국심1996중1656 (1990.12.14)

법인

경정

실제로 고유목적사업에 부동산의 처분대금을 지출하였으므로 비록 쟁점양도차익을 비영리사업회계로 전출하는 회계절차를 거치지 않았더라도 이를 고유목적사업에 지출한 기부금으로 보아 1991사업년도에 손금산입하는 것이 실질과세원칙에 보다 충실한 처분임

조세감면규제법 제49조【의제배당소득에 대한 소득세등의 비과세】

국심1995서33O3

성동세무서장이 1995.11.16 청구법인에게 한 1991.3.1～1992.2.29 사업년도분 법인세 1,O95,931,820원의 부과처분은 3,036,233,0O0원을 OO대학교에 기부금으로 지출한 것으로 보아 이를 손금에 산입하여 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 원처분개요

청구법인은 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인으로서 1983.6.30 서울특별시 성동구 OO동 OOOOOOO외 1필지 대지 2,O9O㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 교육용 기본재산(교지)으로 취득하여 임대하여 오던 중 1992.1.23 서울특별시에 3,235,351,500원에 양도(수용)하고 그 대금을 비영리사업회계에 수입계상하였다.

처분청은 쟁점부동산을 수익사업용 자산으로 보아 그 양도차익 3,036,233,0O0원(이하 “쟁점양도차익”이라 한다)을 청구법인의 수익사업회계에 수입계상 누락하였다 하여 1991.3.1～1992.2.29 사업년도(이하 “1991사업년도”라 한다) 법인세조사시 쟁점양도차익과 기타 손금불산입액 3O9,84O,54O원 합계 3,416,080,61O원을 익금산입 및 손금불산입하여 1995.11.16 청구법인에게 1991사업년도분 법인세 1,O95,931,820원을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1996.1.12 심사청구를 거쳐 1996.5.14 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

(1) 쟁점부동산은 교육용 기본재산(교지)으로 취득하여 관리해 오던 중 서울특별시에 수용당하였는 바, 수익사업용 자산에 해당되지 아니하므로 동 양도대금은 수익사업회계에 수입계상할 필요가 없다.

(2) 쟁점부동산이 수익사업용 자산에 해당된다 하더라도 쟁점부동산 처분대금을 비영리사업회계에 수입계상하였고 학교시설비로 사용하였으므로 조세감면규제법 제49조 제3항의 “법인이 운영하는 학교의 학교교육을 위하여 지출하는 기부금”으로 보아 쟁점양도차익을 손금에 산입하여야 한다.

나. 국세청장 의견

(1) 쟁점부동산중 OO동 OOOOOOO는 청구법인이 1984.3.19부터 OO건재(사업자등록번호: OOOOOOOOOOOO) OOO에게 임대하였으며 임차인이 벽돌공장으로 사용하였다. 또한 같은곳 OOOOOOO는 198㎡중 약½을 OOOOO OOO에게 지렁이 양식장으로 임대한 것으로 확인되고 있으며 청구인도 이에 대하여는 다툼이 없다. 쟁점부동산이 수익사업용 자산인지 여부의 판단은 법인세법의 규정에 따라 판단하여야 할 것인 바, 쟁점부동산은 학교법인의 교육용 기본재산(교지)으로 등록되었다 하더라도 사실상 부동산 임대사업에 사용되었기 때문에 수익사업에 사용한 부동산으로 판단되므로 처분청이 쟁점양도차익을 익금가산한 처분은 달리 잘못이 없다.

(2) 청구법인은 쟁점부동산이 수익사업용 자산에 해당된다 하더라도 동 부동산 양도차익을 교육목적사업에 사용하였으므로 손금에 산입하여야 한다고 주장하나, 청구법인이 쟁점양도차익의 지출내역등을 구분기장하지 않았고 학교교육을 위하여 지출하였는지 여부가 확인되지 아니하므로 쟁점양도차익에 대하여 과세함이 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

이 건 심판청구는 쟁점양도차익을 “수익사업 또는 수입에서 생긴 소득”으로 보아 법인세를 과세할 수 있는지 여부(쟁점1)와 쟁점양도차익을 수익사업회계에 수입계상하지 아니하고 비영리사업회계에 직접 수입계상한 경우 고유목적에 기부금을 지출한 것으로 보아 손금에 산입할 수 있는지 여부(쟁점2)를 가리는데 있다.

나. 쟁점1에 대하여 살펴본다.

