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[청구번호]
조심 2020부0911 (2020.05.25)
[세 목]
법인
[결정유형]
경정
[결정요지]
지출증명서류 미수취 가산세의 부과 대상금액을 그 받지 아니한 금액 중 손금에 산입되는 금액으로 보는 것이 타당하다고 판단되므로 처분청에서 무자료 매입금액에 대한 지출증명서류 미수취 가산세의 대상금액을 부가가치세를 포함한 무자료 매입금액으로 본 것은 잘못이 있다고 판단됨
[관련법령]
[주 문]
OOO세무서장이 2019.12.12. 청구법인에게 한 2018년 귀속 법인세 OOO부과처분은 청구법인이 지출증명서류를 수취하지 아니한 금액으로서 손금에 산입하는 것이 인정되는 금액에 대해 지출증명서류 미수취 가산세를 적용하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
가. 청구법인은 2015.6.26. 사업자등록하여 OOO에서 해상유류 도매업 등을 영위한 법인사업자이다.
나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2019.9.2.부터 2019.10.25.까지 청구법인에 대한 2015∼2018사업연도에 대한 세무조사를 실시하여, 청구법인이 위 기간 동안 법인세를 신고하면서 유류 매출원가로 계상한 OOO과다계상하고, 총 매출원가 중 OOO(공급대가)에 대하여 세금계산서를 수취하지 아니한 것으로 보아, 위 과다계상액OOO을 매출원가에서 차감하고, 세금계산서를 수취하지 아니한 무자료 매입금액OOO대한 부가가치세 상당액 OOO손금불산입하여 청구법인에게 법인세를 부과하여야 한다는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였고,
처분청은 이에 따라 청구법인이 2018사업연도 법인세를 신고하면서 유류 매출원가로 계상한 OOO중 과다계상액 OOO차감하고, 매출원가 중 세금계산서를 수취하지 아니한 무자료 매입금액 OOO(공급대가)에 대한 부가가치세 상당액 OOO손금불산입하며, 무자료 매입금액에 대한 증명서류 미수취 가산세를 적용하여 2019.12.12. 청구법인에게 2018년 귀속 법인세 OOO경정ㆍ고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.2.13. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 청구법인은 유류를 매입한 상대방이 사업자인지 농어민인지 일반 개인인지 비거주자인지 전혀 알 수 없었고, 청구법인과 같이 유류를 수집하여 판매하는 자들은 거래 상대방으로부터 부가가치세를 별도로 징수하지 않는 것이 경험칙이다.
사업자란 사업목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말하는 바, 부가가치를 창출해 낼 수 있을 정도의 사업형태를 갖추고 계속적ㆍ반복적으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우(대법원 1986.12.9. 선고 86누555 판결 외 다수, 같은 뜻임)에 사업성이 인정되는 것이다.
따라서 ① 「부가가치세법」상 사업자가 아닌 개인 또는 면세사업자가 일시적ㆍ우발적으로 재화를 공급하는 경우 부가가치세의 납세의부가 없는 점, ② 간이과세자가 공급하는 경우 세금계산서 교부의무가 없을 뿐 아니라 부가가치세를 별도로 징수할 수 없는 점, ③ 더 나아가 국내사업장이 없는 비거주자(외국선박 등)로부터 국내에서 그들의 일정한 사정에 의하여 일시적ㆍ우발적으로 유류를 매입할 경우 우리나라의 「부가가치세법」의 적용을 받지 않으므로 세금계산서를 교부받을 수 없는 점 등에 비추어 위의 자들로부터 유류를 공급받게 되면 세금계산서를 수취할 수 없음은 물론 부가가치세를 별도로 지급받을 수도 없으므로 대가로 지급된 금액에 부가가치세 상당액이 포함되어 있다고 볼 수 없다.
나아가 청구법인에게 유류를 매출한 자가 사업자인지 여부를 조사한 후 사업자에 해당하는 자로부터 매입한 유류 매입액에 상당하는 부가가치세액에 대하여 손금불산입하는 것이 정당하다.
(2) 처분청에서 청구법인의 유류 매입처가 사업자에 해당한다는 점을 전혀 입증하지 아니하였으므로 증명서류 미수취 가산세를 부과한 것은 부당하다.
