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기각
청구법인이 쟁점토지를 고유목적 사업에 직접 사용하였는지 여부
조세심판원 조세심판 | 조심2014지2162 | 지방 | 2015-03-27
[사건번호]

[사건번호]조심2014지2162 (2015.03.27)

[세목]

[세목]취득[결정유형]기각

[결정요지]

[결정요지]청구법인이 제출한 목적사업 관련 연구보고서는 별도의 제목이나 작성자가 없고 학술자료로 등재된 기록이 없는 점, 쟁점토지는 자연림 상태의 임야로서 물연구를 위한 집수구역으로 적정하지 아니한 점 등에 비추어 쟁점토지가 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용되었다고 보기 어려움

[관련법령]
[참조결정]

[참조결정]조심2012지0200

[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2012.5.30. 주OOO가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면신청을 하여 취득세 등을 감면받았다.

나. 처분청은 OOO을 2014.7.25. 부과고지 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.10.20. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

(1) 「지방세특례제한법」제94조는 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니한 경우 면제된 취득세 등을 추징하도록 하고 있는데, 이 때 "고유업무에 직접 사용"의 의미는 형식적으로 드러난 정관, 사업계획서 등만으로 판단하는 것이 아니고 당해 학술연구단체 등의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 하는 것이다(대법98두12949, 1999.10.8., 조심 2012지200, 2012.4.16.).

(2) 청구법인은 정관상 목적사업인 물자원 관련 연구를 위하여2012년 5월부터 10개월간수문해석, 관리, 설계 등에 기본적으로 필요한 요소인 기상, 강수량, 증발산량, 유량 및 토양수분량 등과 같은기초 수문자료를 측정 및 분석하여 연구를 수행하였으며, 연구활동과 별도로연구의 원활한 진행을 위하여 이 건 토지 내에 탐방로를 건설하였다.

1차년도(2012년 5월~2013년 4월)에는 현지답사, 측량조사, 실내·외 토양조사 및 실험을 통해 이 건 토지의 지형, 임상, 토양 및 토지이용 특성을 파악하였고, 2012년 10월에 토지내 각 구역별 8개 지점에 전도형 우량계, 수관통과우량계, 온도계, 수위계, 초음파 유속계, TDR(Time Domain Reflectometry), 적설계 등의 관측장비를 설치하여 강수량, 기온, 하천수 수위 및 유속, 토양수분량 등의 수문기상자료를 수집·분석하였으며, 이러한 일련의 연구과정을 통하여 ‘1차년도 시험유역 운영 및 구축(WERI 2013-001)’ 보고서를 발간하였다.

2차년도(2013년 5월~2014년 4월)에는 중점추진기술분야 중 ‘시험유역 구축 및 운영’뿐 아니라 ‘강우·유출 모델개발’과 관련하여 1차년도부터 누적된 수문기상자료를 토대로 홍수예보에 활용된 기존 수문모델에 대한 검토 및 활용성을 평가하였고, 또한 ‘돌발홍수 해석 및 기술개발’과 관련하여 국내·외 기술동향 조사, 문제점 분석 및 개선안 도출을통해 국내 실정에 적합한 돌발홍수 모델링 기술을 개발하였으며, 시험유역 구축 및 운영과 관련하여 2차년도에는 1차년도 중 이 건 토지에 설치한 관측장비를 통하여 수문기상자료를 지속적으로 관측 및 수집하였고, 향후 시험유역 운영 및 구축자료 관리체계 구축, 시험유역의 기상/수문/수리학적 특성분석을 위하여 지속적으로 실시간 자료 관측 및 수집을 수행할 것이다.

(3) 처분청에서는 청구법인의 토지사용 현황을 정관 기재내용 그대로 이 건 토지를 임대사업에 사용하고 있는 것으로 판단하였으나, 청구법인의 정관에 기재된 기본재산의 임대 문구는 법인 최초 설립 시 참고하였던 비영리재단법인 표준정관 등에 기재된 것으로 특별한 사용 목적이 있어 기재한 문구가 아니고, 단지 업무담당자가 추후 정관 수정 소요 발생에 대비하여 업무편의를 위하고자 하였던 것으로 이 건 토지는 정관에 기재된 목적사업인 물자원 연구에만 직접 사용하였으며, 목적사업 경비를 충당하는데 있어 임대수익금이 활용될 수 있다는 문구는 담당자의 업무 미숙에서 기인한 것일 뿐 청구법인의 실제 토지사용현황과는 다른 것이다.

