[청구번호]조심 2016서3842 (2016. 12. 21.)

[세목]양도[결정유형]기각

[결정요지]쟁점법인은 쟁점주식의 거래일 직전 사업연도 말일 현재 ◇◇◇◇◇ 주식회사, ⊙⊙⊙⊙⊙⊙ 주식회사 등과 관계기업을 형성하고 있고, 관계기업의 직전 3개 사업연도의 평균매출액을 합산하여 산정하면 *,***억원을 상회하는 등 상한기준을 초과하여 「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업에 해당하지 아니하므로 쟁점주식의 양도가 「소득세법」제104조 제1항 제11호 가목에 따라 대주주가 1년 미만 보유한 중소기업 외의 법인 주식의 양도에 해당된다고 보아 청구인에게 세율 30%를 적용하여 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

[관련법령] 소득세법 제98조 / 소득세법 제104조 / 소득세법 시행령제162조 / 소득세법 시행령제162조의8 / 중소기업법 제2조

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 주식회사 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다) 우선주 2,000주를 2014.4.25. OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)로부터 취득[기존에 보유하던 쟁점법인의 주식과 합하여 79.15%의 지분(3,166주)을 보유하게 됨]하였다가 동일자에 보유하던 쟁점법인의 주식 2,000주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)에게 양도하고, 2014.8.29. 아래 <표1>과 같이 양도소득세를 신고·납부하였다.

OOO

나. 처분청은 2016년 3월 감사원 감사 시 중소기업이 아닌 법인의 주식을 2014년도 중에 양도하고도 중소기업 주식에 적용되는 양도소득세율 10%를 적용하여 양도소득세를 과소신고한 청구인에 대하여 시정요구를 받음에 따라, 쟁점주식 양도에 「소득세법」제104조 제1항 제11호에 따라 대주주가 1년 미만 보유한 중소기업 외의 법인 주식의 양도에 적용하는 양도소득세율 30%를 적용하여 2016.8.11. 청구인에게 2014년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2016.10.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 양도소득세는 시점과세방식을 취하고 있으므로 양도시점을 기준으로 중소기업 여부를 판단하여야 한다.

(가) OOO은 2011.4.22. 발행된 쟁점법인의 우선주 2,000주를 매수하였다가 2014.4.25. 청구인에게 OOO에 양도하였고, 청구인은 같은 날짜에 쟁점주식을 OOO에게 OOO원에 양도한다는 합의서를 작성하였다.

(나) 양도소득은 매매 등과 같은 행위에 따라 일시에 실현되어 과세되는 시점과세방식을 취하고 있기 때문에 청구인이 OOO에게 쟁점주식을 양도하기로 합의한 시점, 즉 청구인의 양도시점에 쟁점법인이 중소기업에 해당되는지가 이 건의 쟁점이 된다.

(2) 양도시점을 기준으로 판단해 볼 때, 쟁점법인은 중소기업에 해당된다.

(가) 중소기업기본법령에 따르면 영리기업의 경우 두 가지 기준으로 중소기업 여부를 판단하게 되고, 그 판단기준은 규모와 독립성 기준이다.

1) 첫째, 규모 기준에 따르면, 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 평균매출액 또는 연간매출액이 「중소기업기본법 시행령」의 별표1(업종별 OOO원 이하까지)의 기준에 맞아야 할 뿐만 아니라 자산총액이 OOO원 미만이어야 하고, 이는 해당 범위에 속하는 경우만 중소기업으로 보겠다는 일종의 적극적 기준이라 할 수 있다.

2) 둘째, 독립성 기준에 따르면, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에서 규정하는 ‘상호출자제한기업집단’ 또는 ‘채무보증제한기업집단’에 속하는 회사는 중소기업이 아닌 것으로 분류되고, 또한 자산총액이 OOO원 이상인 법인이 최다출자자로서 주식 등의 30% 이상을 직·간접적으로 소유하고 있는 기업도 중소기업이 아니며, 해당 기업이 관계기업에 속하는 경우에는 「중소기업기본법 시행령」제7조의4에 따라 산정한 평균매출액이 별표1의 기준에 맞지 않는 기업도 중소기업이 아닌 것으로 분류하고 있는바, 독립성 기준은 이에 해당하지 않으면 중소기업으로 본다는 일종의 소극적 기준인 것이다.

