한 것이고 조사시 그 분류기준에 대한 소명을 하지 못하였다. 또한, 2005년 제2기 계정별 원장을 보면 수익사업(쟁점②사업)에 사용하였다고 계상한 글로벌모바일테스트 유럽향 단말기 구입 OOO원에 대하여 수익사업에 OOO원, 목적사업에 OOO원을 지출한 것으로 계상하였고, 디지털콘텐츠 제작센터(쟁점①사업) 운영 계정을 보면 2005년 취득자산 등재에 OOO원 외 나머지 금원 OOO원은 목적사업에 사용한 것으로 계상하였다.

쟁점사업에는 중소기업의 제작 및 수출활성화, 경쟁력 강화라는 목적사업과 수익사업이 혼재하여 예산이 투입되는바, 2007년 계정별 사례에는 국내외 디지털콘텐츠 시장조사 연구용역(쟁점①사업)에 대하여 공통안분에 대한 아무런 기준 없이 계약금은 수익사업, 잔금은 목적사업으로 기재되기도 하는 등 수익사업을 위한 비용인지 목적사업을 위한 비용인지 구별하기가 불명확하다.

또한, 수익금액 대비 비용을 임의로 개별손금으로 과대 산정하여 과대결손을 유발하여 조세탈루 의도가 있으며, 쟁점사업은 실비수준으로 사실상 고유목적사업에 가까운 사업이다.

이와 같이 쟁점매입세액은 목적사업(정부출연금) 및 수익사업(장비임대업)에 대응되는 공통매입세액임에도 정부출연금을 지급받고 있는 청구법인이 정부출연금을 고려하지 아니하고 개별매입세액으로 공제함으로써 정부출연금의 비율에 해당하는 매입세액을 공제받아 환급세액을 부당하게 공제받는 결과를 초래하였다.

따라서, 청구법인의 쟁점매입세액을 정부출연금과 과세사업에서 발생한 공급가액의 비율로 안분계산하여 정부출연금의 비율에 해당하는 매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점매입세액을 공통매입세액으로 보아 정부출연금과 과세사업 공급가액 비율로 안분하여 정부출연금 비율 상당액을 매입세액 불공제한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법(2006.3.24. 법률 제7876호로 개정되기 전의 것) 제12조 [면세] ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

16. 종교·자선·학술·구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것

제13조 [과세표준] ② 다음 각호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

4. 국고보조금과 공공보조금

제17조 [납부세액] ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

(2) 부가가치세법 시행령(2005.12.30. 대통령령 제19215호로 개정되기 전의 것) 제37조 [종교·자선·학술·구호단체등이 공급하는 재화등의 범위] 법 제12조제1항제16호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세및증여세법시행령 제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 재정경제부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역

제61조 [매입세액의 안분계산] ① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

공통매입세액 × 면세공급가액

총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

(3) 부가가치세법 시행규칙(2006.03.17. 기획재정부령제499호로 개정되기 전의 것) 제18조의2 [매입세액의 안분계산] ① 영 제61조제1항 및 제3항에서 "총공급가액"이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며, "면세공급가액"이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다.

③ 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 재화를 공급받은 과세기간중에 당해재화를 공급하여 영 제48조의2제1항 및 제3항의 규정에 의하여 과세표준을 계산한 경우에는 그 재화에 대한 매입세액의 안분계산은 동조동항의 규정에 의하여 계산한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 심리자료에 의하면, 청구법인은 2009.8.23. 「정보통신산업진흥법」에 따라 ‘OOO’이 해산되어 설립된 비영리법인인바, 그 전신인 OOO은 2007년 11월까지 OOO소재 본원 건물에서 아래 <표1>과 같이 고유목적사업과 수익사업을 겸영한 것으로 나타난다.

<표1> 청구법인 사업 내역

사업장

사업내용

수입

세무처리

비고

본원

소프트웨어산업 통계·조사, 기술보급 등 목적사업수행

정부출연금

비수익사업

건물임대

임대수익

수익사업

디지털콘텐츠 제작협력센터 운영사업(1층)

장비사용료

수익사업

쟁점①사업

모바일테스트베드 운영사업(6층)

장비사용료

수익사업

쟁점②사업

(2) 쟁점사업의 내용과 관련하여 아래와 같이 나타난다.

