[청구번호]조심 2018지0190 (2018. 7. 20.)

[세목]취득[결정유형]기각

[결정요지]청구법인은 인사, 조직 및 재정 등의 측면에서 국가로부터 독립되어 국가 또는 지방자치단체라 볼 수 없고, 다른 법률에서 국가 또는 지방자치단체로 의제된 법인도 아닌 점 등에 비추어 청구법인의 이 건 부동산 취득이 비과세 대상으로 보기 어렵고, 쟁점토지는 유예기간 중에 교육사업 자체에 직접 사용되는 것이라 볼 수 없는 산학협력관리동 및 두유공장의 부속토지로 사용되고 있던 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 정당한 사유없이 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 처분청이 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

[관련법령] 「지방세특례제한법」제41조 제1항

[참조결정]조심2014지1263

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2012.1.2. 교육과학기술부장관과 OOO외 982 필지 토지 2,774,367.9㎡ 및 그 지상건물 153.63㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)의 무상양여계약을 체결하여 취득한 후 2012.2.29. 소유권이전등기를 마치고, 같은 날 이 건 부동산을「지방세특례제한법」(2011.12.31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제41조 제1항에 따른 학교가 해당 용도에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등 합계 OOO을 감면받았다.

나. 처분청은 이 건 부동산의 사용실태를 확인한 후 청구법인이 이 건 부동산 중 OOO외 98 토지 합계 169,882.4㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득 후 3년의 유예기간이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아, 2017.1.13. 청구법인에게 취득세 OOO지방교육세 OOO농어촌특별세 OOO합계 OOO을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.4.13. 이의신청을 거쳐 2017.12.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 「국립대학법인 OOO대학교 설립·운영에 관한 법률」제29조부터 31조에서 교육의 질 향상과 국제경쟁력 강화에 기여 할 수 있도록 국가가 청구법인에게 안정적인 재정지원을 해야 할 의무 및 매년 인건비, 경상적 경비, 시설 확충비 및 교육·연구 발전을 위한 지원금을 출연하여야 한다고 규정하고 있는바, 국가가 청구법인의 재정을 지원하는 상황에서 학교가 다시 납세의무를 부담한다는 것은 국가의 재정지원 효과를 상쇄시키고, 국세가 지방세로 간접적으로 이전되는 문제가 발생하게 되는 점을 감안하면 청구법인은 취득세 등의 납세의무가 없다고 보는 것이 타당하다.

(2) 청구법인은 이 건 부동산을 해당 용도로 사용하기 위해 순차적으로 개발하고 있고, 쟁점토지에는 산업클러스터를 조성하여 장차 기업체를 입주시킬 예정이다.

또한 쟁점토지 지상에는 강원도 및 평창군에서 투자하여 설립된 농업회사법인 OOO공장 및 교육·연구를 위한 산업협력동이 각각 준공되었다.

청구법인은 이와 같이 장기적인 계획 하에 연구 및 산학협력을 위한 단지를 조성하여 쟁점토지를 해당 목적에 사용하려 하고 있는데 이를 부인하고 청구법인이 정당한 사유 없이 쟁점토지를 해당 목적에 사용하지 아니하였다고 보아 한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 국립대학으로서 비과세 지위에 있다고 하나, 법률에 의하여 설립된 법인으로 국가에 해당하지 아니하고, 2012.1.2. 교육과학기술부장관과 이 건 부동산의 무상양여계약을 체결한 후 2012.2.29. 소유권이전등기까지 마쳤는바, 청구법인은 「지방세법」 제7조 제1항에 따라 이 건 부동산에 대한 취득세 납세의무가 있다 할 것이다(지방세특례제도과-321, 2015.2.6., 같은 뜻임).

(2) 청구법인은 쟁점토지에 대하여 연구 및 산학협력단지를 조성할 예정이므로 이 건 과세처분은 부당하다고 주장하나, 유예기간이 도과된 후 실시된 처분청의 세무조사(2016.8.5.)에서 쟁점토지가 취득 당시의 상태이거나 건축물을 신축 중인 것으로 나타나는 점, 산학협력단지 조성은 학교의 고유 목적에 직접 사용된다고 보기 어려운 점(조심 2014지1263, 2015.5.4., 같은 뜻임), 두유제조공장은 그 소유자가 청구법인이 아니고 강의실이나 교수연구실로 사용되는 것은 아닌 점 등을 종합하면 쟁점토지를 해당 사업에 직접 사용하였다는 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인은 국립대학법인으로 취득세 등의 납세의무가 없다는 청구주장의 당부

② 청구법인이 정당한 사유 없이 유예기간 내에 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였는지 여부

나. 관련 법률 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 자료 등에 의하여 확인된 사실관계는 다음과 같다.

(가) 청구법인은 2011.12.28. 주사무소를 OOO으로 하여 설립된 것으로 등기사항일부증명서에 나타난다.

(나) 청구법인은 2012.1.2. 교육과학기술부장관과 이 건 부동산의 무상양여계약을 체결한 후 2012.2.29. 소유권이전등기를 마치고, 같은 날 이 건 부동산이 「지방세특례제한법」제41조 제1항에 따른 학교가 해당 용도에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산에 해당한다고 하여 취득세 등 합계 OOO을 감면받은 것으로 나타난다.