(나) 청구인이 쟁점주식을 취득하기 이전에는 OOO집단 소속인 OOO이 쟁점법인의 지분 50%를 보유하고 있어 쟁점법인은 OOO집단에 소속되어 있었으나, 청구인이 2014.4.25. 쟁점주식을 OOO으로부터 정상 매수한 시점부터 쟁점법인은 판정기준에 따라 중소기업에 해당되며, 쟁점법인은 규모 기준에서 볼 때 충분히 중소기업의 요건에 해당되지만 부득이 OOO집단 소속에 포함되었기에 중소기업에서 제외되어 왔으나, 청구인이 OOO으로부터 쟁점주식을 매수한 시점부터는 개별기업으로서 사실상 독립성 기준을 갖추게 됨으로써 실질과세원칙에 의거하여 정상적인 중소기업에 해당된다.

(다) 2012년 개정된 「소득세법 시행령」제167조의8에 따르면,종전에 주식 매각 시 양도소득세율 10%가 적용되는 중소기업의 범위를 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 「중소기업기본법」에 따른 중소기업으로 규정하였으나, 개정 후는 양도일 현재의 「중소기업기본법」에 따른 중소기업으로 판정하도록 중소기업 판정일을 보완하였는바,이는 중소기업 여부를 양도일기준으로 판단하여 양도일 현재 기업의 실질을 정확히 반영하는데 그 취지가 있다고 할 것이다.

(라) 세법상 중소기업주식을 판정함에 있어서 1990년도 말까지만 해도 양도시기를 기준으로 판단하였는데, 당시 국세심사 결정례(심사양도99-426, 1999.11.20.) 및 재무부 해석(재일46014-637, 1999.4.1.)에 따르면중소기업 판정과 관련하여 당시 「소득세법 시행령」제162조의 규정에 의한 양도시기를 기준으로 판정하였음을 명확하게 확인할 수 있다.

(마) 청구인이 2014.4.25. OOO에게 쟁점주식을 매각한 시점에서 쟁점법인은 OOO관계기업이 아니므로 청구인에게 중소기업 외 주식의 대주주 단기 양도세율 30%를 적용하여 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 사업연도 중 관계기업 간 지분율 등의 변동이 있다 할지라도 직전 사업연도 말일 현재의 현황으로 관계기업 및 중소기업 여부를 판단하여야 하며, 쟁점주식 양도일 현재 관계기업의 지배·종속관계가 해제되었다 할지라도 당해 사업연도 말일까지는 관계기업에 해당한다.

(가) 중소기업 해당 여부 판단은 「소득세법 시행령」제167조의8의 규정에 따라 양도일 현재 「중소기업기본법」제2조의 규정에 따른 중소기업인지 여부에 의하여야 하고, 「중소기업기본법 시행령」제3조의2에서 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 지배하는 경우로 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제3조의3에서는 중소기업 해당 여부 판단은 그 기업의 직전 사업연도의 상시근로자수 등을 기준으로 하되 중소기업 여부의 적용 기간은 직전 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날부터 1년간(쟁점법인의 경우 2014.4.1.∼2015.3.31.)으로 명시하고 있다.

(나) 청구인은 2012.2.2. 대통령령 제23588호로 개정된 「소득세법 시행령」제167조의8을 통해 중소기업의 범위를 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업에 해당하는 기업에서 주식 등의 양도일 현재 「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업에 해당하는 기업으로 변경한 것은 중소기업 여부의 판단 기준 시점을 양도일 기준으로 하기 위한 취지로 주장한다.

그러나, 대통령령 제23588호로 「소득세법 시행령」이 개정되기 전 2011.12.28. 대통령령 제23412호로 「중소기업기본법 시행령」을 개정하여 중소기업 해당 여부에 대한 판단은 그 기업의 직전 사업연도의 상시근로자수 등을 기준으로 하되, 중소기업 여부의 적용기간은 직전 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날부터 1년간으로 한다는 규정을 신설하여 판단 기준을 명확히 하였다.

또한, 이미 「중소기업기본법 시행령」제3조의2 및 제3조의3 등에 따라 중소기업 여부 판단을 주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일로 하도록 규정된 건에 대하여 거듭 직전 사업연도로 소급하게 되는 오류를 시정하고자 한 개정으로 보아야 하고, 서울행정법원 2015.5.1. 선고 2014구합22038 판결에서도 관계기업의 지배·종속관계는 주식을 거래한 해가 아닌 그 다음 해에 발생 또는 소멸함을 밝히고 있다.