가산세는 세법에 규정하는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 그 세법에 의하여 산출한 세액에 가산하여 징수하는 금액으로서, 이를 부과하기 위하여 전제되는 의무와 이에 대한 가산세의 내용은 개별 세법이 정하게 되는데, 위 증명서류 미수취 가산세의 경우 가산세를 부과할 수 있는 전제조건이 ‘사업자로부터 재화를 공급받고서’ 세금계산서를 수취하지 않아야 하는 것이다.
또한 세법에 정하는 가산세의 부과처분 대상이 되는지 여부는 과세관청이 입증하는 것(대법원 2019.6.13. 선고 2019두35046 판결, 같은 뜻임)으로, 처분청에서 청구법인이 무자료로 유류를 매입한 금액(2015년, OOO)에 대하여 사업자로부터 공급받은 유류인지, 비사업자 또는 개인, 비거주자로부터 매입한 것인지를 조사ㆍ입증하여야 하는 것인데, 처분청에서 청구법인의 유류 매입처가 사업자인지 여부에 대한 입증을 전혀 하지 아니하였으므로 증명서류 미수취 가산세를 부과한 것은 부당하다.
(3) 설령 처분청의 주장과 같이 무자료로 매입한 유류에 부가가치세 상당액이 포함되어 있다고 하더라도, 아래 ＜표1＞에서 보는 바와 같이 증명서류 미수취 가산세 계산방식에 오류가 있으므로 정당한 증명서류 미수취 가산세액은 OOO이 되어야 하는 것이다.
청구법인이 무자료로 매입한 유류금액 중 처분청이 부가가치세 상당액이라 본 OOO처분청이 이미 원가에서 제외(손금불산입)하였으므로 증명서류 미수취 가산세를 부과할 수 없다.
＜표1＞ 증명서류 미수취 가산세 계산내역
(단위 : 원)
나. 처분청 의견
(1) 외항선(외국선박 포함)에 공급하는 유류의 경우 수출에 해당하여 유류세 등 세금이 면제되는데, 이러한 해상면세유를 외항선에 급유(Bunkering)하는 과정에서 벙커선 사업자가 일부 물량을 부정 반출하여 과세유를 사용하는 내항선에 판매가 이루어지고 있고, 이를 판매하는 업체가 청구법인과 같은 선박급유업체이다. 해상유를 판매하거나 선박에 공급하기 위해서는 「석유 및 석유대체연료 사업법」에 따른 석유판매업(일반대리점) 등록과 「항만운송사업법」에 따른 선박급유업 등록을 하여야 하며, 이와 같이 선박급유업체로 등록하여 청구법인과 같은 업종을 운영하고 있는 업체가 상당수 분포되어 있다.
해상유류의 가격구조는 보통 해운조합고시가액을 기준으로 형성되는데, 청구법인이 주로 취급한 경유와 중유를 기준으로 보면 소비자가격에 부과되는 세금비율이 경유의 경우 통상적으로 50% 정도 되고, 청구법인과 같은 선박급유업체들은 불법으로 유통되는 해상유를 무자료로 매입하기 때문에 이러한 세금을 부담하지 않고 보다 저렴한 가격으로 구입하여 거의 정상가격에 판매하면서 서로 이익을 공유하기에 위험부담을 감수하고서라도 은밀하게 거래를 지속하고 있는 것이다.
선박급유업체가 취급하는 불법 해상유는 일반인 등 누구나가 접근할 수 있는 유류가 아니다. 검찰, 해경, 세관 등 단속기관의 감시망 속에서 철저히 은밀하게 거래를 유지해야 하기 때문에 판매자(딜러, 벙커선 사업자) 입장에서는 일면식이 없는 제3자와는 거래를 하지 아니하고, 상대방이 노출되지 않도록 계좌이체나 증빙서류를 남기지 아니하고 상호 비밀리에 현금으로만 거래하며, 조사 당시 대표자 등 실행위자에 대한 문답시 무자료 유류를 누구로부터 매입하였는지에 대한 답변은 항상 모르쇠로 일관하였다.
(2) 유류 무자료 매입금액에는 부가가치세가 포함된 것으로 보아야 한다.