(다) 처분청의 출장복명서(2016.8.5.)에 의하면 쟁점토지는 출장일 현재 일부는 산학협력단지 조성을 위한 평탄화 작업을, 일부는 방치된 것으로 나타나고, 강원도 세무공무원의 출장복명서(2017.9.6.)에 의하면 쟁점토지의 일부는 산학협력단지로 조성되고 있고, 일부는 산학협력관리동 및 두유공장의 부속토지로 사용 중인 것으로 나타난다.

(라) 쟁점토지 중 OOO지상에 연면적 1,179.7㎡의 두유제조공장이 2017.3.6. 준공되었고, 소유자는 사단법인 OOO및 농업회사법인 OOO인 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 법인전환 취지 및 관련 법률에 따른 국가의 재정지원 등을 이유로 국가에 준하는 기관으로 보아 취득세 등을 비과세하는 것이 타당하다고 주장하나, 「지방세법」제9조 제1항에서 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합, 외국정부 및 주한국제기구의 취득에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있는 점, 청구법인은 인사, 조직 및 재정 등의 측면에서 국가로부터 독립되어 국가 또는 지방자치단체라 볼 수 없고, 다른 법률에서 국가 또는 지방자치단체로 의제된 법인도 아닌 점 등에 비추어 청구법인의 이 건 부동산 취득이 비과세 대상이라는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하였다고 주장하나, 「지방세특례제한법」제41조 제1항에서 학교 등이 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하되 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하면서 그 제2호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있고, 여기서 “학교가 해당 사업에 직접 사용하는 부동산”이란 학교법인이 설치경영하는 학교의 교지·교사·체육장·실습 또는 연구시설 등과 같이 학교법인의 교육사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다고 보아야 할 것(대법원 1994.10.28. 선고 94누224 판결 외 다수, 같은 뜻임)인바, 쟁점토지는 유예기간 중에 교육사업 자체에 직접 사용되는 것이라 볼 수 없는 산학협력관리동 및 두유공장의 부속토지로 사용되고 있던 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 정당한 사유없이 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 처분청이 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기 본법」제96조 제6항, 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법률

(1) 지방세법(2011.12.2. 법률 제11108호로 개정되기 전의 것)

제9조(비과세) ① 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합, 외국정부 및 주한국제기구의 취득에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대한민국 정부기관의 취득에 대하여 과세하는 외국정부의 취득에 대하여는 취득세를 부과한다.

(2) 지방세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 것)

제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ① 「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법」 또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 "학교 등"이라 한다)가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2012년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

⑤ 「사립학교법」에 따른 학교법인과 국가가 국립대학법인으로 설립하는 국립학교의 설립등기 및 합병등기에 대해서는 등록면허세를, 그 학교에 대해서는 주민세 균등분을 각각 2012년 12월 31일까지 면제한다.

(3) 국립대학법인 서울대학교 설립·운영에 관한 법률

제29조(국가 및 지방자치단체의 재정 지원) ① 국가는 국립대학법인 서울대학교 교육의 질 향상과 국제경쟁력 강화에 기여할 수 있도록 국립대학법인 서울대학교에 안정적인 재정 지원을 하여야 한다.

② 국가 및 지방자치단체는 법령 및 조례를 통하여 국립대학법인 서울대학교와 국립대학법인 서울대학교의 중·장기적 교육 및 연구 등의 발전과 학생에 대한 장학금 지급에 드는 자금에 충당하기 위하여 별도의 법인으로 설립된 기금에 대하여 각종 제세공과금에 관한 특례를 규정할 수 있다.

제30조(국가 및 지방자치단체의 지원방법 등) ① 국가는 국립대학법인 서울대학교의 안정적인 재정 운영을 위하여 매년 인건비, 경상적 경비, 시설확충비 및 교육·연구 발전을 위한 지원금을 출연(出捐)하여야 한다.

② 국가는 국립대학법인 서울대학교 설립 당시 종전의 서울대학교의 예산, 고등교육예산 규모 및 그 증가율 등을 고려하여 매년 출연금을 산정한다.

③ 지방자치단체는 그 소관 사무와 관련하여 국립대학법인 서울대학교가 추진하는 사업에 출연하거나 보조할 수 있다.

④ 제1항에 따른 출연금의 교부 및 사용에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제31조(국립대학의 사회적 책무 및 국가의 지원) ① 국립대학법인 서울대학교는 기초학문 등 필요한 분야의 지원·육성에 관한 4년 단위의 계획을 수립·공표하고, 매년 실행계획을 수립·시행하여야 한다.

② 국가는 제1항에 따른 연도별 실행계획의 시행을 위하여 예산의 범위에서 재정 지원 등 필요한 지원을 하여야 한다.

③ 국립대학법인 서울대학교는 우수하고 창의적인 인재를 양성하기 위한 교육·연구 환경을 조성하고, 학비 부담을 최소화할 수 있는 장학·복지 시책을 수립·시행하여야 한다.

④ 국가는 국립대학법인 서울대학교 학생의 경제적 부담과 관련이 없는 자체재원을 확충하기 위한 국립대학법인 서울대학교의 노력을 장려하여야 한다.