국심2005서3760 (2005.12.28)

양도

기각

재건축조합원이 조합으로부터 신축주택을 취득하였으나 신축주택 취득기간을 경과하여 사용승인을 받았으므로 과세특례에서 제외됨

소득세법 제89조【비과세양도소득】 / 소득세법시행령 제154조【1세대 1주택의 범위】

국심2004중3726 /

심판청구를 기각합니다.

1. 처분개요

청구인은 ‘OOOOOO재건축조합’의 조합원으로 참여하여 OOOOO OOO OOOO OOO OOOOO OOOO OOO호(건물 84.9234㎡ 및 대지 33.87㎡이고, 이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 2001.7.28 분양계약을 체결하여 2003.10.24 사용승인을 받아 취득한 상태에서 OOOOO OOO OOO OOO OOOOO OOOO OOO호(이하 “쟁점양도주택”이라 한다)를 2003.12.30 양도하고 2004.2.16 양도소득세 67,455,260원을 자진신고·납부하였다.

그 후 청구인은 쟁점신축주택이 조세특례제한법 제99조의 3의 감면규정이 적용되어 1세대1주택의 비과세 판정시 거주자의 주택에서 제외되는 것이므로 쟁점양도주택에 대하여는 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의한 1세대 1주택의 비과세규정을 적용하여야 한다는 사유로 2005.6.2 쟁점양도주택에 대하여 기납부한 2003년 귀속 양도소득세 67,455,260원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

처분청은 OOOOO 예규(OOOOOOOO, OOOOOOOOO)에 의거 자기가 건설한 신축주택의 경우 당해 거주자가 신축주택취득기간(2001.5.23～2003.6.30)중에 당해 신축주택의 사용승인 또는 사용검사를 받은 경우에 양도소득세 과세특례를 받을 수 있는 것이나, 이 건의 경우 청구인이 쟁점신축주택에 대하여 2003.10.24 사용승인을 받아 양도소득세 과세특례규정을 적용받을 수 없다는 사유로 2005.7.21 쟁점양도주택에 대하여 1세대 1주택의 양도로 보아 기납부한 양도소득세의 환급을 구하는 청구인의 경정청구를 거부통지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2005.10.7 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점신축주택의 사용승인일(2003.10.24)이 신축주택취득기간(2001.5.23～2003.6.30) 경과 후라고 하더라도 동 신축주택은 조세특례제한법시행령 제99조의 3 제3항에 의한 감면대상에 해당되므로 쟁점양도주택에 대하여 조세특례제한법 제99조의 3 제2항의 규정을 적용하여 1세대1주택 양도로 보아 비과세하여야 하므로 쟁점양도주택의 양도후 자진납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점양도주택은 청구인이 3년이상 보유하고 세대원 전원이 2년이상 거주하여 1세대 1주택의 비과세요건을 충족하고 있으나, 쟁점양도주택의 양도당시 또다른 주택인 쟁점신축주택을 보유하고 있었고, 동 신축주택이 신축주택취득기간(2001.5.23～2003.6.30) 중에 사용승인 또는 사용검사를 받아야만 감면대상이 되어 1세대1주택의 비과세 판정시 청구인의 주택으로 보지 않는 것이나, 동 신축주택에 대한 사용검사일이 2003.10.24로 확인되고 있어 쟁점양도주택의 양도에 대하여 1세대1주택의 비과세규정을 적용하지 아니하고 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점양도주택 양도당시 보유하던 쟁점신축주택을 신축주택취득기간(2001.5.23～2003.6.30)내에 사용승인을 받지 못한 경우, 쟁점양도주택의 양도에 대하여 1세대1주택 비과세규정을 적용할 수 없는 것인지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법 관련규정

소득세법 제89조【비과세양도소득】다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대하나 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

소득세법시행령 제154조【1세대 1주택의 범위】① 법 제89조 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(OOOOO, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 1년 이상인 것)을 말한다.(단서생략)