「부가가치세법」제29조 제7항에 따르면 ‘재화를 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다’고 규정되어 있는바, 이 건의 경우 사실관계에서 확인되는 바와 같이 부산항 외항이 아닌 내항에서 거래되는 유류는 「부가가치세법」상 과세거래에 해당하고, 무자료 매출자의 측면에서 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 불분명한 경우이므로 부가가치세가 포함되어 있었다고 보아야 하고 매입자(청구법인)의 측면에서도 당연히 부가가치세를 포함하여 지불하였다고 보아야 하는 것이다.
「법인세법」제116조에 따르면 사업자와 거래시 적격증빙서류를 수수하도록 규정되어 있고, 「부가가치세법」제2조에 따르면 사업자란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말한다고 규정하고 있으며, 부산항에서 불법 유류의 취급은 주로 딜러를 통하여 거래가 있고 불법 무자료 유류 판매업자는 불법 해상유 거래와 탈세를 목적으로 고의로 등록을 하지 않은 악질 미등록 사업자에 해당하는바, 청구법인은 사업자인 불법 유류 매출자로부터 유류를 매입하고도 적격증빙서류를 수취하지 아니하였고, 이는 거래질서 유지 등 부가가치세의 근간이 되는 필수적인 사안을 위반한 것이다.
(3) 무자료 매입에 대한 ‘증명서류 미수취 가산세’ 부과는 적법하다.
「법인세법」제116조에서 규정하고 있는 ‘지출증빙서류의 수취 및 보관’ 의무는 법인의 경비지출에 대한 투명성을 높이고 거래상대방 사업자의 과세표준 양성화를 도모하는 한편, 지출증빙에 근거하여 객관성 있게 과세하고자 하는 근거과세를 구현하기 위하여 납세의무자에게 부과된 의무(헌법재판소 2007.5.31. 선고 2006헌바88 결정)이고, 「부가가치세법」제2조에 의한 사업자는 「법인세법」상 정규지출증빙서류의 수취대상 거래상대방에 해당하며, 미등록 사업자로부터 용역을 제공받았다 하여 정규지출증빙서류의 수취대상에서 제외되는 것은 아니다.
또한, 「법인세법 시행령」 제158조 제1항은 ‘대통령령이 정하는 사업자’와 관련하여 비영리법인 등을 제외한 법인, 간이과세자 등을 제외한 「부가가치세법」 제2조의 규정에 의한 사업자, 「소득세법」 제1조의2의 규정에 의한 사업자를 말한다고 규정하고 있을 뿐 「부가가치세법」 또는 「소득세법」에 따른 사업자등록을 한 사업자로 한정하고 있지 아니하다.
따라서 증명서류 미수취 가산세가 「부가가치세법」 또는 「소득세법」에 따른 사업자등록을 한 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받을 것을 그 부과요건으로 한다고 해석할 수는 없는바(부산고등법원 2016.9.23. 선고 2016누21435 판결, 같은 뜻임). 청구법인이 미등록 사업자로부터 불법으로 거래되는 해상유를 매입하면서 현금으로만 결제하고 아무런 증빙을 갖추지 아니한 것은 「법인세법」제116조에서 규정하고 있는 지출증빙서류의 수취 및 보관의무를 위반한 것으로서, 이에 대한 가산세를 부과한 것은 잘못이 없다(참고로 청구법인은 조사청의 조사 착수 이전에 법인세 신고를 하면서 무자료 매입에 대하여 증명서류 미수취 가산세를 부담하여 신고하였다).
(4) 증명서류 미수취 가산세의 부과기준 금액은 부가가치세를 포함한 공급대가로 하는 것이다.
「법인세법」제75조의5 제1항은 가산세 부과기준 금액을 ‘그 받지 아니한 금액 또는 사실과 다르게 받은 금액’이라고 규정하고 있고, 청구법인은 불상의 판매상으로부터 불법 해상유를 무자료 매입하여 유통하면서 매입과 관련한 증명서류를 수취ㆍ보관한 사실이 없으므로 처분청에서 부가가치세를 포함한 무자료거래 전체의 금액을 기준으로 증명서류 미수취 가산세를 적용한 것은 잘못이 없다.
