신축주택 취득하고 5년이 경과한 후 양도하는 경우, 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득을 과세소득에서 차감하여 과세표준 및 세액을 계산하여야 한다는 청구주장의 당부 (쟁점3 관련)

OOO세무서장이 2012.6.11. 청구인에게 한 2008년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 OOOOO OOO OOOOOOOOOO 101동 1606호 양도소득 중 「조세특례제한법」제99조 제1항에 따른 양도소득세 감면대상 소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가.청구인은 1988.8.20. OOO 소재 재건축사업이진행 중이던 조합원입주권(이하 “종전주택”이라 한다)을 매매로 취득하고 종전주택이 재건축되어 1999.4.24. 준공되었으며, 청구인은 재건축한 OOO아파트 101동 1606호(이하 “신축주택”이라고 한다)를 분양받아 보유하다가 2008.4.28. 양도하고, 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3 규정을 적용하여 신축주택취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 감면대상으로 보아 2008.4.30.양도소득과세표준 예정신고하였다.

나.처분청은 조특법 제99조의3(신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)에 의한 감면소득 중 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 2012.6.11. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2012.8.3. 이의신청을 거쳐 2012.11.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1)신축주택 취득일부터 5년 경과 후 양도하는 경우 조특법 제99조의3 제1항에서준용하는 같은 법 시행령 제40조제1항의 계산산식은 <표1>과 같으며, 동산식에서 취득당시 또는 취득일은 신축주택 준공일(서면인터넷방문상담4팀 2109-2005.11.8)이고 취득당시의 기준시가는 분자·분모가 동일한의미로 해석되며 청구인은 처분청의 해석내용에 따라예정신고를 하였는 바, 처분청에서 2011년 변경된 해석에 의하여 양도소득세를경정결정하는 것은 소급과세금지의 원칙 및 신의성실의 원칙에 반하는 납세자의 권익을 침해하는 부당한 처분이다.

<표1>계산산식

양도소득금액	×	( 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가 )
( 양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가 )

(2)신축주택 취득일로부터 5년 경과 후에 양도하는 경우 감면은 소득금액 차감방식으로 산정하여야 하며,납세자가 당초 처분청의 해석에 따라 양도소득세를 신고·납부한 후처분청이 조세감면 계산방식에 관한 견해를 바꾸어 감면비율을 다시 정함으로써추가로 양도소득세를 증액 경정한 경우, 증액부분에 대하여 납부불성실가산세를부과하는 것은 청구인에게 납부의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에해당하고 납세자의 귀책사유가 아니므로 「국세기본법」제15조 및 제18조 규정의세법해석 적용원칙 및 신의성실 원칙에 반하는 것으로 부당하며 납세자가 당초 처분청의 해석에 따라 양도소득세를 신고·납부한 후처분청이 조세감면 계산방식에 관한 견해를 바꾸어 감면비율을 다시 정함으로써추가로 양도소득세를 증액 경정한 경우, 증액부분에 대하여 납부불성실가산세를부과하는 것은 부당한 처분이다.

(3) 설사, 처분청이 2011년 이후 변경된 해석(예규)에 의하여 「조세특례법시행령」 제40조 제1항의 감면소득 계산식에서 분모의 취득당시 기준시가를 달리 산정하더라도신축주택 취득일부터 5년 경과 후 양도하는 경우의 감면소득금액 계산은 소득금액 차감 방식으로 산정하여야 한다(대법원 2010두3725, 2012.6.28.).

나. 처분청 의견

(1)국세청의 예규(서면인터넷상담4팀-2109., 2005.11.8.)는종전주택을 재건축한 상황에 대한 상정 없이 단순히 신축주택취득자에대한 감면을 규정하고 있어 동 예규에서“취득당시”와 “취득일”을달리보지 않고 “사용승인일”로 본 것은 국세청의 해석에 오류가 없으며, 조특법 제99조의 제1항의의미를 살펴보면, 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지 발생한 양도소득금액을 100% 감면한다는 의미가 아니라 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 100% 감면한다는 의미이므로 종전주택보유자가 재건축 후 양도한 경우 감면소득금액을 계산함에 있어 분모의 “취득당시 기준시가”를 “종전주택기준시가”로 보아 감면소득금액을 계산하여야 함에도 불구하고 청구인은분모·분자의“취득당시 기준시가”를 “신축주택의 취득당시 기준시가”로 해석하여 100% 감면신고한 것은 법률의 해석 및 적용을잘못한 것으로 판단되므로 당초처분은정당하다.