(2) 2002.12.11 개정전의 조세특례제한법 관련규정

조세특례제한법 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간내에 사용승인을 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

조세특례제한법시행령 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】③ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 대통령령이 정하는 주택 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 주택조합 등 이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 잔여주택 이라 한다)으로서 법 제99조의 3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간" 이라 한다)이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원( 도시재개발법 제34조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

(3) 2002.12.11 개정후의 조세특례제한법 관련규정

조세특례제한법 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간내에 사용승인을 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조 제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

조세특례제한법시행령 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 법 제99조의 3 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은 OOOOO, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역을 말한다.

③ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 대통령령이 정하는 주택 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 주택조합 등 이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 잔여주택 이라 한다)으로서 법 제99조의 3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간" 이라 한다)이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원( 도시재개발법 제34조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

조세특례제한법 부칙 제1조【시행일】이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다.(단서생략)

조세특례제한법 부칙 제2조【일반적 적용례】② 이 법 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

조세특례제한법 부칙 제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세 감면 및 양도소득세 감면대상 소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 OOOOOO재건축주택조합의 조합원으로 참여하여 조세특례제한법 제99조의 3의 규정에 의한 신축주택취득기간(2001.5.23～2003.6.30)중에 쟁점신축주택에 대한 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였으나 동 주택에 대한 사용승인은 2003.10.24 받은 사실 및 위 주택조합이 잔여주택을 신축주택취득기간 중에 일반인에 분양하는 계약을 체결한 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 처분청은 청구인이 쟁점신축주택을 주택조합의 조합원자격으로 취득한 것이고, 조합원자격으로 취득한 경우 신축주택취득기간중에 사용승인을 받아야 하나 그 기간을 경과한 2003.10.24 사용승인을 받았다고 하여 OOOOO 예규(OOOOOOOOO, OOOOOOOOO)에 의거 쟁점신축주택이 조세특례제한법 제99조의 3 제1항의 규정에 의한 감면대상이 아니라고 보아 쟁점양도주택에 대하여 1세대 1주택의 비과세규정을 적용하지 아니하고 청구인이 제기한 경정청구를 거부한 것이다.

(3) 이 건의 경우 쟁점신축주택이 조세특례제한법 제99조의 3 제1항의 규정에 의한 감면대상에 해당되면, 동 신축주택은 같은법 제2항의 규정에 의거 소득세법 제89조 제3호의 1세대1주택 판정시 거주자의 소유주택으로 보지 않게 되어 쟁점양도주택을 1세대 1주택의 양도로 보아 비과세할 수 있는 것이고, 쟁점양도주택에 대하여 청구인이 1세대 1주택의 비과세요건(3년이상 보유, 1년 이상 거주)을 갖춘 사실에 대하여는 다툼이 없으므로 쟁점신축주택이 조세특례제한법 제99조의 3 제1항의 규정에 의한 감면대상인지를 살펴본다.

(4) 청구인이 쟁점신축주택에 대한 건축물대장에 의하면, 쟁점신축주택에 대한 건축허가일자가 1999.4.2, 착공일자가 2001.10.5, 사용승인일자가 2003.10.24인 사실이 확인되고, 청구인이 전용면적 84.9234㎡인 동 신축주택에 대하여 2003.10.24 소유자등록을 하고 2003.12.22 소유권보존등기를 한 사실이 확인되며, 쟁점신축주택에 대한 OOO 기준시가가 최초 고시일인 2004.4.30 현재 기준시가가 172,500원인 사실 및 2005.5.2 현재 177,500천원인 점으로 볼 때 동 신축주택은 관련법령상의 고급주택 내지 고가주택에는 해당되지 아니한다고 할 것이다.