또한 「법인세법」제116조 제2항은 ‘법인이 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화나 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우에는 「부가가치세법」제32조에 따른 세금계산서 등을 증명서류로 받아 보관하여야 한다’고 규정하고 있고, 해당 세금계산서에는 ‘공급가액과 부가가치세액’을 필요적 기재사항으로 함께 기재하도록 명시하고 있으므로, 청구법인이 사업과 관련하여 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 증명서류인 세금계산서를 받지 아니한 경우의 ‘그 받지 아니한 금액’에서 부가가치세를 제외할 이유는 없는 것이다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
① 거래상대방이 사업자가 아니므로 부가가치세 매입세액 상당액을 손금불산입할 수 없다는 청구주장의 당부
② 증명서류 미수취 가산세 부과대상에 해당하는지 여부
③ 증명서류 미수취 가산세의 부과 기준금액 산정의 당부
나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.
(가) 청구법인의 현황 및 사업내역은 아래와 같다.
1) 청구법인은 2015.6.26. OOO4층에서 사업자등록하여 유류 도매업을 영위한 법인으로, 2015년부터 2018년까지 기간 동안 법인세 및 부가가치세 신고서 등에 따른 매출 및 매입내역 등은 다음 ＜표2＞와 같다.
＜표2＞ 청구법인의 법인세 등 신고내역
(단위 : 백만원)
2) 청구법인의 계정별원장(상품)에는 유류매입과 관련하여 대부분 거래처명을 기재하지 아니하고 ‘적요’란에 “상품 현금매입”, ‘거래처’란에 “유류매입”이라 기재되어 있는 것으로 나타나고, 유류매입액의 합계액은 법인세 신고서 상의 ‘매출원가’와 동일한 것으로 나타난다.
3) 청구법인이 위와 같이 유류를 매입하면서 정상적으로 세금계산서를 수취한 것은 매출원가 대비 11.5%(매입과세표준 합계액/매출원가 합계액)에 불과하고, 대부분 무자료로 매입한 후 이를 법인세 신고시 매출원가로 반영하였으며, 청구법인은 동 무자료 매입액 상당액에 대하여 법인세 신고시 다음 ＜표3＞과 같이 이미 증명서류 미수취 가산세를 계상하여 신고하였다.
＜표3＞ 청구법인의 가산세액 계산내역
(단위 : 백만원)
(나) OOO지방해양경찰청은 청구법인이 석유판매업(일반대리점) 허가를 받아 석유정제업자, 석유수출업자 또는 다른 일반대리점으로부터 석유제품을 공급받아 이를 다른 일반대리점, 주유소, 일반판매소 또는 실소비자에게 판매하여야 함에도, 2015년 6월부터 2018.9.30.까지 무자료 기름을 공급받아 2015년 6월부터 2018.9.30.까지 총 239회에 걸쳐 무자료 기름 합계 10,957,368리터, 공급가액 합계 OOO주식회사 OOO등 51개 업체에 판매한 것으로 수사하였다(사건번호 2019형제4226호).
(다) 조사청의 청구법인 및 청구법인의 대표자 OOO등에 대한 세무조사 내용은 아래와 같다.
1) 조사청은 청구법인 및 청구법인의 대표자 OOO등이 2019년 6월경 불법 무자료 해상유 유통과 관련하여 OOO지방해양경찰청에서 「특정경제범죄 가중처벌등에 관한 법률」위반, 「석유 및 석유대체사업법」 위반 혐의로 이루어진 수사자료를 참고하여 조사에 착수하게 되었다.
2) 조사청이 2019.9.2.부터 2019.10.25.까지 청구법인에 대한 2015∼2018사업연도에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 2015∼2018사업연도에 법인세를 신고하면서 실제 재화를 매입하지 아니하고 유류 매출원가 OOO을 계상하고, 성명불상의 매입처로부터 OOO(공급가액) 상당의 불법 거래되는 경유, 중유 등 해상용 유류 10,614,800리터를 세금계산서를 수취하지 아니하고 무자료 매입한 것으로 조사하였다.
3) 세무조사 착수 당시 청구법인은 사실상 폐업상태로, 사업장이 없는 상태였기 때문에 사업과 관련하여 예치한 서류가 없고, 세무대리인이 기장한 장부를 기준으로 조사를 진행하였으며, 유류 매출에 대응하는 무자료 매입에 대한 근거는 법인 통장에서 출금하는 현금 자료 밖에 없다.