(2) 쟁점법인은 쟁점주식의 거래일 직전 사업연도 말일(2013.12.31.) 현재 OOO 주식회사, OOO 주식회사 등과 관계기업을 형성하고 있는바, 관계기업의 직전 3개 사업연도의 평균매출액을 합산하여 산정하면 OOO원을 상회하는 등 상한기준을 초과하여 「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업에 해당하지 아니하므로 「소득세법」제104조 제1항 제11호 가목에 규정된 보유기간이 1년 미만인 중소기업 외의 기업 대주주(지분 79.15% 보유)에 해당된다고 보아 양도소득세율 30%로 과세한 처분은 정당하다.

(가) 쟁점법인과 관련한 관계기업 간 2013.12.31. 현재 지분보유 현황은 아래 도표와 같다.

OOO

(나) 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 및 제3조의2, 제7조의4 등의 규정에 따르면 관계기업에 속하는 기업의 경우에 중소기업 해당 여부를 판단할 때에는 관계기업과의 지배·종속관계 및 지분비율 등에 따라 지배기업과 종속기업을 합산하여 산정한 직전 3개 사업연도의 평균 매출액OOO원 이상인 경우 등에 해당하거나 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제1호와 관련된 별표1에 따라 업종별 상시 근로자 수 등을 초과하는 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다고 되어 있다.

(다) 쟁점법인은 쟁점주식 거래 직전 사업연도 말일(2013.12.31.) 현재 OOO, OOO 주식회사 등과 관계기업을 형성하고 있고, 관계기업의 직전 3개 사업연도의 평균매출액을 합산하여 산정하면 OOO원을 상회하여 상한기준을 초과하므로 「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업에 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주식이 중소기업 주식에 해당하는지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법

제98조[양도 또는 취득의 시기]자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

제104조[양도소득세의 세율]① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등

양도소득 과세표준의 100분의 30

나. 중소기업의 주식등

양도소득 과세표준의 100분의 10

다. 그 밖의 주식등

양도소득 과세표준의 100분의 20

(2) 소득세법 시행령

제162조[양도 또는 취득의 시기] ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

제167조의8[중소기업의 범위] 법 제104조 제1항 제11호 가목에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 주식등의 양도일 현재 「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업에 해당하는 기업을 말한다.

(3) 중소기업기본법

제2조[중소기업자의 범위]① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다.

1.다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업

가. 업종별로 상시 근로자 수, 자본금, 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

나. 지분 소유나 출자 관계 등 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

(4) 중소기업기본법 시행령

제3조[중소기업의 범위]① 「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업

나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업

다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업

라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천 5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

가. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사

나. 제1항 제1호 나목에 따른 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조 제2항을 준용한다.

1) 주식등을 소유한 자가 법인인 경우 : 그 법인의 임원

2) 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우 : 그 개인의 친족

다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업

제3조의2[지배 또는 종속의 관계]① 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 "지배기업"이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 "종속기업"이라 한다)의 관계를 말한다. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제15항에 따른 주권상장법인으로서 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제1조의2 제2호 및 같은 법시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 기업과 그 연결재무제표에 포함되는 국내기업은 지배기업과 종속기업의 관계로 본다.

1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

가. 단독으로 또는 친족과 합산하여 지배기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 개인

나. 가목에 해당하는 개인의 친족

2. 지배기업이 그 지배기업과의 관계가 제1호에 해당하는 종속기업(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)과 합산하거나 그 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 공동으로 합산하여종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

3. 자회사가 단독으로 또는 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

4. 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

제3조의3[중소기업 여부의 판단 및 적용 기간]① 제3조에 따른 중소기업 해당 여부에 대한 판단은 그 기업의 직전 사업연도의 상시근로자수등을 기준으로 하되, 중소기업 여부의 적용기간은 직전 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날부터 1년간으로 한다.

② 제1항에 따른 중소기업 여부의 판단 등에 관한 세부적인 사항은 중소기업청장이 따로 정한다.

제4조[주된 업종의 기준]① 하나의 기업이 둘 이상의 서로 다른 업종을 영위하는 경우에는 제7조에 따라 산정한 매출액 중 매출액의 비중이 가장 큰 업종을 주된 업종으로 본다.

