조심 2020소1316 (2020.06.17)

종합부동산

기각

종합부동세법 시행령 제5조의3 제2항의 각 산식 중 분자에 해당하는 “합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이라 함은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액으로 산정하는 것이 타당함

종합부동산세법 제13조 / 종합부동산세법 제14조

조심2017중0884

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 처분청은 청구법인이 2019년 귀속 종합부동산세 과세기준일(2019.6.1.) 현재 보유하고 있는 별도합산과세대상 토지에 대하여 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 「종합부동산세법 시행령」(2020.2.11. 대통령령 제30404호로 일부개정되기 전의 것) 제5조의3 제2항에서 규정하는 산식[(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율](이하 “이 사건 시행령 산식”이라 한다)에 따라 계산하여 2019.11.26. 청구법인에게 종합부동산세(농어촌특별세를 포함한다)를 결정⋅고지하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2020.2.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「종합부동산세법」상 종합부동산세액에서 공제하는 재산세 상당액은 해당 과세대상 주택⋅토지의 주택⋅토지분 재산세로 부과된 세액으로 규정하고 있고, 이는 납세자가 재산세로 납부하게 된 최종 세액 전액을 공제한다는 뜻을 법문에 분명하게 표시한 것이다. 따라서 동일한 과세물건에 대하여 보유세인 재산세와 종합부동산세를 중첩적으로 부과할 경우 이중과세에 해당하게 되므로 종합부동산세 부과 대상인 과세기준금액 초과분에 대하여 부과된 재산세액은 원칙적으로 전액 공제되어야 한다.

그럼에도 불구하고 처분청은 공제할 재산세액을 기납부한 재산세액 중 종합부동산세에 적용되는 공정시장가액비율이 적용된 만큼만 공제하여 2019년 종합부동산세액을 산출하였고, 그 결과 기납부한 재산세액이 전액 공제되지 아니하여 이중과세의 문제가 발생하므로 이 건 종합부동산세 부과처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

「종합부동산세법」상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 납부할 종합부동산세에서 공제하여 줌으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다 할 것인 바,「종합부동산세법」에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로,「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있고, 「종합부동산세법 시행령」제5조의3 제2항의 산식 중 분자에 해당하는 ‘별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하고 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액으로 규정하고 있다.

따라서 처분청이 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 종합부동산세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없으므로, 청구법인의 주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인에 대한 2019년 귀속 종합부동산세를 부과함에 있어, 종합부동산세에서 공제되는 재산세액을 이 사건 시행령 산식에 따라 [(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율]로 계산하여 종합부동산세액을 산정하였다.

(2) 이에 대해 청구법인은 과세기준금액 초과분에 대하여 부과된 재산세액은 원칙적으로 전액 공제되어야 한다며 심판청구하였다.

(3) 종합부동산세액에서 공제할 재산세액 관련 규정의 개정경과는 다음과 같다.

(가) 구 「종합부동산세법 시행령」(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정되기 전의 것) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항은 공제할 재산세액의 계산식을 ‘재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액 ÷ 전체 재산세 표준세액’(이하 “종전 시행령 산식”이라 한다)으로 규정하였고, 종전 시행령 산식의 분자 부분 중 ‘종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액’을 구 「종합부동산세법 시행규칙」(2009. 9. 23. 기획재정부령 제102호로 개정되기 전의 것) 제5조 제2항 [별지 제3호 서식 부표(2) 중 작성요령]은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’ 산식(이하 “종전 시행규칙 산식”이라 한다)에 따라 계산하고 있다.

(나) 그런데 종전 시행령 산식의 분자 부분 중 ‘종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액’ 부분 계산과 관련하여, 종전 시행규칙 산식에 따라 계산하여야 하는지 아니면 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × (재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율) × 재산세율’로 계산해야 하는지에 관하여 다툼이 있었고, 이에 대해 대법원은 후자를 의미한다고 판단(대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결)하였다.

(다) 위 대법원 판결 이후, 기획재정부는 2015.11.30. 종전 시행령 산식을 아래 ＜표＞와 같이 개정하면서, 그 개정이유를 “주택분 종합부동산세액을 계산할 때 주택의 공시가격을 합산한 후 OOO초과한 금액에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 주택분 과세표준 금액을 계산하고 그 금액에 재산세 공정시장가액비율 및 「지방세법」에 따른 표준세율을 각각 곱하여 공제할 재산세액을 산출하도록 하는 등 주택분 및 토지분 종합부동산세액을 계산하는 경우 재산세로 부과된 세액의 공제에 관한 계산식을 법률이 위임한 범위에서 명확히 하려는 것”이라 하였다.