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[사건번호]
조심2009서0281 (2009.07.22)
[세목]
종합소득
[결정유형]
경정
[결정요지]
의사들의 평균급여에 비추어 병원의 의사에게 부외 인건비를 추가지급하였다고 수정신고한 금액이 신빙성이 있으므로 필요경비로 산입함이 타당함
[관련법령]
소득세법 제27조【필요경비의 계산】
[주 문]
1. OO세무서장이 2008.6.12. 청구인에게 한 2004년 귀속 종합소득세 297,977,690원 및 2005년 귀속 종합소득세 48,772,000원의 부과처분은2004년 지급한 부외경비인 인건비 신고누락분 185,400,000원을 필요경비에산입하고, OOOO의 의료기기(MRI)에 대한 임시투자세액공제를 적용하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 각각 경정한다.
2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
가. 청구인은 서울특별시 OOO OOO OOO에서 OOOO과 부동산임대업을 영위하는 개인사업자로서 청구인에 대한 서울지방국세청장의 세무조사 결과 부동산임대 수입금액 누락, OOOO에 대한 임시투자세액공제 부인 및 필요경비 불산입 항목을 적출하여 2008.6.12. 청구인에게 2004년 귀속 종합소득세 297,977,690원, 2005년 귀속 종합소득세 48,772,000원을 각각 경정·고지하였다.
나. 청구인은 이에 불복하여 2008.9.1. 이의신청을 거쳐 2008.12.31. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) OOOO의 운영과 관련하여 의사들(OOOO OO)에게 지급한 실질급여 누락분 185,400,000원, 정치자금 기부금 9,000,000원 및 OOO OOO OOO 기부금 6,000,000원, 의료사고 합의보상금 20,000,000원은 청구인의 2004년에 지출된 부외경비로서 OOOO의 수입금액에 대응되는 필요경비로 인정하여야 한다.
(2) OOOO에 필요한 의료기기(MRI)를 구입하고 당초 설치후 오작동으로 정상적인 기능을 하지 못하고 있다가 본래의 기능이 가능했던시점인 2004.1.20.에 설치가 완료되었으므로 2004년도 임시투자세액공제를신청한 것은 정당하나 처분청에서 2003.10.31.을 설치완료일자로 보고 임시투자세액공제를 부인한 당초처분은 부당하다.
나. 처분청 의견
(1) 청구인은 의사들에 대한 인건비 누락분에 대하여 의사들의 확인서와 청구인의 통장에서 고액으로 임의 출금된 금액을 의사들에게 지급한 급여라고 주장하고 있으나 청구인의 통장에서 출금된 현금이 의사들에게지급되었다는 사실을 객관적으로 증명하기 어렵고,2004년 4월 총선에출마한 정OO에게 정치자금 9백만원을 후원금으로기부하였다는 2008년9월 소급작성된 확인서를 제출하였으나 동 확인서는선거관리위원회의확인이 없고 후원회의 명칭도 없이 정OO의 임의확인만거친 것으로 「정치자금법」에 의한 후원금으로 보기 어려우며,OOO OOO OOO 기부금 6백만원은 청구인이 아닌 한OO이 기부한것이고, 기부금 영수증 또한 2008년 9월 청구인의 부탁으로 영수증을 소급작성된 것이며, 의료사고에 대한 합의금으로 김OO에게 지급한 20,000천원은 당초 용역비계정에 포함되어 있는 금액으로 이에 대하여는 증빙불비로 필요경비불산입한 사실이 없는 등 청구인이 주장하는 부외경비를 필요경비로 인정하기 어렵다.
(2) 청구인이 구입한 의료기기(MRI)는 2003년 6월 730백만원에 계약을 체결하고 2003.12.15. 세금계산서를 수취하였으며, 설치일자에 대한 공문조회 결과 2003.10.31. 설치완료하고, 청구인이 최종적으로 2003.11.7. 서명하였으며,대금결제내역 조사결과 리스사인 OOOOOOOO주식회사에서 2003.12.19. 전액OOOOOOOOOOO주식회사에 송금하였고, 청구인은 리스사와 2003.12.15.부터2006.11.15.까지 리스계약을 체결하고 최초 리스료를 2004.2.15.(1,2,3회분) 지급하였는 바,청구인이 구입한 의료기기(MRI)는2003년도에 이미 설치완료 되었다고보는것이 타당하므로 임시투자세액공제를 부인한 당초처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
① 청구인이 부외경비라고 주장하는 급여지급 누락분 185,400천원,정치자금 기부금 9,000천원, 종교단체 기부금 6,000천원 및 의료사고합의보상금 20,000천원을 필요경비에 산입할 수 있는지 여부
② 임시투자세액공제 대상인 의료기기(MRI)의 설치완료시점을 2003년으로 보아 청구인의 임시투자세액공제를 부인한 처분의 당부
나. 관련법령
(1) 소득세법
제27조【필요경비의 계산】① 부동산임대소득금액ㆍ사업소득금액 또는기타소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은당해연도의총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인것의 합계액으로 한다.