(5) 쟁점신축주택에 대한 분양계약서에 의하면, 청구인이 OOOOOO재건축조합(조합장 박OO)로부터 2001.7.28 쟁점신축주택(전용면적 84.9234㎡, 전체면적 104.6714㎡, 대지지분 33.87㎡)을 분양가액 54,000천원에 분양받는 계약을 체결한 사실 및 그 계약금 납부일자가 2001.11.27인 사실이 확인되고, 일반분양자에 대한 분양계약서(예시)에 의하면 OOOOOO재건축조합이 2001.11.29 OOOOO OOOO OOOO호(전용면적 84.9234㎡, 전체면적 104.6714㎡, 대지지분 33.87㎡)를 청구외 김OO에게 208,000천원에 분양하는 계약을 체결한 사실이 확인된다.

(6) 쟁점양도주택에 대한 양도소득세 신고서 및 경정청구서에 의하면, 청구인이 쟁점양도주택을 2003.12.30 양도하고 2004.2.16 양도소득세 67,455,260원을 자진신고·납부하였다가 2005.6.2 쟁점신축주택이 조세특례제한법 제99조의 3 제1항의 규정에 의한 감면대상으로 쟁점양도주택에 대하여 1세대 1주택의 비과세규정을 적용하여야 한다는 취지로 기 납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 한 사실이 확인되고, 청구인의 주민등록표 등본 및 초본에 의하면, 청구인이 세대원 전원과 함께 2000.1.18부터 2003.12.19까지 쟁점양도주택에서 3년 이상 거주한 사실이 확인되고 있다.

(7) 처분청이 과세근거자료로 제시하는 처분청의 경정청구에 대한 거부회신 공문에 의하면, 청구인이 쟁점양도주택 관련 경정청구는 OOOOO 예규(OOOOOOOO, OOOOOOOOO)에 의하여 기각되었음을 알려드린다는 내용이 기재되어 있다.

(8) 관련법령의 규정상 쟁점신축주택은 자기가 건설한 신축주택에 해당하고, 자기가 건설한 주택은 2002.12.11 개정 조세특례제한법 부칙 제29조 제1항의 규정에 의하여 개정법령의 시행일인 2003.1.1 전에 사용승인 또는 사용검사를 받아야 하고, 같은 조 제2항의 규정에 의하여 2003.1.1 전에 당해 주택에 대한 공사를 착수하여 2003.6.30 이전에 사용승인 또는 사용검사를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용하는 것으로 감면배제의 범위를 완화하는 규정을 두고 있는 바, 이는 2002.12.11 개정 조세특례제한법에도 불구하고 종전규정에 의한 신축주택감면 적용을 받기 위하여서는 늦어도 2003.6.30 이전에 사용승인 또는 사용검사를 받아야 하고, 그 이후 사용승인 등을 받은 경우에는 2002.12.11 개정된 조세특례제한법 규정에 따라 감면여부를 결정하여야 할 것이다.

(9) 살피건대, 이 건은 재건축조합의 조합원에 해당되는 청구인이 재건축조합으로부터 쟁점신축주택을 취득하였으나, 개정법 시행일(2003.1.1) 현재 사용승인 등을 받지 못하고 신축주택취득기간(2001.5.23～2003.6.30)을 경과한 2003.10.24에 사용승인을 받은 사실이 확인되므로 부칙규정에 의한 종전법 적용대상이 아니라 개정법 적용대상이라고 보아야 하고, 그럴 경우 쟁점신축주택은 감면이 배제되는 OOOOO에 소재하고 있어 다른 감면요건은 살펴볼 필요도 없이 감면대상이 아니라고 보아야 할 것이다(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOO OO OO).

(10) 따라서 쟁점신축주택이 조세특례제한법 제99조의 3의 규정에 의한 감면대상이 아니라면 쟁점양도주택에 대한 1세대 1주택 판정시 쟁점신축주택을 청구인의 소유주택에서 제외할 수 없는 것이므로 처분청이 쟁점양도주택의 양도소득세 환급을 구하는 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 판단되므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.