4) 청구법인의 대표이사 OOO문답서(2019.10.7.)에는 다음과 같은 내용이 나타난다.
5) 조사청은 위 무자료 매입 등과 관련하여 「조세범 처벌법」제10조 제2항 제1호를 위반한 혐의로 범칙조사 전환하고 검찰에 고발하였다.
(라) 처분청은 청구법인이 2018사업연도 법인세를 신고하면서 유류 매출원가로 계상한 OOO중 과다계상액 OOO차감하고, 매출원가 중 세금계산서를 수취하지 아니한 무자료 매입금액 OOO(공급대가)에 대한 부가가치세 상당액 OOO손금불산입하며, 무자료 매입금액에 대한 증명서류 미수취 가산세를 적용하여 2019.12.2. 청구법인에게 다음 ＜표4＞와 같이 2018년 귀속 법인세 OOO경정ㆍ고지하였다.
＜표4＞ 이 건 법인세 부과내역
(단위 : 원)
(마) 처분청은 「법인세법」제75조의5 제1항에서 가산세 부과기준 금액을 ‘그 받지 아니한 금액’이라고 규정하고 있음을 들어 부가가치세를 포함한 무자료거래 전체의 금액을 기준으로 해당 가산세율을 곱하여 다음 ＜표5＞와 같이 증명서류 미수취 가산세액을 계산하였고, 이에 대하여 청구법인은 세금계산서 미수취 매입액 중 부가가치세 상당액을 이미 원가에서 제외(손금불산입)하였으므로 같은 ＜표5＞와 같이 증명서류 미수취 가산세의 기준금액은 세금계산서 미수취 매입액(공급가액)이 되어야 한다고 주장하였다.
＜표5＞ 이 건 증명서류 미수취 가산세 계산내역
(단위 : 원)
주1) 처분청은 무자료 거래 전체 금액(공급가액 + 부가가치세 상당액)을 증명서류 미수취 가산세 부과대상으로 판단
주2) 청구법인은 무자료 거래 금액 중 손금불산입된 부가가치세 상당액을 제외한 공급가액을 증명서류 미수취 가산세 부과대상으로 주장
(바) 「법인세법」상 지출증명서류 미수취 가산세 관련 규정이 2019.12.31. 개정되어 지출증명서류 미수취 가산세액이 “그 받지 아니한 금액의 100분의 2”에서 “그 받지 아니한 금액으로 손금에 산입하는 것이 인정되는 금액의 100분의 2”로 개정(2019.12.31. 법률 제16833호로 일부개정, 2020.1.1. 시행)되었고, 기획재정부가 2019.7.25. 발표한 ‘2019년 세법개정안’(보도자료)에는 해당 규정의 개정 취지가 ‘가산세 부과대상을 손금⋅필요경비로 인정되는 금액으로 명확화’하기 위한 것으로 나타난다.
＜표6＞ 증명서류 미수취 가산세 조문 개정내용
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,
(가) 먼저 쟁점①⋅②에 관하여 살피건대, 청구법인은 사업자가 아닌 자로부터 유류를 공급받아 부가가치세 매입세액이 발생한 사실이 없으므로 이를 손금불산입할 수 없고 지출증명서류 미수취 가산세를 부과대상이 아니라고 주장하나,
「법인세법」 제76조 제5항은 “납세지 관할 세무서장은 법인이 사업과 관련하여 ‘대통령령으로 정하는 사업자’로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각 호의 어느 하나에 따른 증명서류를 받지 아니하거나 사실과 다른 증명서류를 받은 경우에는 같은 항 단서를 적용받는 경우를 제외하고는 그 받지 아니한 금액 또는 사실과 다르게 받은 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다.”고 규정하고 있고, 이는 「법인세법」이 정한 증명서류를 수취하지 아니한 경우에는 비록 기타의 서류에 의해 비용지출이 인정되어 손금산입이 허용되더라도, 일정 비율로 별도의 지출증명서류 미수취 가산세를 부과한다는 취지이다. 또한 「법인세법 시행령」 제120조 제3항, 제158조 제1항은 위 법률조항에서 정한 ‘대통령령으로 정하는 사업자’를 ‘비영리법인 등을 제외한 법인’, ‘간이과세자 등을 제외한 「부가가치세법」 제3조에 따른 사업자’, ‘ 「소득세법」 제1조의2 제1항 제5호에 따른 사업자 등’을 말한다고 규정하고 있을 뿐, 「부가가치세법」 또는 「소득세법」에 따른 사업자등록을 한 사업자로 한정하고 있지 아니한 것으로 나타나는 바, 위와 같은 입법 취지와 「법인세법 시행령」 제120조 제3항, 제158조 제1항의 문언에 비추어 보면, 「법인세법」 제76조 제5항에서 정한 지출증명서류 미수취 가산세가 ‘「부가가치세법」 또는 「소득세법」에 따른 사업자등록’을 한 사업자에게서 재화 또는 용역을 공급받을 것을 부과요건으로 한다고 해석할 수 없다(대법원 2016.6.10. 선고 2015두60341 판결, 같은 뜻임) 할 것이다.