(2) 처분청의 과세처분은종전해석을 달리하여양도소득세를 증액결정한 경우가 아니라 청구인이 법률의 해석및 적용을 잘못한 사항에 대하여 증액결정한 것이므로증액부분에 대하여 납부불성실가산세를 부과한처분은 신의성실원칙에 위배되지 아니하는 적법한 결정이다.

(3) 대법원판례(대법원 2010두3725, 2012.6.28.)는 사법해석으로 당해 사건에 대하여만 구속력이 있는 것으로서 해당 판결 이후 현재까지 기획재정부의 해석 변경은 없으므로 기존 예규(기획재정부 재산세제과-617, 2009.3.27.)에 따라 과세한 당초처분은 정당한 것으로 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1)조특법 제99의3에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상 여부 판단시 변경된 국세청 예규(부동산관리과-127, 2011.2.10.)를 적용하여 과세하는 것이 소급과세인지 여부.

(2)납부불성실가산세 적용이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부

(3) 신축주택 취득일로부터 5년 경과 후에 양도하는 경우 감면은 소득금액 차감방식으로 계산하는 것이 타당한지 여부

나. 관련법률

(1)조세특례제한법

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 「소득세법」제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간중에 주택건설업자와 최초로매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택

2.자기가 건설한 신축주택의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

(2)조세특례제한법 시행령

제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한양도소득세의 감면 등】

①법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간발생한 양도소득금액"이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인은1988.8.20.종전주택을취득하여보유하던 중 재건축으로 인해1999.4.24.신축주택을취득하여 보유하다가2008.4.28.양도하고실지거래가액으로 양도차익을 계산한 후 조특법 제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여2008.4.30.양도소득세를 감면신청하였고, 처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용에 대하여 조특법 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)에의한 감면소득 중 종전주택의 취득일로부터 신축주택취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아이 건 양도소득세를 과세하였다.

(나)청구인은1988.8.20.종전주택을 취득하였고, 종전주택 멸실 후1999.4.24.신축주택(아파트)을 취득하였으며, 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날은 2004.4.23.이고, 신축주택을 2008.4.28. 양도한 사실이 등기부등본 등에 의하여 확인된다.

(다)종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)는 「조세특례제한법」제99조 제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제1항에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 「소득세법 시행령」제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것으로 해석하고 있으며, 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)는 종전주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유하다가 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일 : 2001.11.7.)한 경우 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 되어 있다.

(라) 살피건대, 청구인은처분청이 양도소득세 과세처분 과정에서 적용한 감면소득금액 산출방법은분모와 분자의 취득시 기준시가를 각각 달리 해석하여 분자의 취득당시기준시가는 건물취득당시의 기준시가로, 분모의 취득당시 기준시가는 토지 취득당시 기준시가로하여 과세하였는바, 양도일이후 생성된 2009년도의 새로운 예규를 소급하여 적용하는 것은 신의성실의 원칙에 위배된다고주장하나, 「조세특례제한법」제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에 의하면,신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2010서2935. 같은 뜻).

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

청구인은 납세자가 당초 처분청의 해석에 따라 양도소득세를 신고·납부한 후처분청이 조세감면 계산방식에 관한 견해를 바꾸어 감면비율을 다시 정함으로써추가로 양도소득세를 증액 경정한 경우, 증액부분에 대하여 납부불성실가산세를부과하는 것은 「국세기본법」제15조 및 제18조 규정의세법해석의 적용원칙 및 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하나, 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에서 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확히 답변하고 있지 않은 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 세법해석의 적용원칙 또는 신의성실의 원칙을 위배하였다고 보기는 어려운 것으로 판단된다(조심 2010서2935(2011.6.30., 같은 뜻).

(3) 쟁점③에 대하여 살펴본다.

살피건대, 조특법 및 그 시행령에서는 세액의 감면뿐만 아니라 소득공제 등 다양한 형태의 조세특례를 규정하고 있는데, 조특법 제99조는 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 조특법 제99조의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기 어려운 점, 그리고 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합하여 보면, 조특법 제99조에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 하고, 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 마찬가지로 그 양도소득금액에 대한 세액을 감면하는 방법으로 산정할 것은 아니다 할 것이다(조심 2012서5133, 2013.2.5., 대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결 참조).

따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 아래 <표2>와 같이 처분청이 계산한 양도소득세 감면대상 소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

OOOOOOOOOOOOOO

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.