(1) 관련법령

법인세법(1990.12.31 법률 제4282호로 개정된 것) 제1조 제1항 단서에서 민법제32조&public_ilja=&public_no=&dem_no=1996중1656&dem_ilja=19901201&chk2=1" target="_blank">「내국법인으로서 민법 제32조 또는 사립학교법 제10조의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조의 규정에 의한 법인과 유사한 설립목적을 가진 법인(이하 “비영리내국법인”이라 한다)에 대하여는 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 다음 각호에 게기하는 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 부과한다」라고 규정하면서 그 제6호에 「고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인한 수입」을 규정하고 있고, 같은법 시행령 제2조 제2항에서 「법 제1조 제1항 제6호에서 “고유목적사업에 직접 사용하는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 부동산의 양도일 현재 2년이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(법 제1조 제1항 제1호·제2호 및 제O호의 규정에 의한 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 부동산을 말한다」라고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단

위 법인세법의 규정에 의하면 부동산의 양도일 현재 2년이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 부동산의 처분으로 인한 수입에 대하여는 법인세를 부과하도록 하고 있는 바, 청구법인의 경우 쟁점부동산을 1983.6.30 취득하여 1992.1.23 양도시까지 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하고 임대한 사실이 확인되며 이에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

따라서 청구법인이 비록 쟁점부동산을 교육용 기본재산으로 취득하였다 하더라도 양도일 현재 2년이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하고 처분했으므로 쟁점부동산의 양도차익은 법인세 과세대상이 된다 하겠다.

다. 쟁점2에 대하여 살펴본다.

(1) 관련법령

조세감면규제법(1991.12.2O 법률 제4451호로 개정된 것) 제49조 제3항에서는 「 사립학교법 제10조의 규정에 의하여 설립된 학교법인 또는 사회복지사업법 제O조의 규정에 의하여 설립된 사회복지법인이 당해 수익사업에서 발생한 소득을 그 법인이 운영하는 학교의 학교교육 또는 사회복지사업을 위하여 지출하는 기부금은 당해 사업년도의 소득금액 계산에 있어서 이월결손금을 차감한 후의 소득금액의 범위 안에서 이를 손금에 산입할 수 있다」고 규정하고 있고,

법인세법 시행령 제2조 제4항에서 「비영리내국법인이 수익사업을 영위하거나 수입이 있을 때에는 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업 또는 수입의 원천(이하 “수익사업”이라 한다)에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업(이하 “비영리사업”이라 한다)에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. 이 경우에 수익사업과 비영리사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다」고 규정하고 있으며, 같은법 시행규칙 제24조 제1항에서 「영 제2조 제4항과 영 제4조에 규정하는 경리의 구분은 당해 각 규정에 의하여 구분하여야 할 사업 또는 수입별로 익금과 손금을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하는 것으로 한다. 다만, 각 사업 또는 수입에 공통되는 익금과 손금은 예외로 한다」고 규정하고 있다.

한편, 사립학교법 제28조 제1항에서는 「학교법인이 그 기본재산을 매도·증여·교환 또는 용도변경하거나 담보에 제공하고자 할 때 또는 의무의 부담이나 권리의 포기를 하고자 할 때에는 관할청의 허가를 받아야 한다」고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제11조 제1항에서 「법 제28조 제1항의 규정에 의한 학교법인의 기본재산의 매도·증여 또는 교환에 관한 허가신청서에는 처분재산명세서, 감정평가서, 이사회회의록사본, 교환재산 또는 처분대금의 처리에 관한 사항을 기재한 서류를 첨부하여야 한다」고 규정하고 있으며, 같은법 제O3조에서는 법 제28조의 규정에 위반할 때에는 1년이하의 징역 또는 100만원 이하의 벌금에 처한다는 벌칙규정을 두고 있다.

(2) 사실관계 및 판단

① 청구법인은 1983.6.30 쟁점부동산을 취득하여 월 250,000원씩 받고 임대하던 중 서울특별시에 OO동 배수펌프장 용지로 수용당하였는 바, 1992.1.13자 교육부장관의 교육용 기본재산 용도변경 및 처분허가서를 보면 처분금액은 3,235,351,500원으로 하고 처분금의 용도는 청구법인의 교육용 기본재산 매입비(학교인접 주변교지매입비)로 전출하도록 허가하였음이 교육부 대재 25423-12(1992.1.13)호 공문에 의하여 확인되고 있고, 쟁점부동산의 처분대금은 OO대학교 시설비로 1992.8.24 1,OO1,900,000원, 1992.10.23 20O,000,000원, 1993.2.5 1,256,451,500원이 전출되었음이 청구법인이 교육부장관에게 보고한 「수익용 기본재산 처분결과 보고」및 청구법인의 지불결의서, OO대학교 총장의 영수증등에 의하여 확인되고 있다.