또한 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 부분의 거래가 가공거래임을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거로서의 가치는 쉽게 부인할 수 없는 것이다.
이 건의 경우, 청구법인의 대표이사 OOO처분청 문답서를 통해 유류 매출원가를 과다계상하고, OOO유류 판매업자로부터 2018년에 세금계산서를 수취하지 않고 무자료로 해상유 OOO(공급대가) 상당을 매입하였다고 시인한 바 있으며, 청구법인이 2015년 6월부터 2018.9.30.까지 공급받은 무자료 기름이 총 10,957,368리터를 초과하는 것으로 나타나는 점에 비추어 해상유 거래 구조, 그 거래 구조에서의 청구법인의 위치, 거래 횟수 및 규모 등을 종합하여 보면, 경험칙상 매입처들은 부가가치를 창출해 낼 수 있는 정도의 사업형태를 갖추고 계속적으로 반복적인 의사로 재화와 용역을 공급하는 자로 추정된다고 할 수 있어 그 매입처가 사업자가 아닌 개인이라고 보기는 어려운 점, 「부가가치세법」제29조 제7항에 따르면 ‘재화를 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다’고 규정되어 있는바, 이 건의 경우 사실관계에서 확인되는 바와 같이 부산항 외항이 아닌 내항에서 거래되는 유류는 「부가가치세법」상 과세거래에 해당하고, 그 대가로 수수한 금액에 부가가치세가 포함되어 있었다고 보아야 하는 것인 점 등에 비추어,
처분청에서 청구법인이 미등록 사업자로부터 불법으로 거래되는 해상유를 매입하면서 세금계산서를 수취하지 아니한 무자료 매입금액에 대한 부가가치세 상당액을 손금불산입하고, 「법인세법」제116조에서 규정하고 있는 지출증빙서류의 수취 및 보관의무를 위반하였다고 보아 이를 가산세 부과대상으로 한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
(나) 다음으로 쟁점③에 관하여 살피건대, 처분청은 지출증명서류 미수취 가산세의 부과 대상금액을 무자료거래 전체의 금액으로 보았으나,
「법인세법」제21조 제1호에 따라 부가가치세의 매입세액은 손금에 산입하지 아니하는 것으로서, 손금불산입되는 매입세액을 받지 아니하였다 하여 이에 대한 지출증명서류 미수취 가산세를 부과하는 것은 부당하다고 볼 수 있고, 그 가산세 부과대상인 ‘받지 아니한 금액 또는 사실과 다르게 받은 금액’은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입되는 금액을 의미한다고 보는 것이 타당해 보이는 점, 기획재정부도 ‘가산세 부과대상을 손금⋅필요경비로 인정되는 금액으로 명확화’하기 위하여 증명서류 미수취 가산세액을 “그 받지 아니한 금액의 100분의 2”에서 “그 받지 아니한 금액으로 손금에 산입하는 것이 인정되는 금액의 100분의 2”로 개정(2019.12.31. 법률 제16833호로 일부개정)한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 지출증명서류 미수취 가산세의 부과 대상금액을 그 받지 아니한 금액 중 손금에 산입되는 금액으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.