② 당해연도전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 당해연도에 확정된것에 대하여는 당해연도 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것에 한하여당해연도의 필요경비로 본다.
제33조【필요경비 불산입】① 거주자가 당해연도에 지급하였거나지급할 금액 중 다음 각 호에 규정하는 것은 부동산임대소득금액ㆍ사업소득금액 또는 기타소득금액의 계산에 있어서 이를 필요경비에산입하지 아니한다.
13. 각 연도에 지출한 경비 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 직접그 업무에 관련이 없다고 인정되는 금액
제80조【결정과 경정】② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은제70조ㆍ제71조 및 제74조의 규정에 따른 과세표준확정신고를 한자(제1호의2 및 제1호의3의 경우에는 제73조의 규정에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느하나에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다.
1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때
제160조의3【기부금영수증 발급내역의 작성ㆍ보관의무 등】① 제34조및 제52조 제6항의 규정에 의하여 기부금필요경비산입 또는 기부금소득공제를 받기 위하여 필요한 기부금영수증(이하 이 조에서 “기부금영수증”이라 한다)을 발급하는 자가 연간 100만원을 초과하는 금액을 기부하는 자에게 기부금영수증을 발급하는 경우에는 대통령령이 정하는 기부자별 발급내역을 작성하여 발급한 날부터 5년간 보관하여야 한다.
② 기부금영수증을 발급하는 자는 제1항의 규정에 따라 보관하고 있는 기부자별 발급내역을 국세청장ㆍ지방국세청장 또는 관할세무서장이 요청하는 경우 이를 제출하여야 한다.
(2) 소득세법 시행령
제80조【지정기부금의 범위】① 법 제34조 제1항 각 호 외의 부분에서“대통령령으로 정하는 기부금”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 「법인세법 시행령」 제36조 제1항 각호의 것
(3) 법인세법 시행령
제36조【지정기부금의 범위】① 법 제24조 제1항에서 “대통령령이 정하는 기부금”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.
1. 다음 각목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 “지정기부금단체 등”이라 한다)에 대하여 당해 지정기부금단체 등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금
마. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체
제26조【임시투자세액공제】① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를제외한다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위안에서대통령령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을대통령령이 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한하며, 이하 이 항에서 같다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 2003년 7월 1일부터 2004년 6월 30일까지 투자한 금액에 대하여는투자금액의 100분의 15에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세에서공제한다.
제76조【정치자금의 손금산입특례 등】① 거주자가 정치자금에 관한 법률에 의하여 정당(동법에 의한 후원회 및 선거관리위원회를 포함한다)에 기부한 정치자금은 이를 지출한 당해 과세연도의 소득금액에서 10만원까지는 세액공제하고, 10만원을 초과한 금액에 대하여는 소득공제하거나 소득금액계산에 있어서 이월결손금을 차감한 후의 소득금액의 범위안에서 이를 손금에 산입한다.
제23조【임시투자세액공제】① 법 제26조 제1항에서 “대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액”이라 함은 광업, 제조업, 건설업, 도매업，소매업, 전기통신업，연구 및 개발업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 영화산업, 방송업，엔지니어링사업, 정보처리 및 기타 컴퓨터운영 관련업, 물류산업, 관광진흥법에 의하여 등록한 관광숙박업 및 국제회의기획업, 폐기물처리업，폐수처리업, 과학 및 기술서비스업, 종자 및 묘목생산업, 축산업, 수산물 부화 및 종묘생산업，공연산업, 교육서비스업(컴퓨터학원에 한한다), 의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업, 노인복지법에 의한 노인복지시설을 운영하는 사업 또는 뉴스제공업을 영위하는내국인이 2004년 6월 30일까지 재정경제부령이 정하는 사업용자산에 해당하는 시설을 새로이 취득하기 위하여 투자하는 금액을 말한다.
제1조【시행일】이 영은 2004년 1월 1일부터 시행한다.