② 학교법인의 회계는 사립학교법에서 교비회계와 부속병원회계를 학교회계로, 법인일반업무회계와 수익사업회계를 법인회계로 구분하고 있고, 법인세법에서는 수익사업회계와 비영리사업회계로 구분하여 경리하도록 규정하고 있는 바, 청구법인은 부속병원회계와 법인수익사업회계를 수익사업회계로, 교비회계와 법인 일반업무회계를 비영리사업회계로 구분하여 경리하고 있으나 쟁점부동산에 대하여는 당초 취득시 교육용 기본재산으로 분류하였으며, 그에 따라 쟁점부동산의 처분수입 및 임대료수입을 비영리사업회계(교비회계)에 수입계상하였음이 청구법인이 제출한 결산서에 의하여 확인되고 있다.

③ 조세감면규제법 제49조 제3항의 규정에 의거 학교법인이 수익사업에서 발생한 소득을 그 법인이 운영하는 학교의 학교교육에 지출하는 기부금으로 인정받기 위해서는 그 소득을 비영리사업회계로 전출하는 회계처리를 하여야 할 것인 바, 이는 기부금의 지출이라는 것이 고유목적사업에의 사용을 보장하는 것은 아니더라도 수익사업 또는 수입에서 발생한 소득이 장차 고유목적사업에 사용될 수 있도록 강제하는 기능을 하기 때문이라고 판단된다(국심 95서33O3, 1996.O.5도 같은뜻임).

위와 같은 취지에 비추어 보면 청구법인이 학교교육에 지출한 기부금에 대하여 손금으로 인정받기 위하여는 원칙적으로 수익사업 또는 수입에서 발생하는 소득을 수익사업회계의 익금에 산입한 후 비영리사업회계로 전출하는 회계처리를 하였어야 하나 그러한 회계처리를 하지 않았더라도 그 소득이 고유목적사업에 사용되는 것을 더욱 보장하는 정황이 존재한다면 이를 고유목적사업에 지출한 기부금으로 보아 손금산입을 인정해 주는 것이 실질과세원칙에 보다 부합된다고 판단된다.

④ 살피건대, 학교법인의 경우 사립학교법에 의하여 엄격한 감독을 받고 있고, 특히 교육용 기본재산의 취득과 처분에 관하여는 관할청의 허가를 받도록 되어 있으며 이와 같은 사항을 위반할 경우에는 징역 또는 벌금등 형벌에 처할 수 있도록 벌칙규정을 두고 있어 학교법인이 교육용 기본재산의 처분대금을 고유목적사업 이외의 타용도에 사용한다는 것은 사실상 불가능하다 할 것인 바, 청구법인의 경우도 교육용 기본재산인 쟁점부동산을 처분시 감독관청인 교육부장관의 허가를 받았으며 처분대금도 청구법인이 운영하는 OO대학교의 시설비로 전출하였음이 확인되고 있다.

⑤ 이상을 종합해 보면, 쟁점부동산의 처분수입에서 생긴 쟁점양도차익에 대하여는 이를 수익사업회계의 익금에 산입하고 비영리사업회계인 대학교 시설비로 전출시 고유목적사업에 지출한 기부금으로 손금에 산입하는 회계처리 절차를 밟아야 하나 청구법인의 경우 쟁점부동산을 교육용 기본재산으로 취득하여 비영리사업회계에 자산으로 계상한 관계로 쟁점부동산의 처분수입도 부득이 비영리사업회계에 직접 수입계상하였으며 쟁점부동산의 처분대금을 고유목적사업에 사용할 것을 보장하는 객관적 정황이 존재하고 교육부장관의 허가를 받는등 고유목적사업으로 전출하기로 의사결정을 한 뒤 실제로 고유목적사업에 쟁점부동산의 처분대금을 지출하였으므로 비록 쟁점양도차익을 비영리사업회계로 전출하는 회계절차를 거치지 않았더라도 이를 고유목적사업에 지출한 기부금으로 보아 1991사업년도에 손금산입하는 것이 실질과세원칙에 보다 충실한 처분이라 하겠다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.