따라서 처분청에서 무자료 매입금액에 대한 지출증명서류 미수취 가산세의 대상금액을 부가가치세를 포함한 무자료 매입금액으로 본 것은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
＜별지＞ 관련 법령
제21조(세금과 공과금의 손금불산입) 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
1. 각 사업연도에 납부하였거나 납부할 법인세(제57조에 따른 외국법인세액을 포함한다) 또는 법인지방소득세와 각 세법에 규정된 의무 불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액(가산세를 포함한다) 및 부가가치세의 매입세액(부가가치세가 면제되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우의 세액은 제외한다)
2. 판매하지 아니한 제품에 대한 반출필의 개별소비세, 주세 또는 교통·에너지·환경세의 미납액. 다만, 제품가격에 그 세액상당액을 가산한 경우에는 예외로 한다.
3. 벌금, 과료(통고처분에 따른 벌금 또는 과료에 상당하는 금액을 포함한다), 과태료(과료와 과태금을 포함한다), 가산금 및 체납처분비
4. 법령에 따라 의무적으로 납부하는 것이 아닌 공과금
5. 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금
6. 연결모법인에 제76조의19 제2항에 따라 지급하였거나 지급할 금액
제76조(가산세) ⑤ 납세지 관할 세무서장은 법인(대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각 호의 어느 하나에 따른 증명서류를 받지 아니하거나 사실과 다른 증명서류를 받은 경우에는 같은 항 단서를 적용받는 경우를 제외하고는 그 받지 아니한 금액 또는 사실과 다르게 받은 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다.
제116조(지출증명서류의 수취 및 보관) ① 법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증명서류를 작성하거나 받아서 제60조에 따른 신고기한이 지난 날부터 5년간 보관하여야 한다. 다만, 제13조 제1호에 따라 각 사업연도 개시일 전 5년이 되는 날 이전에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금을 각 사업연도의 소득에서 공제하려는 법인은 해당 결손금이 발생한 사업연도의 증명서류를 공제되는 소득의 귀속사업연도의 제60조에 따른 신고기한부터 1년이 되는 날까지 보관하여야 한다.
② 제1항의 경우에 법인이 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화나 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류를 받아 보관하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 「여신전문금융업법」에 따른 신용카드 매출전표(신용카드와 유사한 것으로서 대통령령으로 정하는 것을 사용하여 거래하는 경우에는 그 증명서류를 포함한다. 이하 제117조에서 같다)
2. 현금영수증
3. 「부가가치세법」 제32조에 따른 세금계산서
4. 제121조 및 「소득세법」 제163조에 따른 계산서
③ 제2항을 적용할 때 법인이 같은 항 제3호의 세금계산서를 발급받지 못한 경우 「부가가치세법」 제34조의2 제2항에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하여 보관하면 제2항의 수취·보관 의무를 이행한 것으로 본다.
④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 증명서류의 수취·보관 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제120조(가산세의 적용) ③ 법 제76조 제5항 전단에서 "대통령령으로 정하는 사업자"란 제158조 제1항 각호의 사업자를 말한다.
제158조(지출증빙서류의 수취 및 보관) ① 법 제116조 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 사업자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자를 말한다.
1. 법인. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 법인을 제외한다.
가. 비영리법인(제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업과 관련된 부분은 제외한다)
나. 국가 및 지방자치단체
다. 금융보험업을 영위하는 법인( 「소득세법 시행령」 제208조의2 제1항 제3호의 규정에 의한 금융·보험용역을 제공하는 경우에 한한다)
라. 국내사업장이 없는 외국법인
2. 「부가가치세법」 제3조에 따른 사업자. 다만, 읍·면지역에 소재하는 「부가가치세법」 제61조에 따른 간이과세자로서 「여신전문금융업법」에 의한 신용카드가맹점(이하 "신용카드가맹점"이라 한다) 또는 「조세특례제한법」 제126조의3에 따른 현금영수증가맹점(이하 "현금영수증가맹점"이라 한다)이 아닌 사업자를 제외한다.
3. 「소득세법」 제1조의2 제1항 제5호에 따른 사업자 및 같은 법 제119조 제3호 및 제5호에 따른 소득이 있는 비거주자. 다만, 같은 법 제120조에 따른 국내사업장이 없는 비거주자를 제외한다.