제8조【임시투자세액공제의 범위에 관한 적용례】제23조 제1항의개정규정은 이 영 시행후 투자를 개시하는 분부터 적용한다. 다만, 2004년 1월 1일 현재 투자가 진행중에 있는 것으로서 2000년 7월 1일 이후 투자가 개시된 것중 2004년 1월 1일 이후의 투자분에 대하여는 제23조 제1항의 개정규정을 적용한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 쟁점①에 대하여 본다.
(가) 청구인은 2004년에 청구인이 운영하는 OOOO의 의사인 민OO외 4인에 대한 인건비 185,400천원, 정치자금 기부금 9,000천원,종교단체 기부금6,000천원, 의료사고 합의보상금 20,000천원을 부외경비로 지출하였으나 2004년 귀속 종합소득세 신고시 이를 필요경비에 산입하지 못하였다고 주장하므로 이에 대하여살펴본다.
(나) 청구인은 OOOO 의사인 민OO외 4인에 대한 인건비로 당초258,600천원을 지급한 것으로 하여 신고하였으나, 실제 지급된 인건비는444,000천원으로 185,400천원의 부외인건비를 추가로 지급하였다고주장하며, 민OO외 4인이 2008.9.10. 각각 작성한 확인서와 이들에 대한2004년 귀속 근로소득지급조서 및 원천징수이행상황신고서에 대한 수정신고서를 2008.9.11. 처분청에제출하였는 바, 청구인이 주장하는 2004년 부외인건비 추가지급 내역은 아래 <표1>과 같다.
OOOOOOOOOO OOOOO OOO OOOO OO
(OO O O)
OOOO 의사인 민OO(OOOOOOOOOOOOOO)가 작성한 확인서에는“2004년 중 입사일 기준일 매월 28일에 현금으로 일금 팔백오십만원씩일금일억이백만원(102,000,000원)을 수령하였음을 확인합니다”라고 기재되어있고, 신OO(OOOOOOOOOOOOOO)이 작성한 확인서에는 “2004년 중 입사일기준일매월 1일에 현금으로 일금 칠백만원씩일금 팔천사백만원(84,000,000원)을수령하였음을 확인합니다”라고 기재되어 있으며, 나머지 의사들의확인서 또한 동일한 취지의 내용을 기재한 것으로 청구인이 이들에게 지급하였다는부외인건비 185,400천원을 포함한 금액을 매월 급여로 지급받았음을 확인하고 있음이 나타나 있다.
청구인이 제출한 원천징수이행상황신고서, 근로소득지급조서 등에의하면, 청구인은 청구인이 운영하는 OOOO에 근무하는 의사들의 2004년 귀속 인건비 185,400,000원을 과소신고하였다 하여 2008.9.11. 각 의사들의 원천징수분에 대하여 근로소득 수정신고를 한 것으로 나타난다.
살피건대, 민OO외 4인은 2004년 당시 전문의 자격증을 보유한 의사들로서, 민OO는 2002년부터 OOOO 정형외과 과장으로 재직하였고, 신OO 또한 2002년부터 OOOO 방사선과 과장으로 재직하였던 점 등을 감안할 때, 민OO외 4인에 대한 2004년 귀속 근로소득 신고금액 258,600천원(의사 1인당 연평균 금액이 5,000만원을 약간 상회하여 월급여 430만원은 정도임)보다는 청구인이 수정신고한 금액 444,000천원(의사 1인당 연평균 약 8,880만원으로 월급여 740만원 수준임)이 당시의 서울지역 의사들의 평균급여 및 아래 <표2>와 같이 OOOO의 2006년부터 2008년까지의 의사별 급여지급 내역 등을감안할 때 신빙성이 있어 보이고, OOOO 근무 의사들 또한 청구인이주장하는 부외인건비 185,400천원을 추가로 지급받았음을 인정하고있으며, 이에 따라 청구인이 2004년분 근로소득에 대한 원천징수세액을수정신고한 사실이 확인되고 있으므로 청구인이 2004년에 민OO외 4인에 대하여 부외인건비로 지급하였다는 185,400천원은 2004년 귀속 종합소득세 신고시 필요경비로 산입함이 타당하다고 판단된다.