(가) 쟁점①사업은 디지털영상물 촬영 및 제작에 필요한 시설·장비가 설치된 건물공간을 영상콘텐츠 제작업체에게 임대하여 그 장비 및 공간을 이용하게 하고, 이에 대한 이용수수료를 받은 건물·장비의 복합임대사업이며, 쟁점②사업은 국내 모바일 업체가 유럽형 국제표준 무선통신(GSM/GPRS) 기반의 모바일 콘텐츠, 솔루션, 단말기 등의 현지서비스 테스트를 국내에서 할 수 있도록 GSM/GPRS 모바일 테스트 장비를 구축하여, 그 테스트장비가 설치된 건물공간을 국내 모바일 업체에 임대하고, 이에 대한 이용수수료를 받는 건물·장비의 복합임대사업임은 처분청과 청구인 사이에 다툼이 없다.

(나) 청구법인이 제출한 OOO협력센터 유료화 종합계획(안)(2005년 1월) 등에 의하면, 청구법인은 2005년부터 쟁점①사업을 유료화하여 장비이용료를 OOO협력센터의 낮은 서비스 수준을 고려하여 외부시장의 20%의 가격으로 책정하기로 하였고, 쟁점사업의 자립이 어려워 쟁점사업에 소요되는 사업비를 정부출연금으로 지원받다가, 2007년 11월 공동제작센터로 쟁점사업을 이전한 후에는 자체 수익사업에서 발생한 수익으로 운영하는 것으로 나타난다.

(다) 국세청 심사부가 2010-0160(2010.12.16.) 결정에서는, 2007년 11월부터 쟁점사업이 이전되어 운용되고 있는 공동제작센터의 신축과 관련된 매입세액(2006년 제2기~2007년 제2기)에 관하여 부가가치세가 과세되는 용역과 관련되는 매입세액으로 보고, 이에 따라 청구법인은 해당 매입세액을 공제받은 것으로 나타난다.

(3) 쟁점매입세액에 대한 세무처리에 관하여는 아래와 같이 나타난다.

(가) 처분청 심리자료에 의하면, 청구법인은 2005년부터 쟁점사업을 과세사업으로 보아 장비임대료에 대한 매출세액을 거래징수하고, 쟁점사업과 관련하여 지출한 쟁점매입세액은 개별매입세액으로 보고 매출세액에서 전액 공제하였으나, 처분청은 쟁점매입세액을 출연금(고유목적사업부문) 및 용역제공에 따른 수익금액(수익사업부문)에 대응되는 공통매입세액으로 보아 「부가가치세법 시행령」 제16조에 따라 안분계산하여 매입세액 불공제하였다.

(나) 청구법인은 2005년도 계정별 원장 및 쟁점매입세액과 관련한 매입세금계산서, 지출결의서, 계약서 등 관련증빙을 제출한바, 계정별 원장에서는 지출내역을 일자별, 계정과목별, 수익사업 및 목적사업 여부별로 구분하고, 쟁점매입세액은 수익사업으로 처리한 것으로 나타나고, 쟁점매입세액과 관련한 매입세금계산서의 내용은, 모바일테스트베드 전용회선사용료·위탁운영비, 모바일테스트베드 일본향·중국향·유럽향 단말기구매, OOO협력센터 장비유지보수비·위탁운영용역·소프트웨어구매·출입문통제시스템 점검, 노트북·데스크탑·소프트웨어·외장하드 구입비 등으로 나타난다.

