신축주택 취득자에 대한 양도소득세 특례의 적용범위

가. 청구인은 1996.12.28. OOO원에 취득한 OOO(이하 “쟁점종전주택”이라 한다)를 OOO주공아파트주택재건축조합(이하 “재건축조합”이라 한다)에 이전한 후, 2000.9.6. 관리처분계획인가결정에 따라 재건축조합에 분담금OOO을 납부하고 취득한 같은 곳 소재 OOO(2004.9.30. 사용승인, 이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 2009.7.3. OOO원에 양도한 후, 쟁점종전주택 취득일부터 쟁점신축주택 양도일까지 발생된 양도소득금액 OOO원에 대하여 「조세특례제한법」 제99조의3의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례를 적용하여 2009.8.3. 2009년 귀속 양도소득세를 0원으로 신고하였다.

나. 처분청은 쟁점종전주택의 취득일로부터 쟁점신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」 제99조의3의 감면대상이 아니라고 보고 당초 감면소득금액에서 차감하여 2011.10.13. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.1.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

① 「소득세법」 제88조 제2항에 따라 법률에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 ‘체비지’로 충당되는 경우에는 양도로 보지 아니하는 것인바, 재건축조합이 재건축을 시행하여 조합원의 지분이 감소되는 종전주택 부속토지는 재건축사업의 체비지로 충당되는 것이므로 양도소득세 과세대상이 아니며, ② 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항에서는 종전주택을 소유하다가 재건축사업을 통하여 신축주택을 취득하게 된 자가 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항 소정의 산식에 의하여 산출하여 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하도록 하였으나, 청구인과 같이 신축주택 취득일로부터 5년이내에 양도하여 신축주택에 대한 양도소득 전부가 감면대상 양도소득금액인 경우에 대하여는 감면 대상 양도소득을 산출하기 위하여 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항을 적용할 여지가 없고, ③ 처분청과 같이 종전주택과 신축주택의 양도소득을 합산하여 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항을 적용할 것이 아니라 「소득세법 시행령」 제166조에서 재건축조합원이 재건축사업으로 취득한 신축주택을 양도하는 경우 관리처분계획인가일 전과 후의 양도소득을 구분하여 계산하도록 정하고 있는 바와 같이 이 건의 경우도 종전주택과 신축주택의 양도소득을 각 산출하여 신축주택의 양도소득에 대하여 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항을 적용하여야 하며, 신축주택의 실질적인 취득가액은 관리처분계획인가일기준 종전주택 평가액과 추가부담금의 합계액이 된다고 보는 것이 관리처분계획인가일 이후 입주권을 취득한 조합원이나 일반분양을 받은 자와의 사이에 과세특례가 적용되는 신축주택의 양도소득금액에 있어서 차이가 없게 되어 공평과세에 부합한다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」 제99조의3의 입법취지 및 법문의 내용을 엄격히 해석한다면 신축주택의 취득으로 인하여 발생되는 소득에 대해서만 양도소득세의 감면을 인정한다는 것인바, 청구인이 신고한 감면소득 중 쟁점종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액은 「조세특례제한법」 제99조의3에 의한 양도소득세 감면대상에 해당하지 아니한다고 보아야 하는 것이며, 신축주택 취득(사용승인일) 후 양도소득금액으로서 감면대상소득금액은 「조세특례제한법 시행령」 제99조의3 제2항, 제40조 제1항의 규정에 의하여 계산한 금액이 되는 것이므로 관리처분계획인가일 전·후의 양도차익을 구분계산하고 있는 「소득세법 시행령」 제166조 제2항의 규정에 따라 계산한 관리처분계획인가 후의 소득이 감면대상 소득이라는 주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

조합원이 재건축조합으로부터 분양받은 신축주택을 취득일로부터 5년 이내에 양도한 경우, 「조세특례제한법」 제99조의3에 의하여 양도소득세가 감면되는 양도소득금액

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 해당 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 해당 신축주택이 「소득세법」 제89조제1항제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 ] ② 법 제99조의3제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의3제1항제1호에서 "대통령령이 정하는 주택"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

2. 조합원(「도시 및 주거환경정비법」 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 「주택법」 제16조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

⑥ 제99조제4항의 규정은 법 제99조의3제3항의 규정에 의한 양도소득세의 감면신청에 관하여 이를 준용한다.

제40조 [구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등] ① 법 제43조제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 「소득세법」 제95조제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」 제99조제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

양도소득금액	×	취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가
양도 당시의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가

(3) 소득세법 제88조 [양도의 정의] ②「도시개발법」기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 제1항에서 규정하는 양도로 보지 아니한다.

(4) 소득세법시행령 제166조 [양도차익의 산정 등] ① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조제1항제2호 및 제4호에 따른 필요경비](이하 이 조에서 "관리처분계획인가후양도차익"이라 한다) ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조제1항제2호 및 제4호 또는 제163조제6항에 따른 필요경비](이하 이 조에서 "관리처분계획인가전 양도차익"이라 한다)

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

[관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 "청산금납부분양도차익"이라 한다) + {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 "기존건물분양도차익"이라 한다)

다. 사실관계 및 판단

(1) 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항 제1호, 같은 법 시행령 제99조의3 제3항 제2호는 “「도시 및 주거환경정비법」제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 현재의 조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로, 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다”는 취지로 규정하였고, 같은 시행령 제99조의3 제2항은 “당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다”고 규정하였으며, 같은 시행령 제40조 제1항은 아래와 같은 산식에 의하여 양도소득금액을 산정하도록 규정하였다.

양도소득금액	×	취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가
양도 당시의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가

(2) 신축주택을 취득일로부터 5년 이내에 양도한 경우 양도소득세가 감면되는 양도소득의 범위에 대하여 살피건대, 「조세특례제한법」 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인바, 구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」 제99조의3에 따른 감면대상 양도소득에 해당하지 아니한다 할 것이고, 「조세특례제한법 시행령」 제99조의3 제2항은 「조세특례제한법」제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있고, 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항에서 규정하고 있는 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘구주택의 취득당시 기준시가’를 말한다고 봄이 합리적이라고 판단된다(조심 2010서3102, 2011.8.9. 같은 뜻임).

(3) 따라서, 쟁점신축주택을 양도함에 따른 감면대상 양도소득세는 쟁점신축주택의 취득일로부터 양도일까지 발생한 양도소득금액만을 대상으로 하여야 하고, 동 양도소득금액은 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항에 따라 산정함이 타당하다 할 것인바, 이러한 법리에 따라 이루어진 이 건 과세처분은 정당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.