OOOOOOOOOO OOOO OOO OO OOOO(OOOOO O OOOOO)
(다) 청구인은 2004년 4월 OOO OOOOOO으로 총선에 출마한 정OO에게 정치자금 기부금으로 9,000천원을 지출하였다고 주장하며 2008년 9월 정OO가 작성한 확인서를 제출하였으나, 선거관리위원회의 확인을 거치지 아니하고 후원회의 명칭도 없이 정OO 개인의 임의확인만 거친 것이므로 이는 공제대상인 기부금으로 보기 어렵다고 판단된다.
또한, 청구인은 2004.12.3. OOO OOO OOO에 기부금으로 지출한 6,000천원을 필요경비로 인정하여 달라고 주장하며 OOO OOO OOO 명의의 영수증 사본을 제출하였으나 동 영수증은 2008년 9월 청구인의 부탁으로 영수증을 소급작성한 것으로 처분청에서 확인된 점에 비추어 이를 필요경비로 산입하기 어렵다고 판단된다.
(라) 청구인은2004.1.16. 발생한김OO(OOOOOOOOOOOOOO)의 수술건에대하여20,000,000원의 의료사고 합의금을 지급하였는 바, 청구인과 김OO간2004.5.13. 작성된 합의서를 그 증빙서류로 제출하며 동 합의금을 필요경비로 인정하여 달라고주장하고 있으나, 동 금액은 청구인의 2004년 귀속 종합소득세 신고시 잡비계정에 필요경비로 산입되어 있음을 처분청에서 확인한것으로 나타나므로 청구인의 주장은 타당하지 아니한 것으로 판단된다.
(2) 쟁점②에 대하여 본다.
(가)청구인은 OOOOOOOOOOO주식회사로부터 2003년 6월 의료기기(MRI기기로서 이하 “쟁점의료기기”라 한다)를 공급대가730백만원에구입계약을체결하였으나, 리스구입계약(계약일자 2003.12.19.)으로 조건을 변경하였고, 2003.12.15. 세금계산서를 수취한 후2004.1.20.을 설치완료일로하여 2004년 및 2005년 귀속 종합소득세신고시 각 4천만원씩 합계 8천만원을임시투자세액공제를 적용하여 신고하였다.
(나) 처분청은 청구인의 임시투자세액공제에 대하여 쟁점의료기기는2003년 4월 일본에서 제조되어 2003.10.7.교부된 신제품으로 구입처인OOOOOOOOOOO주식회사에 구체적인 계약일자 및 설치일자를확인한 결과 2003년 6월에 최초 계약을 체결하였고,리스구입으로조건을 변경하여 2003.10.31. 설치완료(청구인은 2003.11.7. 서명)한 사실을확인하였고, 청구인의 쟁점의료기기 사용기록부를 검토한 바 2004.1.2.부터정상적으로 사용되었음이 나타나므로 쟁점의료기기의 판매처에서 확인한2003.10.31.을 쟁점의료기기의 설치완료일로 보아 청구인이 신고한 임시투자세액공제를 부인한 사실이 심리자료에 나타난다.
(다) 청구인은 처분청에서 쟁점의료기기의 설치완료일은 2003.10.31.이라고 보아 임시투자세액공제를 부인한 처분에 대하여 쟁점의료기기를 2003.10.31. 설치하였으나 당해 기기의 시험가동에서 오작동이 발생하여 계약해지를 요구하였고, 이에 대한 쟁점의료기기의 판매처인 OOOOOOOOOOO주식회사의 판매대행사(2003.7.16. 판매대행계약 체결)인주식회사OOO가 정상작동을 할 수 있도록 하겠다고 하여 2003.12.19.까지재설치를 하였으며, 이후 1개월의 시험가동을 하여 정상작동이 되면 설치완료된 것으로 보고 그 때부터 시설대여회사에 리스료를 지급하고, 정상가동이 되지 아니하면 계약을 해지하기로 하였는 바, 2004.1.2. 이후 오류발생이 미미하여 2004.1.20. 청구인과 주식회사OOO가 설치완료를결정하고 최초 리스료를 2004.2.15. 지급(1회분부터 3회분까지 일괄 지급)하였으므로 쟁점의료기기의 설치완료일은 2004.1.20.로 보아야 하며,따라서 쟁점의료기기에 대한 투자분은 임시투자세액공제 대상이라는 주장이다.