(4) 따라서 이 건 토지는 실제 연구 목적으로 사용하고 있고, 구체적으로시험유역 구축 및 운영을 통한 시험유역내 수문기상자료 관측 및 수집이 단계별 추진계획에 의거 수행되고 있는바, 처분청이 이 건 토지가 취득시부터 현재까지연구활동에 직접 사용되지 않았다고 보아 취득세 등 감면세액을 추징한 처분은 부당하다.

나.처분청 의견

(1) 「지방세특례제한법」제45조 제1항에서 대통령령으로 정하는 학술연구단체·장학단체·과학기술진흥단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2015년 12월 31일까지 면제한다고 하고, 같은 법 제94조에서 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있으며, 여기서 당해 부동산을 ‘그 고유업무에 직접 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 학술연구단체 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고 그 범위는 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2002.4.26. 선고 2000두3238 판결, 2002.10.11. 선고 2001두878판결 등 참조).

(2) 청구법인의 설립허가증과 법인정관에 따르면 청구법인은 물산업, 경제 관련 포럼 및 관련 세미나 개최, 우리나라 하천과 댐을 비롯한 가용 물 자원의 확보와 관리에 대한 연구 등을 하는 것을 목적사업으로 하는 비영리법인에 해당하지만, 처분청의 이 건 토지에 대한 현황조사결과에 따르면 이 건 토지 상에는 이와 관련한 어떠한 시설물도 설치되어 있지 않고 자연림 상태로 방치되어 있다.

(3) 청구법인의 대표자는 학교법인인 OOO는 홍수예보에 관한 연구보고서인데, 그 내용의 대부분이 이 건 토지와 무관한 것으로 판단된다.

(4) 따라서 OOO이 그 밖의 다른 입증자료를 제시하지 못하고 있고, 이 건 토지가 자연림 상태로 방치되고 있는 사실이 확인되는 이상 청구법인의 고유 업무에 직접 사용하였다고 볼 수 없다고 판단되는바, 처분청이 청구법인이 이 건 부동산을 취득하고 1년 이내에 정당한 사유없이 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분은 정당하다.

3.심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 이 건 토지를 고유목적 사업에 직접 사용하였는지 여부

나.관련 법률

제45조(학술연구단체 및 장학단체에 대한 감면)① 대통령령으로 정하는 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ과학기술진흥단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세( 「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세(학술연구단체ㆍ장학단체의 경우에만 해당한다)를 각각 2012년 12월 31일까지 면제한다.

제94조(감면된 세액의 추징 등)부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 해당 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세를 추징한다.

다.사실관계 및 판단

(1) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료에는 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가)청구법인은 2012.5.10. 구 OOO으로부터 법인설립허가를 받았으며, 그 허가증 상의 주요내용은 다음과 같다.

OOO의 임야라고 판단하였다.

(마) 청구법인이 항변자료로 원천징수영수증 6부를 추가로 제출하였다.

(바) 청구법인은 이 건 토지의 직접 사용에 대한 증거자료로서 ① 1차년도 시험유역 운영 및 구축, ② 2차년도 OOO하였다.

(사) 청구법인과 OOO는 2012.8.2. 공동협력 양해각서를 체결하였으며 그 주요내용은 다음과 같다.

(2) 「지방세특례제한법」제45조 제1항제94조에서 대통령령으로 정하는 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ과학기술진흥단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 및 「지방세법」 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세(학술연구단체ㆍ장학단체의 경우에만 해당한다)를 각각 2012년 12월 31일까지 면제하고, 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 해당 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,청구법인은 정관상 목적사업인 물자원 관련 연구를위하여 이 건 토지를 직접 사용하였다고 주장하나, 처분청 담당공무원이 2014.10.31. 이 건 토지에 현지 조사를 실시한 결과에 의하면 이 건 토지가 자연림상태의 임야라고 조사되어진 점, 청구법인이 제출한 연구보고서는 별도의 제목이나 작성자가 없고 학술자료로 등재된 내역이 없는 점, 물연구를 위한 국내 시험유역은 집수구역에 해당하나 이 건 토지는 자연림 상태의 임야로서 시험유역으로 적정하지 않는 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 토지가 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용되었다고 보기는 어렵다 하겠다.

따라서, 처분청이 이 건 토지는 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 고유목적사업에 직접 사용하지 않았다고 보아 청구법인에게 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제123조 제4항「국세기본법」제81조제65조 제1항 제2호에 따라 주문과 같이 결정한다.

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