제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
3. "사업자"란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말한다.
제29조(과세표준) ⑦ 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다.
제31조(거래징수) 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제29조 제1항에 따른 공급가액에 제30조에 따른 세율을 적용하여 계산한 부가가치세를 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 징수하여야 한다.
제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
3. 공급가액과 부가가치세액
4. 작성 연월일
5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항
제33조(세금계산서 발급의무의 면제 등) ① 제32조에도 불구하고 세금계산서(전자세금계산서를 포함한다. 이하 같다)를 발급하기 어렵거나 세금계산서의 발급이 불필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 세금계산서를 발급하지 아니할 수 있다.
② 제32조에도 불구하고 대통령령으로 정하는 사업자가 제46조 제1항에 따른 신용카드매출전표등을 발급한 경우에는 세금계산서를 발급하지 아니한다.
제34조(세금계산서 발급시기) ① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.
제34조의2(매입자발행세금계산서에 따른 매입세액 공제 특례) ① 제32조에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자(이하 이 항에서 "사업자"라 한다)가 재화 또는 용역을 공급하고 제34조에 따른 세금계산서 발급 시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우(사업자의 부도ㆍ폐업 등으로 사업자가 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서를 발급하지 아니한 경우를 포함한다) 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서를 발행할 수 있다.
② 제1항에 따른 세금계산서(이하 "매입자발행세금계산서"라 한다)에 기재된 부가가치세액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 제37조, 제38조 및 제63조 제3항에 따른 공제를 받을 수 있는 매입세액으로 본다.
③ 제1항 및 제2항에서 정한 사항 외에 매입자발행세금계산서의 발급 대상 및 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제71조(세금계산서 발급의무의 면제 등) ① 법 제33조 제1항에서 "세금계산서를 발급하기 어렵거나 세금계산서의 발급이 불필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역을 공급하는 경우를 말한다.
1. 택시운송 사업자, 노점 또는 행상을 하는 사람, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 사업자가 공급하는 재화 또는 용역
2. 소매업 또는 미용, 욕탕 및 유사 서비스업을 경영하는 자가 공급하는 재화 또는 용역. 다만, 소매업의 경우에는 공급받는 자가 세금계산서 발급을 요구하지 아니하는 경우로 한정한다.
3. 법 제10조 제1항, 제2항 및 제4항부터 제6항까지의 규정에 따른 재화
4. 법 제21조(제31조 제1항 제5호에 따른 원료, 같은 조 제2항 제1호에 따른 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화와 같은 항 제2호부터 제4호까지의 규정에 따른 한국국제협력단, 한국국제보건의료재단 및 대한적십자사에 공급하는 재화는 제외한다), 제22조 및 제23조(공급받는 자가 국내에 사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인인 경우와 법 제23조 제2항에 따른 외국항행용역으로서 항공기의 외국항행용역 및 「항공사업법」에 따른 상업서류 송달용역으로 한정한다)에 따른 재화 또는 용역
5. 제33조 제2항 제1호, 제2호, 제5호(공급받는 자가 국내에 사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인인 경우로 한정한다), 제6호 및 제7호(일반여행업자인 경우로 한정한다)에 따른 재화 또는 용역과 법 제24조 제1항 제1호에 따른 외교공관등에 공급하는 재화 또는 용역
6. 부동산 임대용역 중 제65조 제1항 및 제2항이 적용되는 부분
7. 「전자서명법」 제2조 제10호에 따른 공인인증기관이 같은 법 제15조에 따라 공인인증서를 발급하는 용역. 다만, 공급받는 자가 사업자로서 세금계산서 발급을 요구하는 경우는 제외한다.
8. 법 제53조의2 제3항에 따라 간편사업자등록을 한 사업자가 국내에 공급하는 전자적 용역
9. 그 밖에 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인에 공급하는 재화 또는 용역. 다만, 그 비거주자 또는 외국법인이 해당 외국의 개인사업자 또는 법인사업자임을 증명하는 서류를 제시하고 세금계산서 발급을 요구하는 경우는 제외한다.
② 법 제33조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 사업자"란 제88조 제5항에 따른 일반과세자를 말한다.