또한, 청구인은 쟁점의료기기의 판매대행사인 주식회사OOO가2009.1.20. 작성한 확인서를 제출하였는 바, 그 주요내용을 살펴보면 “당초2003.10.31. 설치를 하였던 것이나 해당 의료기기가 전산장애를일으켜정상 가동을 할 수가 없다며 청구인으로부터 계약해지 및 의료기기 철수를요구하여 OOOO는 기술진을 동원하여 전산장애의 원인이 지하철 운행에있음을 확인해 내고 새로운 부품들을 공급하여 2003.12.19. 설치를 하였습니다. 그러나 청구인측은 1개월간의 시험가동을 거쳐 정상가동여부를 결정하고자하여 시험가동 결과 2003.12.31. 이전에는 일부 오류가발생하였으나 2004.1.2.부터는 오류발생이 미미하여 2004.1.20. 쌍방이설치완료를 결정하였습니다. 리스료는 설치가 완료된 후에 지급하기로하여 설치완료일인2004.1.20.후인 2004.2.15. 받도록 판매대행을 맡은OOOO에서 책임지고조정하였습니다.”라는 내용이 기재되어 있다.
(라) 임시투자세액공제에 대한 조세특례제한법령의 관련규정을살펴보면, 2003.12.30. 대통령령 제18176호로 「조세특례제한법 시행령」제23조 제1항의 개정으로“의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업”이임시투자세액공제대상사업으로 추가되었고, 동 개정규정의 적용시기는2004.1.1. 이후투자를 개시하는 분부터적용하되, 2004.1.1. 현재 투자가진행중에 있는 것으로서 2000년 7월 1일 이후 투자가 개시된 것 중 2004.1.1.이후의 투자분에 대하여는 제23조 제1항의 개정규정을 적용(부칙 제8조)한다고 규정되어 있어 쟁점의료기기의 설치완료일이 2003.12.31. 이전인 경우에는 쟁점의료기기의 투자에 대하여 임시투자세액공제 대상이 되지 아니하는 것이고, “설치완료일”이라 함은 당해의료기기를 그 목적에 실제로 사용한 날로 보는 것이 타당할 것인 바,
쟁점의료기기가 2003.10.31. 설치된 사실에 대하여는 청구인과처분청간에 이견이 없으나 처분청은 쟁점의료기기를 청구인에게 설치한2003.10.31.이 설치완료일이라는 의견인 반면, 청구인은 설치된 쟁점의료기기에 오류가 발생하여 시험가동을 거쳐 실제로 사용이 가능하게 된 2004.1.20.이 설치완료일이라는 주장이다.
(마) 이상과 같은 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 보면, 쟁점의료기기는 2003년 6월 OOOOOOOOOOO주식회사와 의료기기 매매계약 체결이후시설대여회사를 통한 리스구입으로 변경되었고,2003.12.19. 시설대여회사인 OOOOOOOO주식회사와 시설대여(리스) 계약을 체결하였음이 관련 계약서에 나타나는 바
시설대여회사는 청구인과의 시설대여(리스) 계약일인 2003.12.19. 쟁점의료기기의 매매대금을 전액 OOOOOOOOOOO주식회사로입금하여 2003.12.19. 이전에 쟁점의료기기가 청구인에게 설치되었다고본 것으로 보여지나, 청구인은 리스계약일 체결된 이후에도 리스료를납부하지 아니하다가 2004.2.15.에 리스료 1회분부터 3회분까지를 일괄납부한 사실이 있음에 비추어 쟁점의료기기가 설치된 2003.10.31.부터당해 기기가 그 목적에 실제로 사용되었다고 보기는 어렵다고 판단된다.
또한, 처분청에서 제시한 쟁점의료기기에 대한 청구인의 사용기록부에는 2004.1.2.부터 2004.1.31.까지 124회 사용한 사실이 기록되어있으나 2003년도 사용기록은 나타나지 아니하고, 2003년 6월 청구인과OOOOOOOOOOO주식회사간에 체결된 의료기기 매매계약서(제4조)상 장비의 설치완료일자는 을(OOOOOOOOOOOOOOO)이 설치확인서를 제기하여 갑(청구인)이 확인하거나 또는 환자10명을 진단하였을때로 한다고 규정되어 있으므로 쟁점의료기기가 설치된 이후 그 목적에 실제 사용하기 위하여는 일정기간 시험가동 기간이 필요할 것이라고 보이고, 이 기간동안 쟁점의료기기에 대한오류가 발생하여 판매대행사가 수리를 하였다는 청구인 및 판매대행사인 주식회사OOO의확인서는 신빙성이 있어 보이므로 청구인의 쟁점의료기기에 대한 설치완료가 2003년에 이루어진 것으로 보아 임시투자세액공제를 부인한 처분청의 당초처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.