② 제3조 제1항 제2호 다목의 경우에는 지배기업과 종속기업 중 매출액이 큰 기업의 주된 업종을 지배기업과 종속기업의 주된 업종으로 본다.

제7조의4[관계기업의 상시근로자수 등의 산정]① 관계기업에 속하는 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등의 산정은 별표2에 따른다.

③ 제1항에 따른 상시근로자수등은 관계기업에 속하게 된 사업연도의 직전 사업연도의 지배기업과 종속기업의 상시근로자수 등에 따른다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료를 보면, 청구인은 2014.8.29. 쟁점법인의 주식 2,000주를 양도하고 중소기업주식에 해당된다고 판단하여 양도소득세율 10%를 적용하여 양도소득세를 신고하였으나, 처분청은 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 다목에 따라 쟁점법인을 중소기업이 아닌 것으로 보아 이 건 처분을 하였다.

(2) 쟁점주식거래에 대하여 「소득세법」 제104조 제1항 제11호 가목에 따라 고율의 30% 양도소득세율로 과세되기 위해서는 3가지 요건이 필요한데, 양도인이 대주주에 해당되고, 쟁점주식이 비중소기업주식이며, 단기양도하는 경우에 해당하여야 하는데, 청구인과 처분청은 양도 당시 청구인이 쟁점법인 주식 79.15%를 보유하고 있던 대주주이고, 2014.4.25. 매수하여 당일 매도한 단기양도 요건에 대하여는 다툼이 없다.

(3) 쟁점법인에 대한 청구인과 관계기업인 OOO, 최종 매수인 OOO의 일자별 주식변동상황은 아래 <표2>와 같다.

OOO

(4) 쟁점법인과 관련한 지배·종속관계에 있는 관계기업의 상시 근로자 수 등(2013.12.31. 현재)의 내역은 아래 <표3>과 같다.

OOO

(5) 처분청 심리자료에 나타난 쟁점법인 관계기업의 3년 평균 매출액은 아래 <표4>와 같다.

OOO

(6) 청구인은 위의 청구주장을 뒷받침하는 증빙으로 주식양도양수증서, 입금확인증, 주식양도양수합의서 등을 제출하였다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가)청구인은 양도시점을 기준으로 중소기업 여부를 판단하여야 하며 쟁점법인은 중소기업에 해당하므로 청구인이 쟁점주식을 양도한 것에 대하여 처분청이 쟁점법인을 중소기업이 아닌 것으로 보아 30%의 세율을 적용하여 과세한 처분은 부당하다고 주장한다.

(나) 그러나,중소기업 해당 여부 판단은 「소득세법 시행령」제167조의8의 규정에 따라 양도일 현재 「중소기업기본법」제2조의 규정에 따른 중소기업인지 여부에 의하여야 하고, 「중소기업기본법 시행령」제3조의2에서 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 지배하는 경우로 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제3조의3에서는 중소기업 해당 여부 판단은 그 기업의 직전 사업연도의 상시근로자수 등을 기준으로 하되 중소기업 여부의 적용 기간은 직전 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날부터 1년간(쟁점법인의 경우 2014.4.1.∼2015.3.31.)으로 명시하고 있다.

(다) 또한 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 및 제3조의2, 제7조의4 등의 규정에 따르면 관계기업에 속하는 기업의 경우에 중소기업 해당 여부를 판단할 때에는 관계기업과의 지배·종속관계 및 지분비율 등에 따라 지배기업과 종속기업을 합산하여 산정한 직전 3개 사업연도의 평균 매출액 OOO원 이상인 경우 등에 해당하는 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다고 규정되어 있다.

(라)이 건의 경우쟁점법인은 쟁점주식의 거래일 직전 사업연도 말일(2013.12.31.)현재 OOO 주식회사, OOO 주식회사 등과 관계기업을 형성하고 있는바, 관계기업의 직전 3개 사업연도의 평균매출액을 합산하여 산정하면 OOO원을 상회하는 등 상한기준을 초과하여 「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업에 해당하지 아니하므로 쟁점주식의 양도가 「소득세법」제104조 제1항 제11호 가목에 따라 대주주가 1년 미만 보유한 중소기업 외의 법인 주식의 양도에 해당된다고 보아 청구인에게 세율 30%를 적용하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.