(다) 처분청은 2005년, 2007년 청구법인의 계정별원장에 의하면 청구법인이 2005년의 시설장비유지비 1~2월분은 목적사업에, 3~12월분은 수익사업에 사용한 것으로 기장하였으나 분류기준에 대한 소명을 하지 못하고, 위탁운영비는 쟁점사업의 유료화 이전에도 수익사업으로 기장하였으며, 2007년 국내 및 해외 디지털콘텐츠 시장 조사 연구용역 계약 체결시 각각 선금 OOO원은 수익사업에, 잔금 OOO만원은 목적사업에 계상하였으나 관련 매입세액을 모두 공제받는 등 청구법인이 원칙 없이 목적사업 및 수익사업을 구분하고 쟁점매입세액을 공제받았다는 의견이다.

(라) 처분청은 부가가치세 2006년 제1기분부터 2007년 제2기분의 장비유지비용에 관하여 쟁점매입세액과 동일한 사유로 정부출연금의 비율로 매입세액 불공제한바, 청구법인이 이에 불복하여 제기한 이의신청에서 OOO지방국세청 2011서380호 결정(2011.9.9.)은 장비유지비용에 대한 매입세액은 과세사업에 직접 사용된 재화와 관련한 매입세액으로 공제대상에 해당된다고 판단하였다.

(마) 처분청은 2007 사업연도 법인세와 관련하여, 청구법인의 실제 지출비용은 목적사업에 대응하는 지출액인지, 수익사업에 대응하는 비용인지 명확하게 구분하기 어려워 「법인세법」 제76조 제6항 제2호에 따라 지출비용을 정부출연금과 수입수수료(장비사용료)의 비율로 안분하여 과다계상된 수익사업 비용을 손금부인한바, 이에 대하여 청구법인이 제기한 과세전적부심사에서 국세청장은, 처분청이 지출건별로 수익사업관련성 여부를 확인함이 없이 청구법인의 해당 사업연도에 발생한 비용전체를 공통손금으로 보아 목적사업의 정부출연금과 쟁점사업에서 발생한 수입금액비율로 안분하는 것은 적법하지 않은 것으로 판단하고, 처분청은 먼저 청구법인에서 발생한 비용을 지출건별로 재조사하여 수익사업과 목적사업의 개별손금을 구분한 후, 이렇게 구분되지 않은 공통손금 해당액을 「법인세법 시행규칙」 제76조 제6항에 따라 안분계산하도록 결정한 것으로 나타난다.

(5) 「공기업·준정부기관 회계사무규칙」 제12조 제1항에 따르면, 공기업·준정부기관의 기관장은 재원의 원천 또는 각 목적사업별로 구분하여 회계처리하고, 구분회계 사이의 내부거래 및 미실현손익을 제거한 후 이를 통합하여 결산서를 작성하고 있도록 규정하고 있다.

(6) 살피건대, 처분청은 목적사업을 위한 비용인지 수익사업을 위한 비용인지 불명확하므로 쟁점매입세액을 안분하여 불공제한 당초 처분은 정당하다는 의견이나, 국세청 심사청구 결정(2010-0160, 2010.12.16.)에서 2007년 11월부터 쟁점사업이 운용되고 있는 공동제작센터의 신축과 관련된 매입세액(2006년 제2기~2007년 제2기)에 대하여 부가가치세가 과세되는 용역과 관련되는 매입세액으로 결정하여 쟁점사업은 과세사업으로 보이는 점, 청구법인이 제출한 쟁점사업의 계정과목별 원장에 의하면, 일자별 사용내역이 기재되어 있고 관련증빙에 의하여 그 내용을 확인할 수 있으며, 쟁점사업과 관련하여 발생한 비용을 다른 사업과 구분하여 거래건별로 수익사업 계정과목으로 회계처리하고 관련 증빙을 구비한 점, 동일한 성격의 2006년부터 2007년까지의 장비유지비용에 대한 매입세액에 관하여, 서울지방국세청 2011서380호 결정(2011.9.9.)에서 과세사업에 직접 사용된 재화와 관련한 매입세액으로 공제대상에 해당된다고 판단한 점 등을 종합하면, 쟁점매입세액은 수익사업에 지출된 개별매입세액에 해당하는 것으로 보이므로, 이를 공통매입세액으로 보아 안분하여 매입세액 불공제한 당초 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」 제81조제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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